日本でDIYbioを始めるにあたって…… ＠バイオハッカージャパン掲示板

日本でDIYbioを始めるにあたって……

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27 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/02/20(水) 18:08]
＞リーゾで販売しているキットを用いる これはむかしそそられましたが、 完品かと思いきや 溶媒系が数種含まれておらぬ故、 別に自分であつらえねばなりませんのでがっかりです。 どうしてこう障害続きなのか、プンプン
26 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/02/20(水) 18:03]
丸投げ先はリーゾですよ。 寒天分という恐怖の粘質多糖が多量のテングサなので 試料を送ってbandが出るかやってもらったことが有りましたが、 かすれた像のゲルを多量に送ってくれました。
25 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/02/20(水) 17:59]
バイオ実験イラストレイテッドは3巻とも所有しており、 しっかり読んで手順を書き出しました。 ＞上記には挙げなかったピペットマンとか、オートクレーブ機器とか 雑多に色々必要ですので、 初期費用とランニングコスト共に結構かかりそう。 「雑多に色々」が当分野が困ったちゃんな原因ですね。 10年位前の集中して実験手技の調査をしておりました時に 知恵袋あたりでDIYに必要な一式費用を尋ねたら 200万との答えをもらったことを思い出しました。 この額に納得しかけておる今日この頃です。 10年間民間財団の助成が当たりすぎて（非道都市は3件同時で計200万） 琉球の分布調査で野帳で旅行記を出版する計画なほど遊び過ぎまして、 10年ぶりに手技の勉強に戻ったらほとんど忘れておりまして 論文用には植物を渡しての全面委託で配列まで、にほぼ決めております。 しかし泳動装置はもったいなくて 市のゴミ回収に出すわけには行きませんので 何とか最低水準の、泳動距離比較だけでならば DIYで遊べるのではと思ってお尋ねしております。 しかし制限酵素処理とPCRがねえ、メンドクサイなあと。 <省略> [全文]
24 ) student(aka)
[2019/02/12(火) 14:32]
ウェット実験手法のノウハウをウェブで公開している人は確かにいませんね。 細胞培養ならShojinmeatの方々がアップしていますが、DIYのDNAワークは日本だとあまりやられていないかも。 以前にYCAMの「森のDNA図鑑」プロジェクトでrbcL遺伝子のシーケンスを行なっていたので、練習次第で個人でもできるとは思います（解析結果をみるに、精製度に難はありそう）。 https://special.ycam.jp/dna-of-forests/#/chuo-park/panorama/s-24 ウェブじゃなくても良いなら、バイオ実験イラストレイテッドシリーズという本がおすすめですよ。 DIYバイオではないので、試薬と機器の調達を工夫しなければいけませんが。 自分がDIYで泳動実験するとしたら、下記の要領でチャレンジする気になるかなどうかという感じです。 1. DNAの抽出 ・株式会社リーゾで販売しているキットを用いる（アマゾンから購入） http://biohacker.jp/c/BH64.html 2. PCR ・サーマルサイクラーをOpenPCRから購入（自作できるなら自作） ・プライマーはBioneer社から購入 http://biohacker.jp/c/BH53.html ・DNAの精製度が悪いと思うので、泳動後、目的バンドが出 <省略> [全文]
23 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/02/07(木) 21:59]
minion情報をありがとうございました。ペケですね。 プライマ一覧の論文はscholarで見つけて読んだことが有ります。 ところでここの主催者自身のやっておることは 機械工学系つまり装置の組み立てですよね。 私は若いころはハムの、特に送信機の、組み立てを アルミシャーシーに穴をあける段階から楽しんでおりましたが、 それと同じです。水を使いませんから楽やし バイテクのDIYとは違うやんかと言いたい。 未経験者が始める場合の手技の調査でうんざりさせられる 「wet手技」の工程数の多さが問題なのです。 ここの主催者が自分でやったとして紹介画像を挙げておる景色には wet手技は有りません。工作場面ばかり出してあります。 あ～ぁ、練習で消費する費用を考えるとやはり 植物を渡して2遺伝子8万で配列まで完全委託が合理的ですね。 実験補助員として就職する気が無ければ、ね（＾￥＾） 研究費に応募可能な財団はすべて抽出してあり、 これからシーズンなので申請書書きが大変。 でも日本は年齢差別が常識なので 要項に書いて有らずとも落とされる覚悟で応募せねばなりません（＾￥＾）< <省略> [全文]
22 ) nmu(aka)
[2019/02/05(火) 02:31]
minionについては以下にレビューがあります。 https://tenure5.vbl.okayama-u.ac.jp/HM_blog/?p=3670 専門家でも「結構わかりにくいマニュアル」「解読の精度は低く」（現状では）などのコメントからも、難しい装置であることがわかります。 >そのPCRがprimer設計なんてのが挟まるので面倒さが相当と感じ、 "Phylogenetic relationships of some European Gelidium (Gelidiales, Rhodophyta) species, based on rbcL nucleotide sequence analysis"というタイトルの論文が公開されています。 この論文のTable2にプライマーが載っているので、そのまま使えるかもしれません。 しかしながら、 >未経験者が自宅で全工程を本当にできるのか まさにそこが一番難しいところだと思います。このスレッドの最初に挙げられているDIYbioの問題点の一つだと思います。
21 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/02/05(火) 01:07]
＞この手の装置を使って良い結果を得るには、相応の知識とテクニックが必要 そうなんですかあ。 宣伝写真は浜辺で片膝付いて操作する姿なのでだまされました。 そもそも植物の場合細胞壁が有るから 粉砕という最初の段階はどうなるのかが疑問でした。 受託会社に材料を渡して試し泳動をやってもらった時に 配列が得られるか確定的でないので失敗した時の料金云々の話でした。 ＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊ 話がずれますが、 実験分担係に近所の主婦を雇って訓練してというUSAで昔聞いたやり方が つくばや医学部では10年前から始まっておりますね。 職安でもバイテク分野の実験補助の求人が医学部からしょっちゅう出ております。 ということは、 私が実験法の参考書や対象属の論文のM&Mを勉強してきて こりゃかなわんと感じるほど細かな手技の段階と別法の多さから考えて、 自分に適した手技の決定のむつかしさと慣れるまでの期間を考えると 未経験者が自宅で全工程を本当にできるのか との疑いが起きつつあります。
20 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/02/04(月) 21:51]
＞ノウハウが必要になるかもしれない そうですかあ。 ＞PCRでrbcL配列を増やして、シークエンス解析を外注するのが最も確実＆安上がり そのPCRがprimer設計なんてのが挟まるので面倒さが相当と感じ、 １遺伝子で６万、２遺伝子で8万とのことなので 海藻を渡してすりつぶしから配列までまるごと委託する案に傾いております。 その様な折に 浜辺で片膝ついて操作しておる宣伝写真が衝撃的なので 食指を動かされました。熟練者用と言うことですね、理解しました。 懇切丁寧なるご教示に深謝します。
19 ) nmu(aka)
[2019/02/03(日) 21:16]
>ええっ、非個人つまり集団で使うとはどういうことか、 >ご解説くださいな。 集団というか、企業や大学の研究室などが購入して、グループで使用するものだと思います。 理由は２つあります。１つはコスト面です。 DNAシーケンサーとしては破格の低価格ですが、本体価格が１０万円＋消耗品が必要になります。 今、シークエンス解析は1回１０００円以下で外注できます。600bp程度は解析できます。 １０万円あれば、100回以上できるわけですから、よほど大量に扱うのでなければ外注の方が安上がりです。 もう一つは、ノウハウが必要になるかもしれない点です。実際にMinionを使ったことはないので、断定はできません。 ただ、この手の装置を使って良い結果を得るには、相応の知識とテクニックが必要なことが多いです。 必要な試薬を混ぜて測ればOK、というふうにすんなりと行かないこともあります。 さて、本題のテングサの解析ですが、DNAを抽出して、PCRでrbcL配列を増やして、シークエンス解析を外注するのが最も確実＆安上がりだと思います。 上で書かれておりますように、DNAの抽出が難しいようですが、確実に抽出すること <省略> [全文]
18 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/02/02(土) 23:39]
御返事に感謝します。 ＞個人で扱うことを想定しているものではない ええっ、非個人つまり集団で使うとはどういうことか、 ご解説くださいな。 「テングサ」は近縁属を含めて集合名詞的に使い、 英語ではgelidiaceous algaeと言います。 配列調べの目的は二種間の類縁の査定です。 barcodingにも関係する、最初に書いたrbcLなど数領域の短い遺伝子対象です。
17 ) nmu(aka)
[2019/02/02(土) 13:08]
テングサがGelidium elegansだとすると、いくつかの遺伝子は解析されています。 データベース（NCBI Geneなど）で検索すると出てきます。 >どうしてここは発言が少ないのですかねえ。 この掲示板は「日本でDIYbioを始めるにあたって……」という話を議論する掲示板だから、 BioTechnicalフォーラムとは趣旨が違うので、少ないのでしょう。 >mobile dna sequencer Minionが発売されましたがテングサに使えますかね。 使えるといえば、使えるんでしょうが、個人で扱うことを想定しているものではないと思います。 hjnさんが何をやりたいのかよくわからないのですが。 テングサのもつ特定の遺伝子配列を調べたいのか、全遺伝子を解析したいのか、個体差を調べたい・比べたいのか... ひとくちに遺伝子の解析と言っても、用途によって手法が異なるので、何を知りたいかから考えるとよいと思います。
16 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/02/01(金) 22:21]
背中を押してくださったことに深謝します。 対象が粘質多糖たる寒天の原料の紅藻テングサなので DNA抽出の段階で困難があることはわかっており、 これまでに受託会社に材料を送って 手法の確立をしてもらいましたが、 配列に使えるぎりぎりの量を何とか取れたという水準です。 泳動したgelを多数送ってもらいましたが像は霞の彼方的なものです。 採集直後に送って泳動をやってもらえば DNA切断が無いからきれいな像が出るのかな。 ★ようやく応答が成立しました(＾￥＾) どうしてここは発言が少ないのですかねえ。 BioTechnicalフォーラムでは多量なのに。 ★mobile dna sequencer Minionが発売されましたが テングサに使えますかね。 ★同じくUK発の小型PCR　kit　Bento LabのHPには 予約者に発送中と書いてありますが ここの主催者が資金を出したにもかかわらず 入手報告が有りませんね。
15 ) nmu(aka)
[2019/01/31(木) 23:40]
「ある種類の植物のある１遺伝子の配列情報を知りたい」というのであれば、外部に受託するのが確実だと思います。 モデル生物であれば、すでに解析されているものも多いので、あらかじめ調べられると良いと思います。
14 ) ｈｊｎ(aka)
[2019/01/16(水) 12:08]
＜DNA抽出からPCRまでをDIYか委託かの比較を＞ 文献の勉強中である全くの未経験者が自宅で DNA+抽出と精製からPCRまでの実験をしたいなと考えております。 ゲル作成の所要時間、つまり慣れるまでの時間、 角度を変えての表現では練習回数、を考えると、 DIY精神の本siteには反しますが、 植物材料を受託会社に渡して配列決定まで やらせるほうが面倒が無くて良いか、 研究費が当たれば、です。 材料を送って抽出から配列決定までのfull courseで 1遺伝子（ｒｂｃL）で6万円、2遺伝子で8万円の受託会社料金と これから自宅で練習する場合との 所要時間と費用との両面での 比較検討をお願いできたら助かります。 参考として他に考える点は、 資金がすべてなので、自宅でやれる機会が 研究費が当たった時だけせいぜい１個体ｘ２遺伝子でという点です。 つまり、実験手技に慣れた後で頻繁に実験できる資金があれば 面倒な練習実験を繰り返しても意味があるが、 そうではありませんので判断に困っております。 最後に、 文献勉強で分かったことですが、 DNA系の手技は手法の細かな変化(改 <省略> [全文]
13 ) ｇｈｊｆ(aka)
[2019/01/15(火) 17:47]
投稿した質問が消えてますが 削除される理由が無いので 処理誤りですかね。
12 ) ｇｈｊｆ(aka)
[2019/01/15(火) 12:50]
自宅でdna泳動実験するのに 槽の循環冷却装置は魚の飼育水槽用のを転用できますか。 精度は1℃です。 可なら、 １。アースは必ず取れとあるがどうか。 自宅実験室が二階でして、 アースは一階の台所にターミナルが有るので 階段を含めてアース線を這わせねばなりませんので 屋内の景色が悪くなるなあと困っております。 そのうえ、長距離でアースして問題はないのかも不安です。 説明書には電源は専用で近くに配置せよとか 一台でやるなら循環能力が１ class上の機種を選べともあり、 危なそうな装置なのでアースも指示に従うべきかなと。
11 ) nmu(aka)
[2018/10/18(木) 21:49]
もちろん、分子生物学に依らないバイオにも興味はあります。 昔、ヤコウチュウを増やすキットも売られていたと思います。 「光った」「増えた」というのは、上でも述べたプロダクトの評価方法として簡単なので、取り組みやすいと思います。 問題は何をターゲットにするか？ですね。
10 ) nmu(bawa)
[2018/10/18(木) 21:36]
私の書き込みにちょっと誤解があったみたいなので、補足します。 >医薬品は特に申請の際に乗り越えなければならない壁が多い というよりも、もっともっと前の段階でつまづくと思うんですよ。ちゃんと全長のインスリンが発現しているか?正常なフォールディング・構造をもっているか?生体内で機能することを確認できるか? キッチンに質量分析やCD、DSC、動的光散乱、実験用マウスを揃えるなんて不可能ですので、作ることができても評価が難しいです（インスリンに限ったことではなく）。 DIYなり代用品なりで、どこまで準備できるのか？「準備できる範囲でできること」を前提として考えるのも、日本的バイオハックの方向性の一つだと考えてています。 例えば、ふぇちゅいんさんのブログから、PCR実験は個人でもできるようになってきたなぁと。これであれば、市井の研究者でも遺伝情報をベースとした生物の分類が可能になってくると思うんです。
09 ) Taku(aka)
[2018/10/18(木) 09:08]
松茸の人工育成、昔から趣味で個人研究されている方いらっしゃいますよね。 結局、バイオハックというキャッチーなネーミングがされただけで、昔でも今でもそういう方々はいらっしゃるんですよね。 そう考えると、いかにアイディアを共有して研究を加速化するか、いかに公共の実験施設を開放して高度な実験をオープン化するか、というところが、現代ならではの動きといったところでしょうか。
08 ) ふぇちゅいん(aka)
[2018/10/17(水) 22:14]
キノコはフロンティアだねえ

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