バイオハッカー用実験器具
2015.09.09PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中
2015.07.07倍率260倍まで対応のUSB接続顕微鏡が6980円で発売
2015.05.08宮崎県の農協が数千万円の質量分析機「LC-TOF-MS」を購入したわけ
2015.03.20安価なリアルタイムPCR(定量PCR(qPCR))装置を販売するプロジェクト「Open qPCR」がKickStarterで資金調達に成功
2015.02.26DNA電気泳動槽作製用のAC100V→DC50V電源ユニットを購入。2000円弱で購入可能。
2015.02.12DNA電気泳動のためのアガロース(寒天)を購入、電気泳動のためのゲル作成用トレイを自作
2015.01.29-20℃から110℃まで温度制御可能で、パソコンにも接続出来るペルチェ温度コントローラーを購入、これでPCRも出来る?
2014.12.17遺伝子チェックに必要な機器を安価に提供するプロジェクト「miniPCR.com」がKickStarterで資金調達に成功。599ドルでPCR装置を販売開始
2014.04.16オープンソースのバイオ実験システム「BioTron」
2014.01.28自宅でのバイオ研究にいろいろと使える激安の遠心分離装置「OpenFuge」
2014.02.18iPadサイズの安価なDNAシークエンサー開発を目指すGenapSys社が資金調達に成功
2013.10.026万円で買える自宅用DNA増幅装置「OpenPCR」

2015.09.09

PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中

↑BTW

↓完成したところ


最近、RapberryPiという小型パソコンで遊びつつ(管理人の別サイト)、PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽の自作を行っています。電気泳動槽は普通に購入出来ますがちょっと高いし、構造も簡単なのでチャレンジ。

↓市販の電気泳動槽、およそ3万円ぐらい(参考)

アズワン ジーニアス小型電気泳動装置 2-6704-01(楽天)

形やサイズは市販の電気泳動槽とほぼ同じサイズに作りました。素材はホームセンターで買ってきた2mm厚の透明アクリル板をアクリルカッターで以下のサイズに切っていきます。
サイズ枚数
パーツ113cm×5cm×2
パーツ212.4cm×5cm×2
パーツ312.4m×3.7cm×2
パーツ412cm×2cm×2
パーツ512cm×6.4cm×1

(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント


2015.07.07

倍率260倍まで対応のUSB接続顕微鏡が6980円で発売

↑BTW

 スリー・アールシステム株式会社がデジタル顕微鏡「3R-MSUSB201」を発売します。この顕微鏡は最大倍率では1.4×1.1mmの範囲を1600×1200ピクセルで撮影出来ます。1ピクセルの大きさおよそ1μmに相当しますので、ミジンコやゾウリムシなどの原生動物、カビの集合体、植物や昆虫、生き物の組織構造などの観察は快適に出来るでしょう。細胞や、血液中の赤血球などはくっきりとはいきませんが、観察出来ないこともないぐらい。精子のしっぽは見えないかな?細菌やウイルスなどは見えません。

   記事ごとのページ・コメント


2015.05.08

宮崎県の農協が数千万円の質量分析機「LC-TOF-MS」を購入したわけ

↑BTW

 質量分析機は「バイオ」というよりは「ケミカル(化学)」の分析装置ではありますが、これまで研究室でのみ使用されていた分析装置が一般レベルで使用されたという点で「DIYバイオ」に通じるところがあるので紹介します。

 宮崎県の農協ではこれまで2週間かかる農作物の残留農薬を毎年多数行っていたそうですが、これを自前で短期間で行うために質量分析機を購入したそうです。これにより浮くコストは数千万円の価値があるとのこと。

 機器はドイツ製だそうですが、地方の農協が購入した例はこれまで無く、メーカーの人が見学しにきたそうです。

 農業なんて、バイオハッキングが活躍する余地が大きいと思っています。PCR装置があれば土壌細菌の状態や、作物がかかっている病気の種類を簡単に特定することが出来ます。いずれそういう可能性を示してみたいと思っています。

   記事ごとのページ・コメント


2015.03.20

安価なリアルタイムPCR(定量PCR(qPCR))装置を販売するプロジェクト「Open qPCR」がKickStarterで資金調達に成功

↑BTW


 特定の遺伝子があるかどうかを調べる方法PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)は、「ある」か「無い」かを調べるには便利ですが、「どれぐらいあるのか」という微妙な量を調べるのには向いてない事が分かっています。

 この問題点を克服するためにPCR反応の進行をリアルタイムで観察し、調べたいDNAがどれぐらいあるのかを測定する手法がリアルタイムPCR(別名:定量PCR(qPCR))法です。今回、定量PCR装置を安く販売するプロジェクトがクラウド・ファウンディングサイト「KickStarter」で資金調達に成功しています。

 販売予定価格はシングルチャンネルの装置で2000ドル、ダブルチャンネルの装置で2700ドルです。1000ドル以下の安価な製品が登場している普通のPCR装置と比べると高いですが、研究所で使われている装置は軽く100万円以上することを考えるとずいぶん安いといえます。

   記事ごとのページ・コメント


2015.02.26

DNA電気泳動槽作製用のAC100V→DC50V電源ユニットを購入。2000円弱で購入可能。

↑BTW


 先日からDNA電気泳動用のアガロース電気泳動装置作製に取り組んでいます。ロンザというDNA電気泳動槽を販売するメーカーの技術情報を見ると1cmあたり4〜10Vの電圧をかけるべしと書いてあります。

前回、作製したゲル作製用トレイは長さ6cmですので、電極間の長さを9cmにするとしても最低でも36V、最大で90Vの電圧が必要です。研究室で使われている電気泳動槽は一般的に50Vと100Vの切り替えが出来ますので今回は安全も考えて50Vで電気泳動をすることとしました。

 電源の確保は別のサイトでも質問して検討しましたが結局、RSコンポーネンツという通販サイトで販売されていた「内蔵型スイッチング電源、出力電圧48V、出力電流0.313A」カタログナンバー413-627という製品を購入しました。2000円弱でした。

(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント


2015.02.12

DNA電気泳動のためのアガロース(寒天)を購入、電気泳動のためのゲル作成用トレイを自作

↑BTW

 遺伝子診断などで増幅したDNAはアガロース電気泳動という手法で分離して観察します。DNA電気泳動用の専用アガロースはとても高かったので、とりあえず食品用のアガロース(寒天)で代用してみる予定です。↓問題無いと思うんだけどどうでしょうか。


 次にアガロースゲルを固めるためのトレイを自作しました。使用したのは3mm厚のアクリル板。ホームセンターで透明の板を購入しました。アクリル板は「アクリルサンデー」などの名前で販売されている有機溶媒で融着(溶かして接着)出来るので強度も十分得られ、水漏れの心配が無い加工が可能です。

↓必要なサイズにマジックで書いて、アクリルカッターで切っていきます。切断面はまっすぐになっていないので100円ショップで購入したヤスリで磨いて平らにします。


↓完成


↓二つを重ねたこのような状態でゲルを流し込み、上部のみを外してDNA電気泳動に使う予定です。


今回作製したサイズはバイオな研究室ではおなじみのMupidというDNA電気泳動槽のトレイの「ゲルトレイS」と同一サイズになっています。底サイズが52mm×60mm。

これからDNAを注ぎ込む穴を作る通称「コーム」も自作せねば。金も無いし、電気泳動時の電気泳動槽も自作してみる予定です。

   記事ごとのページ・コメント


2015.01.29

-20℃から110℃まで温度制御可能で、パソコンにも接続出来るペルチェ温度コントローラーを購入、これでPCRも出来る?

↑BTW





先日の記事で少し書きましたが、-20℃から110℃まで温度を制御出来るペルチェ温度コントローラーを購入しました。税抜き38000円と高い装置ですが、OpenPCRの半額です。

 この装置はパソコンなどにRS232Cで接続して温度をプログラム制御出来ますので、うまくやればPCR反応を行うことが出来るはずです。また「37℃で一晩」などのバイオの実験に必要な様々な温度条件を作り出すことが出来るのではないかと期待しています。

 また、実際に使用したら紹介します。

   記事ごとのページ・コメント


2014.12.17

遺伝子チェックに必要な機器を安価に提供するプロジェクト「miniPCR.com」がKickStarterで資金調達に成功。599ドルでPCR装置を販売開始
Small PCR machine "miniPCR" is launched at USD599

↑BTW



 「miniPCR」という8本のチューブを同時にPCR可能な小型のサーマルサイクラー(PCR装置)に加えて、DNAを取り扱うマイクロピペット、増幅したPCRを確認するための電気泳動装置を合わせて「DNA Discovery System」としています。KickStarterではサーマルサイクラーのみを399ドル〜、全てセットになったDNA Discovery Systemを549ドル〜で購入出来る権利で出資を募集していましたが資金調達に成功しオフィシャルページでPCR装置を599ドルで販売開始しています。FAQを見ると海外にも発送可能のようですが送料等は問い合わせてくださいとのことです。

 また機械を制御するWindows用とMac OS用のソフトウェアが無料ダウンロード出来ます。Android版のアプリケーションも公開間近とのことです。サーマルサイクラー(PCR装置)は色々な選択肢が揃ってきましたね。

   記事ごとのページ・コメント


2014.04.16

オープンソースのバイオ実験システム「BioTron」

↑BTW

 オープンソースの作業自動化システムOpenTronsにより作成されたバイオ実験の自動化システム「BioTron」です。12チャンネルのマルチマイクロピペットが装着されており簡単なバイオ研究が自動化出来る様子がYoutubeの動画で紹介されています。

OpenTrons自体は3000ドル。

 先日GENSPACEで行われた#ScienceHackでは抗ガン剤や抗菌剤として使用出来るけど高価な医薬品violaceinを安価に作ろうとする団体SynbiotaがOpenTronsを利用して研究を加速させようとする取り組みが紹介されています。

   記事ごとのページ・コメント


2014.01.28

自宅でのバイオ研究にいろいろと使える激安の遠心分離装置「OpenFuge」

↑BTW

OpenFuge遠心分離装置(リンク先より)
OpenFuge遠心分離装置(リンク先より)
 バイオの実験ではよく「遠心分離装置」を使います。この装置は様々なものを高速で回転し、遠心力を利用して強いG(重力)をかける装置です。強いGをかけることで比重の違うものが素早く分離し、例えば溶液の中に浮遊しているDNA、細胞、不溶物などを沈殿させて回収・除去することが出来ます。

 今回紹介するOpenFugeはニュージーランド在住のCopabXことKarlin Yeh氏が計画しているプロジェクトです。このプロジェクトでは「遠心分離装置」を低価格で一般の人に提供することを目指しており。計画では完成品を260ドル(3万円以下)、自分で組み立てるキットを200ドルで販売する計画です。また全ての設計図はオープンソースとして公開されています。

(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント


2014.02.18

iPadサイズの安価なDNAシークエンサー開発を目指すGenapSys社が資金調達に成功

↑BTW

GenapSys Genius(リンク先より)
GenapSys Genius(リンク先より)
 DNA配列を読む(シークエンシング)のコストが大幅に下がってきています。DNAシークエンサーのNo.1カンパニーであるIllumina社は今や個人の全ゲノム配列を分析するのに必要なコストは10万円になったと語っています。しかし解析するための機器は1台1億円もします。

 バイオハッカーにとってDNAシークエンスは自宅でやりたい事の一つではありますが、今のところ自宅でDNAシークエンサーを自作して読み出しに成功したバイオハッカーは見たことはありません。読み取り性能の低い(とても全ゲノム配列決定など出来ない)市販品のDNAシークエンサーでも数百万円しますし、かなり簡単に装置を自作出来るPCRと違い、DNAシークエンサーの自作はかなり難易度が高いです。

(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント


2013.10.02

6万円で買える自宅用DNA増幅装置「OpenPCR」

↑BTW

OpenPCR装置(オフィシャルページより)
OpenPCR装置(オフィシャルページより)
 PCR(Polymerase Chain Reaction:ポリメラーゼ連鎖反応)とは必要な遺伝子を含むDNAを無限に増やすことの出来る技術で、現代分子生物学の基礎となる技術です。この技術を発明した研究者キャリー・マリスは1993年にノーベル賞を受賞しています。

 研究所などにあるPCR装置は数10万円、高い装置では100万円以上と高額ですが、この装置が行っている事は非常に単純で、温度を繰り返し上下しているだけです。PCR装置の別名は「サーマルサイクラー(繰り返し温度変更装置)」とも呼びます。

(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント



[12・]