日本でDIYbioを始めるにあたって…… ＠バイオハッカージャパン掲示板

日本でDIYbioを始めるにあたって……

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47 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/03/25(月) 07:05]
素人素人と吠えるのはピペドやろな。院生かも。 そろそろ無礼な若造が出て来る頃やろなあと思って居ったわい。 勉強し続けの毎日だわ。しかるに 下記なので私が手法をなかなか決められずに 細かな質問をしまくらねばならぬのであることが分かった。 ttps://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/nucleic_acid/vol1.html 核酸の大きさやその溶液の性状によってこれらの手順の細かい操作は異なる． また個々の研究室によってもその操作の違いも大きいようだ． (中略) におけるエタノール沈殿法の記載にも各操作の時間に幅を持たせてあり， 種々のオプションも盛り込まれているので，手法を決定しにくい．
46 ) あ(aka)
[2019/03/25(月) 02:12]
勉強もしない、人に教えも乞わないド素人が考えることってこんなにワケ分かんないんだなあという意味でこの掲示板は非常に為になりました
45 ) 助さん(aka)
[2019/03/24(日) 15:41]
>共同研究なんて大げさなことにする価値が無いと感じます。 いや、お書きになっていることがあまりに的外れなので、どなたかに一から教えてもらう（手法だけでなく研究のデザインも）必要がある現状で、 もしそうしてくれる人がいるとすれば、その人は天使でなければ共同研究者しかあり得ないと言ってるんです。
44 ) nmu(aka)
[2019/03/23(土) 22:36]
久しぶりに書き込みいたします。 Multiphorの件は私は構わないと思います。 手元にある装置を使ってみたいという気持ちはよくわかります。 それはお好きにすればよいです。 私が気になったのはこの部分。 >自身の研究部分がゼロとなって >routine workの極致であって研究とは言えませんから >共同研究なんて大げさなことにする価値が無いと感じます。 実験はroutine workであっても構わないんですよ。 何が知りたいか、得られた結果からどう解釈するかが重要なはずです。 それがご自身の研究部分なんじゃないでしょうか。
43 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/03/23(土) 20:08]
>Multiphor IIのことはもうお忘れになった方が良い なぜそこに執着されるのでしょうか。 他人の意見を聞かない 「使ってやらねばならぬ」との義務＋言うも恥ずかしい遅れた責任感からです。 本機についての考えは何度も言うように遊びです。 配列は委託に出しますから本機とは無関係です。 共同研究を言われるとは思っておらず。 助成が当たれば気が変わってそうすることは有るかも。 しかし、 配列決定は他人が技術を確立しており、 類縁推定+系統樹描画progmは他人のを使って機械的に結論が出る、 では 自身の研究部分がゼロとなって routine workの極致であって研究とは言えませんから 共同研究なんて大げさなことにする価値が無いと感じます。 組み換えなら変な生物を作ったら独創性が出ますね（＾￥＾）
42 ) あ(aka)
[2019/03/23(土) 17:28]
個人的には、自分の考えありきで話を進めておりあまり他人の意見を聞かない方であるようなのでこれ以上の助言は無用ではないかな、と考えております。
41 ) 助さん(aka)
[2019/03/23(土) 13:56]
高等植物じゃなくて藻類でしたね。でも、それでも同じです。
40 ) 助さん(aka)
[2019/03/23(土) 12:06]
根本的な考え違いをされているようです。高等植物のゲノムサイズはどのくらいだとお思いですか？ 通常のアガロースゲル電気泳動で分別することのできるDNAのサイズはどのくらいのレンジかご存知ですか？ それを典型的な制限酵素で切断したいくつに切れるか計算してみてはいかがでしょうか。 通常のDNAの電気泳動が目的なのだからMultiphor IIのことはもうお忘れになった方が良いですよ。 皆さん、何度もご指摘になっているのに、なぜそこに執着されるのでしょうか。 primerと制限酵素？PCR産物でRFLP解析するということですか？ RFLPは種内の系統解析には使えるでしょうが種間で比較しても意味があるとは思えません。 配列解析一択でしょう。 これらは目的とされている実験のデザインでは基礎の基礎であって、体で覚えるなどといったこととは無縁の話です。 悪いことは言いませんからプロと共同研究をなさることをお勧めします。
39 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/03/23(土) 04:52]
読んだ文献にRAPD　RFLP　AFLPはどれも旧式で欠点だらけであると有る物が有りました。 また DNAレベルでニンジン生薬の識別のために 簡易で再現性のある方法を開発することを目的として， 3種間の18S rRNA遺伝子塩基配列決定の違いをベースとした， PCR-RFLP法とMASA法を適用した． MASAはPCR機械と電気泳動装置ならびに反応試薬があれば比較的簡単であって、 適切なPCRプライマー設計とPCR条件の基礎検討を十分行なえば 再現性のよい高精度の結果が得られる（関谷1997）というのも。 面倒でない=step数が少ないのが良いのでMASAに気をひかれます。 私がやろうとしておることは用語を使えばRFLPですね、 ｒｂｃL、matK、ND5、COI、nrITSについての。 primerでうんざりしておるのにprobeなんてのも出てきましたかあ。 ＞市民団体のハンズオン出るのもありな気がしますね。 そこのコストは自分の勉強だと思 たしかにね、とにかく手を動かさねば理解できませんから。 大学や国研でも無料で数年前にやってましたが、 来年度に有料に成るのは8千円と2万円とが明らかになっております。 無料のが6件くらいです <省略> [全文]
38 ) student(aka)
[2019/03/22(金) 16:01]
>移動度の差で遊び実験 もしかして、制限酵素断片長多型を見ようとしてますか。 RFLPは検出にプローブが必要なので、自宅で検出するのは厳しそうな気がしますね。 「genomic DNAの多型をみる場合、そもそも制限酵素処理は必要ない」というのは、ゲノムDNA中の配列をPCRで増幅し、PCR産物をシーケンスにかけることを指したつもりで言いました。 この時には制限酵素処理などはいらないです。ゲノムDNAを鋳型にPCRをかけるのみ。 （PCR産物をサブクローニングするとかならDNAワーク必要ですが） 「海藻試料を渡して完全委託」はこのことだと思います。 ゲノムDNAを渡しても多分なにも結果が得られませんよ。 >自分でも何がしたくて何をしなきゃいけないのか分かってないんだったら、独学なんて金も時間も浪費するやり方はやめたほうがいいですよ これを学ぶために、一度市民団体のハンズオン出るのもありな気がしますね。 業者に解析依頼すると結構お金かかると思いますし、そこのコストは自分の勉強だと思ってとってもいいのでは？
37 ) あ(aka)
[2019/03/22(金) 09:16]
自分でも何がしたくて何をしなきゃいけないのか分かってないんだったら、独学なんて金も時間も浪費するやり方はやめたほうがいいですよ
36 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/03/22(金) 05:10]
少し発言が貯まりましたね。 ＞genomic DNAの多型をみる場合、そもそも制限酵素処理は必要ない この意味は粗抽出後に断片化させる必要は無い、と受け取りましたが、 そうならば、 前に小学生用の実験書でバナナとブロッコリとのDNA抽出を読みましたが この水準の粗抽出で得たDNAを泳動しても bandは一本しか出ぬとの意見をもらいました。 ＞市民団体が主催の 前にも無料のそれを調べましたが 数年ぶりに検索して10件くらいに 来年度の実施予定を尋ねたら 続々とかなり高額の有料になっておりました。 「あ」さん、 配列については海藻試料を渡して完全委託にします。 未使用のmultiphor II＋電源を所有しておるもので 捨てるにはもったいなさすぎると考え、 移動度の差で遊び実験したいなと考えたので 方々で質問しまくっております。 rbcLなどの1kｂｐ以下の断片を得てPCRする場合に primerと制限酵素とが関係するのか否かが 未だによくわかりません。 ＞PCRかけて 制限酵素とprimer設計なんぞと言う なんか面倒な手技が絡んでくるようなので 細かく疑問点を聞きまくる羽目に。< <省略> [全文]
35 ) student(aka)
[2019/03/15(金) 13:39]
>制限酵素処理とPCRとの前後関係が逆転した手法 genomic DNAの多型をみる場合、そもそも制限酵素処理は必要ないと思います。 （genomic DNAに制限酵素サイトあるような特殊な場合を除いて） >何とか最低水準の、泳動距離比較だけでならば >DIYで遊べるのではと思ってお尋ねしております。 と25レス目ありますので、スプライシングバリアントとかなんですかね？ cDNAの長さが結構違うならcDNAとるだけでも比べられるかもしれませんよ。 まずは市民団体が主催のDIYバイオのハンズオンなどに出てみると、どのように実験するのが良いか明確になってくるかな、と思います。 http://bioclub.org/ （BioClubの回し者というわけではないのですがｗ）
34 ) あ(aka)
[2019/03/13(水) 17:50]
MASA法ってこれですか？ http://journal.jsgs.or.jp/pdf/030040897.pdf かるーくイントロ読んだだけですけど、「3'末端が特異的になるようなプライマーを用いて厳密な条件設定の下にPCRを行うと」って書いてあります よく分からなくなったんですが、そもそも何がしたいんでしたっけ？ 遡って読んだ感じ、いろんな天草のRCBL領域の塩基配列を比較したいだけ？ それってゲノム取ってきてRCBL領域よりちょっと広くPCRかけて、PCR産物をシーケンス解析に出して届いたデータ解析するだけじゃないんですか？ なんでこんなに難しい話してるんですか
33 ) あ(aka)
[2019/03/13(水) 17:13]
全体的に情報が不足しているんですよね。 個人的にはご専門ではないせいで情報の取捨選択が上手くできておらず、やりたいことが先走ってはしょりすぎた話し方になっている印象を受けます。 最終目標は何か、そのために何がしたいのか・何が欲しいのかをできる限り詳細に書いてほしいですね。 これでも見たんですかね？ https://www.jstage.jst.go.jp/article/kagakutoseibutsu1962/37/5/37_5_345/_pdf/-char/ja なんというか、バイオハックしたい人たちは総じて研究というよりは実験をしたい人たちって感じがします。
32 ) 助さん(aka)
[2019/03/13(水) 11:06]
うーん、おっしゃっていることがよくわかりません。 まず、私が書いたようなことが予想できるなら、とのことですが、そうでないなら例えばどのようなことを想定されていたのですか？ 制限酵素処理とPCRの順序が逆転とは？実験の目的によってどちらもあり得るでしょう。それは手法云々の問題じゃないと思いますが。 「新しい」やり方とは、「何の」やり方でしょうか？おかきになっているfour letter wordが何を指すか私には自明ではありません。 「PCRをせずに済む」とは、何をするためにの話でしょうか。種の類縁関係を調べるなら、配列決定は必須でしょう。全ゲノムを決定したいというのでなければ、PCRによって当該遺伝子を増やすのが一番簡単な方法なので、それを回避する理由がわかりません。 総じて実験方法に関する"遠近法"が通常とは違っている印象があります。身近に方法について相談できる方はいませんか？
31 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/03/13(水) 03:55]
実施するまでも無くそれが予想できるわけですね。 では経験するまでも無いので止めます。 ご教示に感謝します。 制限酵素処理とPCRとの前後関係が逆転した手法が 実験書に載っておりますが、どういうことかご解説願えますか。 他方、 rapd, aflp, rflpはすべて欠点だらけなので旧式らしいですが 費用、労力、習得時間、data量、信頼性、解像度について優れた点が多い 「新しい」やり方は何ですか。MASAはかなり良さそうですね。 最後に、PCRをせずに済むことは大雑把に言えば「無し」ですか。
30 ) 助さん(aka)
[2019/03/12(火) 18:50]
「小学生用の核酸抽出実験」がどのようなものか正確にはわかりませんが、 巻取り法で精製したDNAを通常のアガロースゲル電気泳動にかけたら かなり上方にバンドが出て上下にスメアを引くでしょう。 タンパク質や多糖が十分に除かれていないなら、ウェルに留まってゲルに入って行かない 画分が増えるでしょうね。
29 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/03/12(火) 17:12]
あ、いや、計画を細かく述べる必要は無いので端折りました。 精製や増幅の各段階を増やして行って経験を増やしつつ 様子を見る計画なんですよ。 ｒｂｃLなどの多型は、技術の信頼度の点で後日 植物試料を渡して抽出から配列決定までのまるごと会社に委託します。 目下、初めて遊びで泳動を実施するので初心者用として 小学生用の核酸抽出実験で得たものを一旦泳動して どうなるかに関心があります。 得たDNAを割りばしで巻き取ると書いて有るので そのままでは分子が巨大すぎて泳動に不適かな⇒ 熟練者様のようなので結果の推定をお尋ねします。
28 ) 助さん(aka)
[2019/03/06(水) 22:08]
何か勘違いをなさっていませんか？ PCR無しでcrudeなgenomic DNAを泳動して、どうやって特定の遺伝子の多形を調べるおつもりか？

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管理者:fetuin
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