日本でDIYbioを始めるにあたって…… 01: student:2018/09/14(金) 19:17 生命科学系大学院の博士課程に在籍しています。 「バイオの民主化」と謳われ、勢いを増すDIYbioを嬉しく思っています。 最近になって興味を持ち、DIYbioを始めるために、半年ほど情報収拾をしました。 DIYbioの問題点や、これからの方向性を整理・共有したいです。 とりあえず、これまでに私が感じたことを、この掲示板をお借りして話させていただきます。 1. 日本ではコミュニティが小さい 国際的DIY展示会のMAKER JAPAN 2018では、バイオロジー関連出展者は両手で数えられる程度でした。 日本で現在特に大きいDIYbio団体は、Shojinmeat, BioClub, YCAM, FabLabくらい。 オープンサイエンスの流れを受けて勃興したはずのDIYbioが、日本では結局小さなコミュニティで共有されるのみになっている。 ウェブだと、個人ブログかバイオハッカージャパン様くらいしか交流の場がない（5chにも関連スレッドはない……）。 （続く） 02: student:2018/09/14(金) 19:18 2. 試薬の購入が実質不可能である 日本の代理店は個人への販売を行なっていないため、海外から輸入する必要がある。 PCR用酵素のチューブ一本分で輸入費が数千円になることもある。 これでは、いくらDIYで遠心機やPCRを安く作れても、肝心の実験ができない。 みんなどうしてるんですかね……。 ウェット実験に関してはお金持ちの娯楽になってるような……。 3. 遺伝子組換え実験の法律の制限が厳しい。 第二種使用等（P1, P2といった封じ込め環境下での実験）に関しても、遺伝子組換え産物の取り扱いには十分な注意を払う必要がある。 仮に上記の試薬購入問題をクリアしたとしても、遺伝子組換え産物は個人で保管する必要があり、 ソフトウェアの頒布のように、作製した実物を配ることはできない。 これは、市民科学とマッチしない。 以上の問題点のために、マーカス・ウォールセンが著書バイオパンクの中で示す、アメリカが主導するDIYbio（個人的にはミニマムな製薬産業という印象）は日本ではできない現状にあります。 可能なのは、「DIYbioを楽しむこと」そのものであったり、芸術方面での利用であったりに限られます。 それ ＜省略されました＞　[全文を見る] 03: komuro:2018/09/15(土) 22:03 私もDIYバイオを知り、最近興味を持って調べ始めているんですが、情報が少なすぎてどうしたらいいのやらと思っています・・ いろいろお話を聞かせてください。 04: Taku:2018/09/28(金) 10:47 民間製薬企業で研究者をしています (27歳) 。 私も、数年前から興味があり、国内にいいチームができないか探しているのですが、なかなか自分の興味と合った方々には巡り会えず.... 個人的に始めていくものなんですかね？ 有識者の方がいらっしゃいましたら、このスレッドに便乗して教えていただきたいです。 05: nmu:2018/10/06(土) 14:59 国立研究所の研究者です。 バイオハックと言っても、一般人向けにGFPを大腸菌に発現させる実験であれば、社会人のお小遣いの範囲でできるかと思います。リバネス社の企画で実験体験や研究室の貸し出しなどが不定期であるので、それに参加することもできるでしょう。 一方で、製薬企業や国公民間問わず研究所の研究者が職務外の興味で行うレベルのバイオハックは日本では実現困難だと思っています。例えば、インスリンを調製できたとして、そのプロダクトの評価には高額な機器が必要です。 思いつく範囲では、生物の分類学や生態学の分野では、専門家が把握できていないことが多いので（もともと市井の研究者が活躍していた分野なので）、新規な知見が得られると思います。 例：　A種と近縁の種B,C,Dがいた場合、これらA~Dは互いに遺伝的にどの程度離れているか？ 06: Taku:2018/10/15(月) 15:35 nmuさん、貴重なご意見ありがとうございます。 確かに、医薬品は特に申請の際に乗り越えなければならない壁が多いので、台所実験のレベルでは到底実現不可能かもしれませんね。 近年、海外の事例が多く取り沙汰された影響か、分子生物学的な実験によるバイオハックにアイディアが偏りがちな気がします。 個人的には、天然物培地を駆使しておもしろい能力を持つ (できればビジネスになるような能力を持つ) 細菌類を単離できるだけでも、立派なバイオハックになりうると思うのですが。 あとは、未だに自家受精による結実に成功していない園芸植物の突然変異体を単離するとか。 （ぱっと思いつくままに書いてますので、思慮不足であること、ご容赦ください） 各人が持っているアイディアを自由に交換したり、専門的またな経済的な実現可能性を話し合ったりする場だけでも、充実していけばいいのですが。 07: student:2018/10/16(火) 15:39 お二方ともご意見ありがとうございます。 やはり、個人で行う分子生物学実験は日本だと厳しいですよね。 コンストラクト作製だけで片手じゃ足りない数の障壁があるような気がします。 可能なのは、「然るべき施設で作られた組換え用プラスミドを、自宅の培養設備を用いて細胞に導入し、有用機能を発現させた細胞を何かしらに利用する」というくらいだと思います。 そのためにも、自宅で細胞培養ができるようにしておくことは、無意味ではなさそう。 その「何かしら」が一番大事だっていう話なんですけどね……。 nmuさんが言うような、市井の研究に近いことと言えば、最近だとヤコウタケの栽培キット販売が思い浮かびました。 ヤコウタケ、オワンクラゲなどの特殊な生体機能を持つ生物を対象にバイオハックするのが現実的で、意味がありそうですね（アカデミアでいうところの、生物資源の探索になるんでしょうか？）。 Takuさんのおっしゃる通り、生育の難しい菌（uncultivated bacteria）や植物であれば、自家栽培法の樹立だけでも十分な成果になると思います。 バカマツタケの栽培に成功した会社の株が急騰したことから、アカデミアに限らず ＜省略されました＞　[全文を見る] 08: ふぇちゅいん:2018/10/17(水) 22:14 キノコはフロンティアだねえ 09: Taku:2018/10/18(木) 09:08 松茸の人工育成、昔から趣味で個人研究されている方いらっしゃいますよね。 結局、バイオハックというキャッチーなネーミングがされただけで、昔でも今でもそういう方々はいらっしゃるんですよね。 そう考えると、いかにアイディアを共有して研究を加速化するか、いかに公共の実験施設を開放して高度な実験をオープン化するか、というところが、現代ならではの動きといったところでしょうか。 10: nmu:2018/10/18(木) 21:36 私の書き込みにちょっと誤解があったみたいなので、補足します。 >医薬品は特に申請の際に乗り越えなければならない壁が多い というよりも、もっともっと前の段階でつまづくと思うんですよ。ちゃんと全長のインスリンが発現しているか?正常なフォールディング・構造をもっているか?生体内で機能することを確認できるか? キッチンに質量分析やCD、DSC、動的光散乱、実験用マウスを揃えるなんて不可能ですので、作ることができても評価が難しいです（インスリンに限ったことではなく）。 DIYなり代用品なりで、どこまで準備できるのか？「準備できる範囲でできること」を前提として考えるのも、日本的バイオハックの方向性の一つだと考えてています。 例えば、ふぇちゅいんさんのブログから、PCR実験は個人でもできるようになってきたなぁと。これであれば、市井の研究者でも遺伝情報をベースとした生物の分類が可能になってくると思うんです。 11: nmu:2018/10/18(木) 21:49 もちろん、分子生物学に依らないバイオにも興味はあります。 昔、ヤコウチュウを増やすキットも売られていたと思います。 「光った」「増えた」というのは、上でも述べたプロダクトの評価方法として簡単なので、取り組みやすいと思います。 問題は何をターゲットにするか？ですね。 12: ｇｈｊｆ:2019/01/15(火) 12:50 自宅でdna泳動実験するのに 槽の循環冷却装置は魚の飼育水槽用のを転用できますか。 精度は1℃です。 可なら、 １。アースは必ず取れとあるがどうか。 自宅実験室が二階でして、 アースは一階の台所にターミナルが有るので 階段を含めてアース線を這わせねばなりませんので 屋内の景色が悪くなるなあと困っております。 そのうえ、長距離でアースして問題はないのかも不安です。 説明書には電源は専用で近くに配置せよとか 一台でやるなら循環能力が１ class上の機種を選べともあり、 危なそうな装置なのでアースも指示に従うべきかなと。 13: ｇｈｊｆ:2019/01/15(火) 17:47 投稿した質問が消えてますが 削除される理由が無いので 処理誤りですかね。 14: ｈｊｎ:2019/01/16(水) 12:08 ＜DNA抽出からPCRまでをDIYか委託かの比較を＞ 文献の勉強中である全くの未経験者が自宅で DNA+抽出と精製からPCRまでの実験をしたいなと考えております。 ゲル作成の所要時間、つまり慣れるまでの時間、 角度を変えての表現では練習回数、を考えると、 DIY精神の本siteには反しますが、 植物材料を受託会社に渡して配列決定まで やらせるほうが面倒が無くて良いか、 研究費が当たれば、です。 材料を送って抽出から配列決定までのfull courseで 1遺伝子（ｒｂｃL）で6万円、2遺伝子で8万円の受託会社料金と これから自宅で練習する場合との 所要時間と費用との両面での 比較検討をお願いできたら助かります。 参考として他に考える点は、 資金がすべてなので、自宅でやれる機会が 研究費が当たった時だけせいぜい１個体ｘ２遺伝子でという点です。 つまり、実験手技に慣れた後で頻繁に実験できる資金があれば 面倒な練習実験を繰り返しても意味があるが、 そうではありませんので判断に困っております。 最後に、 文献勉強で分かったことですが、 DNA系の手技は手法の細かな変化(改 ＜省略されました＞　[全文を見る] 15: nmu:2019/01/31(木) 23:40 「ある種類の植物のある１遺伝子の配列情報を知りたい」というのであれば、外部に受託するのが確実だと思います。 モデル生物であれば、すでに解析されているものも多いので、あらかじめ調べられると良いと思います。 16: ｈｊｎ:2019/02/01(金) 22:21 背中を押してくださったことに深謝します。 対象が粘質多糖たる寒天の原料の紅藻テングサなので DNA抽出の段階で困難があることはわかっており、 これまでに受託会社に材料を送って 手法の確立をしてもらいましたが、 配列に使えるぎりぎりの量を何とか取れたという水準です。 泳動したgelを多数送ってもらいましたが像は霞の彼方的なものです。 採集直後に送って泳動をやってもらえば DNA切断が無いからきれいな像が出るのかな。 ★ようやく応答が成立しました(＾￥＾) どうしてここは発言が少ないのですかねえ。 BioTechnicalフォーラムでは多量なのに。 ★mobile dna sequencer Minionが発売されましたが テングサに使えますかね。 ★同じくUK発の小型PCR　kit　Bento LabのHPには 予約者に発送中と書いてありますが ここの主催者が資金を出したにもかかわらず 入手報告が有りませんね。 17: nmu:2019/02/02(土) 13:08 テングサがGelidium elegansだとすると、いくつかの遺伝子は解析されています。 データベース（NCBI Geneなど）で検索すると出てきます。 >どうしてここは発言が少ないのですかねえ。 この掲示板は「日本でDIYbioを始めるにあたって……」という話を議論する掲示板だから、 BioTechnicalフォーラムとは趣旨が違うので、少ないのでしょう。 >mobile dna sequencer Minionが発売されましたがテングサに使えますかね。 使えるといえば、使えるんでしょうが、個人で扱うことを想定しているものではないと思います。 hjnさんが何をやりたいのかよくわからないのですが。 テングサのもつ特定の遺伝子配列を調べたいのか、全遺伝子を解析したいのか、個体差を調べたい・比べたいのか... ひとくちに遺伝子の解析と言っても、用途によって手法が異なるので、何を知りたいかから考えるとよいと思います。 18: ｈｊｎ:2019/02/02(土) 23:39 御返事に感謝します。 ＞個人で扱うことを想定しているものではない ええっ、非個人つまり集団で使うとはどういうことか、 ご解説くださいな。 「テングサ」は近縁属を含めて集合名詞的に使い、 英語ではgelidiaceous algaeと言います。 配列調べの目的は二種間の類縁の査定です。 barcodingにも関係する、最初に書いたrbcLなど数領域の短い遺伝子対象です。 19: nmu:2019/02/03(日) 21:16 >ええっ、非個人つまり集団で使うとはどういうことか、 >ご解説くださいな。 集団というか、企業や大学の研究室などが購入して、グループで使用するものだと思います。 理由は２つあります。１つはコスト面です。 DNAシーケンサーとしては破格の低価格ですが、本体価格が１０万円＋消耗品が必要になります。 今、シークエンス解析は1回１０００円以下で外注できます。600bp程度は解析できます。 １０万円あれば、100回以上できるわけですから、よほど大量に扱うのでなければ外注の方が安上がりです。 もう一つは、ノウハウが必要になるかもしれない点です。実際にMinionを使ったことはないので、断定はできません。 ただ、この手の装置を使って良い結果を得るには、相応の知識とテクニックが必要なことが多いです。 必要な試薬を混ぜて測ればOK、というふうにすんなりと行かないこともあります。 さて、本題のテングサの解析ですが、DNAを抽出して、PCRでrbcL配列を増やして、シークエンス解析を外注するのが最も確実＆安上がりだと思います。 上で書かれておりますように、DNAの抽出が難しいようですが、確実に抽出すること ＜省略されました＞　[全文を見る] 20: ｈｊｎ:2019/02/04(月) 21:51 ＞ノウハウが必要になるかもしれない そうですかあ。 ＞PCRでrbcL配列を増やして、シークエンス解析を外注するのが最も確実＆安上がり そのPCRがprimer設計なんてのが挟まるので面倒さが相当と感じ、 １遺伝子で６万、２遺伝子で8万とのことなので 海藻を渡してすりつぶしから配列までまるごと委託する案に傾いております。 その様な折に 浜辺で片膝ついて操作しておる宣伝写真が衝撃的なので 食指を動かされました。熟練者用と言うことですね、理解しました。 懇切丁寧なるご教示に深謝します。 21: ｈｊｎ:2019/02/05(火) 01:07 ＞この手の装置を使って良い結果を得るには、相応の知識とテクニックが必要 そうなんですかあ。 宣伝写真は浜辺で片膝付いて操作する姿なのでだまされました。 そもそも植物の場合細胞壁が有るから 粉砕という最初の段階はどうなるのかが疑問でした。 受託会社に材料を渡して試し泳動をやってもらった時に 配列が得られるか確定的でないので失敗した時の料金云々の話でした。 ＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊ 話がずれますが、 実験分担係に近所の主婦を雇って訓練してというUSAで昔聞いたやり方が つくばや医学部では10年前から始まっておりますね。 職安でもバイテク分野の実験補助の求人が医学部からしょっちゅう出ております。 ということは、 私が実験法の参考書や対象属の論文のM&Mを勉強してきて こりゃかなわんと感じるほど細かな手技の段階と別法の多さから考えて、 自分に適した手技の決定のむつかしさと慣れるまでの期間を考えると 未経験者が自宅で全工程を本当にできるのか との疑いが起きつつあります。 22: nmu:2019/02/05(火) 02:31 minionについては以下にレビューがあります。 https://tenure5.vbl.okayama-u.ac.jp/HM_blog/?p=3670 専門家でも「結構わかりにくいマニュアル」「解読の精度は低く」（現状では）などのコメントからも、難しい装置であることがわかります。 >そのPCRがprimer設計なんてのが挟まるので面倒さが相当と感じ、 "Phylogenetic relationships of some European Gelidium (Gelidiales, Rhodophyta) species, based on rbcL nucleotide sequence analysis"というタイトルの論文が公開されています。 この論文のTable2にプライマーが載っているので、そのまま使えるかもしれません。 しかしながら、 >未経験者が自宅で全工程を本当にできるのか まさにそこが一番難しいところだと思います。このスレッドの最初に挙げられているDIYbioの問題点の一つだと思います。 23: ｈｊｎ:2019/02/07(木) 21:59 minion情報をありがとうございました。ペケですね。 プライマ一覧の論文はscholarで見つけて読んだことが有ります。 ところでここの主催者自身のやっておることは 機械工学系つまり装置の組み立てですよね。 私は若いころはハムの、特に送信機の、組み立てを アルミシャーシーに穴をあける段階から楽しんでおりましたが、 それと同じです。水を使いませんから楽やし バイテクのDIYとは違うやんかと言いたい。 未経験者が始める場合の手技の調査でうんざりさせられる 「wet手技」の工程数の多さが問題なのです。 ここの主催者が自分でやったとして紹介画像を挙げておる景色には wet手技は有りません。工作場面ばかり出してあります。 あ〜ぁ、練習で消費する費用を考えるとやはり 植物を渡して2遺伝子8万で配列まで完全委託が合理的ですね。 実験補助員として就職する気が無ければ、ね（＾￥＾） 研究費に応募可能な財団はすべて抽出してあり、 これからシーズンなので申請書書きが大変。 でも日本は年齢差別が常識なので 要項に書いて有らずとも落とされる覚悟で応募せねばなりません（＾￥＾）< ＜省略されました＞　[全文を見る] 24: student:2019/02/12(火) 14:32 ウェット実験手法のノウハウをウェブで公開している人は確かにいませんね。 細胞培養ならShojinmeatの方々がアップしていますが、DIYのDNAワークは日本だとあまりやられていないかも。 以前にYCAMの「森のDNA図鑑」プロジェクトでrbcL遺伝子のシーケンスを行なっていたので、練習次第で個人でもできるとは思います（解析結果をみるに、精製度に難はありそう）。 https://special.ycam.jp/dna-of-forests/#/chuo-park/panorama/s-24 ウェブじゃなくても良いなら、バイオ実験イラストレイテッドシリーズという本がおすすめですよ。 DIYバイオではないので、試薬と機器の調達を工夫しなければいけませんが。 自分がDIYで泳動実験するとしたら、下記の要領でチャレンジする気になるかなどうかという感じです。 1. DNAの抽出 ・株式会社リーゾで販売しているキットを用いる（アマゾンから購入） http://biohacker.jp/c/BH64.html 2. PCR ・サーマルサイクラーをOpenPCRから購入（自作できるなら自作） ・プライマーはBioneer社から購入 http://biohacker.jp/c/BH53.html ・DNAの精製度が悪いと思うので、泳動後、目的バンドが出 ＜省略されました＞　[全文を見る] 25: ｈｊｎ:2019/02/20(水) 17:59 バイオ実験イラストレイテッドは3巻とも所有しており、 しっかり読んで手順を書き出しました。 ＞上記には挙げなかったピペットマンとか、オートクレーブ機器とか 雑多に色々必要ですので、 初期費用とランニングコスト共に結構かかりそう。 「雑多に色々」が当分野が困ったちゃんな原因ですね。 10年位前の集中して実験手技の調査をしておりました時に 知恵袋あたりでDIYに必要な一式費用を尋ねたら 200万との答えをもらったことを思い出しました。 この額に納得しかけておる今日この頃です。 10年間民間財団の助成が当たりすぎて（非道都市は3件同時で計200万） 琉球の分布調査で野帳で旅行記を出版する計画なほど遊び過ぎまして、 10年ぶりに手技の勉強に戻ったらほとんど忘れておりまして 論文用には植物を渡しての全面委託で配列まで、にほぼ決めております。 しかし泳動装置はもったいなくて 市のゴミ回収に出すわけには行きませんので 何とか最低水準の、泳動距離比較だけでならば DIYで遊べるのではと思ってお尋ねしております。 しかし制限酵素処理とPCRがねえ、メンドクサイなあと。 ＜省略されました＞　[全文を見る] 26: ｈｊｎ:2019/02/20(水) 18:03 丸投げ先はリーゾですよ。 寒天分という恐怖の粘質多糖が多量のテングサなので 試料を送ってbandが出るかやってもらったことが有りましたが、 かすれた像のゲルを多量に送ってくれました。 27: ｈｊｎ:2019/02/20(水) 18:08 ＞リーゾで販売しているキットを用いる これはむかしそそられましたが、 完品かと思いきや 溶媒系が数種含まれておらぬ故、 別に自分であつらえねばなりませんのでがっかりです。 どうしてこう障害続きなのか、プンプン 28: 助さん:2019/03/06(水) 22:08 何か勘違いをなさっていませんか？ PCR無しでcrudeなgenomic DNAを泳動して、どうやって特定の遺伝子の多形を調べるおつもりか？ 29: ｈｊｎ:2019/03/12(火) 17:12 あ、いや、計画を細かく述べる必要は無いので端折りました。 精製や増幅の各段階を増やして行って経験を増やしつつ 様子を見る計画なんですよ。 ｒｂｃLなどの多型は、技術の信頼度の点で後日 植物試料を渡して抽出から配列決定までのまるごと会社に委託します。 目下、初めて遊びで泳動を実施するので初心者用として 小学生用の核酸抽出実験で得たものを一旦泳動して どうなるかに関心があります。 得たDNAを割りばしで巻き取ると書いて有るので そのままでは分子が巨大すぎて泳動に不適かな⇒ 熟練者様のようなので結果の推定をお尋ねします。 30: 助さん:2019/03/12(火) 18:50 「小学生用の核酸抽出実験」がどのようなものか正確にはわかりませんが、 巻取り法で精製したDNAを通常のアガロースゲル電気泳動にかけたら かなり上方にバンドが出て上下にスメアを引くでしょう。 タンパク質や多糖が十分に除かれていないなら、ウェルに留まってゲルに入って行かない 画分が増えるでしょうね。 31: ｈｊｎ:2019/03/13(水) 03:55 実施するまでも無くそれが予想できるわけですね。 では経験するまでも無いので止めます。 ご教示に感謝します。 制限酵素処理とPCRとの前後関係が逆転した手法が 実験書に載っておりますが、どういうことかご解説願えますか。 他方、 rapd, aflp, rflpはすべて欠点だらけなので旧式らしいですが 費用、労力、習得時間、data量、信頼性、解像度について優れた点が多い 「新しい」やり方は何ですか。MASAはかなり良さそうですね。 最後に、PCRをせずに済むことは大雑把に言えば「無し」ですか。 32: 助さん:2019/03/13(水) 11:06 うーん、おっしゃっていることがよくわかりません。 まず、私が書いたようなことが予想できるなら、とのことですが、そうでないなら例えばどのようなことを想定されていたのですか？ 制限酵素処理とPCRの順序が逆転とは？実験の目的によってどちらもあり得るでしょう。それは手法云々の問題じゃないと思いますが。 「新しい」やり方とは、「何の」やり方でしょうか？おかきになっているfour letter wordが何を指すか私には自明ではありません。 「PCRをせずに済む」とは、何をするためにの話でしょうか。種の類縁関係を調べるなら、配列決定は必須でしょう。全ゲノムを決定したいというのでなければ、PCRによって当該遺伝子を増やすのが一番簡単な方法なので、それを回避する理由がわかりません。 総じて実験方法に関する"遠近法"が通常とは違っている印象があります。身近に方法について相談できる方はいませんか？ 33: あ:2019/03/13(水) 17:13 全体的に情報が不足しているんですよね。 個人的にはご専門ではないせいで情報の取捨選択が上手くできておらず、やりたいことが先走ってはしょりすぎた話し方になっている印象を受けます。 最終目標は何か、そのために何がしたいのか・何が欲しいのかをできる限り詳細に書いてほしいですね。 これでも見たんですかね？ https://www.jstage.jst.go.jp/article/kagakutoseibutsu1962/37/5/37_5_345/_pdf/-char/ja なんというか、バイオハックしたい人たちは総じて研究というよりは実験をしたい人たちって感じがします。 34: あ:2019/03/13(水) 17:50 MASA法ってこれですか？ http://journal.jsgs.or.jp/pdf/030040897.pdf かるーくイントロ読んだだけですけど、「3'末端が特異的になるようなプライマーを用いて厳密な条件設定の下にPCRを行うと」って書いてあります よく分からなくなったんですが、そもそも何がしたいんでしたっけ？ 遡って読んだ感じ、いろんな天草のRCBL領域の塩基配列を比較したいだけ？ それってゲノム取ってきてRCBL領域よりちょっと広くPCRかけて、PCR産物をシーケンス解析に出して届いたデータ解析するだけじゃないんですか？ なんでこんなに難しい話してるんですか 35: student:2019/03/15(金) 13:39 >制限酵素処理とPCRとの前後関係が逆転した手法 genomic DNAの多型をみる場合、そもそも制限酵素処理は必要ないと思います。 （genomic DNAに制限酵素サイトあるような特殊な場合を除いて） >何とか最低水準の、泳動距離比較だけでならば >DIYで遊べるのではと思ってお尋ねしております。 と25レス目ありますので、スプライシングバリアントとかなんですかね？ cDNAの長さが結構違うならcDNAとるだけでも比べられるかもしれませんよ。 まずは市民団体が主催のDIYバイオのハンズオンなどに出てみると、どのように実験するのが良いか明確になってくるかな、と思います。 http://bioclub.org/ （BioClubの回し者というわけではないのですがｗ） 36: ｈｊｎ:2019/03/22(金) 05:10 少し発言が貯まりましたね。 ＞genomic DNAの多型をみる場合、そもそも制限酵素処理は必要ない この意味は粗抽出後に断片化させる必要は無い、と受け取りましたが、 そうならば、 前に小学生用の実験書でバナナとブロッコリとのDNA抽出を読みましたが この水準の粗抽出で得たDNAを泳動しても bandは一本しか出ぬとの意見をもらいました。 ＞市民団体が主催の 前にも無料のそれを調べましたが 数年ぶりに検索して10件くらいに 来年度の実施予定を尋ねたら 続々とかなり高額の有料になっておりました。 「 あ」さん、 配列については海藻試料を渡して完全委託にします。 未使用のmultiphor II＋電源を所有しておるもので 捨てるにはもったいなさすぎると考え、 移動度の差で遊び実験したいなと考えたので 方々で質問しまくっております。 rbcLなどの1kｂｐ以下の断片を得てPCRする場合に primerと制限酵素とが関係するのか否かが 未だによくわかりません。 ＞PCRかけて 制限酵素とprimer設計なんぞと言う なんか面倒な手技が絡んでくるようなので 細かく疑問点を聞きまくる羽目に。< ＜省略されました＞　[全文を見る] 37: あ:2019/03/22(金) 09:16 自分でも何がしたくて何をしなきゃいけないのか分かってないんだったら、独学なんて金も時間も浪費するやり方はやめたほうがいいですよ 38: student:2019/03/22(金) 16:01 >移動度の差で遊び実験 もしかして、制限酵素断片長多型を見ようとしてますか。 RFLPは検出にプローブが必要なので、自宅で検出するのは厳しそうな気がしますね。 「genomic DNAの多型をみる場合、そもそも制限酵素処理は必要ない」というのは、ゲノムDNA中の配列をPCRで増幅し、PCR産物をシーケンスにかけることを指したつもりで言いました。 この時には制限酵素処理などはいらないです。ゲノムDNAを鋳型にPCRをかけるのみ。 （PCR産物をサブクローニングするとかならDNAワーク必要ですが） 「海藻試料を渡して完全委託」はこのことだと思います。 ゲノムDNAを渡しても多分なにも結果が得られませんよ。 >自分でも何がしたくて何をしなきゃいけないのか分かってないんだったら、独学なんて金も時間も浪費するやり方はやめたほうがいいですよ これを学ぶために、一度市民団体のハンズオン出るのもありな気がしますね。 業者に解析依頼すると結構お金かかると思いますし、そこのコストは自分の勉強だと思ってとってもいいのでは？ 39: ｈｊｎ:2019/03/23(土) 04:52 読んだ文献にRAPD　RFLP　AFLPはどれも旧式で欠点だらけであると有る物が有りました。 また DNAレベルでニンジン生薬の識別のために 簡易で再現性のある方法を開発することを目的として， 3種間の18S rRNA遺伝子塩基配列決定の違いをベースとした， PCR-RFLP法とMASA法を適用した． MASAはPCR機械と電気泳動装置ならびに反応試薬があれば比較的簡単であって、 適切なPCRプライマー設計とPCR条件の基礎検討を十分行なえば 再現性のよい高精度の結果が得られる（関谷1997）というのも。 面倒でない=step数が少ないのが良いのでMASAに気をひかれます。 私がやろうとしておることは用語を使えばRFLPですね、 ｒｂｃL、matK、ND5、COI、nrITSについての。 primerでうんざりしておるのにprobeなんてのも出てきましたかあ。 ＞市民団体のハンズオン出るのもありな気がしますね。 そこのコストは自分の勉強だと思 たしかにね、とにかく手を動かさねば理解できませんから。 大学や国研でも無料で数年前にやってましたが、 来年度に有料に成るのは8千円と2万円とが明らかになっております。 無料のが6件くらいです ＜省略されました＞　[全文を見る] 40: 助さん:2019/03/23(土) 12:06 根本的な考え違いをされているようです。高等植物のゲノムサイズはどのくらいだとお思いですか？ 通常のアガロースゲル電気泳動で分別することのできるDNAのサイズはどのくらいのレンジかご存知ですか？ それを典型的な制限酵素で切断したいくつに切れるか計算してみてはいかがでしょうか。 通常のDNAの電気泳動が目的なのだからMultiphor IIのことはもうお忘れになった方が良いですよ。 皆さん、何度もご指摘になっているのに、なぜそこに執着されるのでしょうか。 primerと制限酵素？PCR産物でRFLP解析するということですか？ RFLPは種内の系統解析には使えるでしょうが種間で比較しても意味があるとは思えません。 配列解析一択でしょう。 これらは目的とされている実験のデザインでは基礎の基礎であって、体で覚えるなどといったこととは無縁の話です。 悪いことは言いませんからプロと共同研究をなさることをお勧めします。 41: 助さん:2019/03/23(土) 13:56 高等植物じゃなくて藻類でしたね。でも、それでも同じです。 42: あ:2019/03/23(土) 17:28 個人的には、自分の考えありきで話を進めておりあまり他人の意見を聞かない方であるようなのでこれ以上の助言は無用ではないかな、と考えております。 43: ｈｊｎ:2019/03/23(土) 20:08 >Multiphor IIのことはもうお忘れになった方が良い なぜそこに執着されるのでしょうか。 他人の意見を聞かない 「使ってやらねばならぬ」との義務＋言うも恥ずかしい遅れた責任感からです。 本機についての考えは何度も言うように遊びです。 配列は委託に出しますから本機とは無関係です。 共同研究を言われるとは思っておらず。 助成が当たれば気が変わってそうすることは有るかも。 しかし、 配列決定は他人が技術を確立しており、 類縁推定+系統樹描画progmは他人のを使って機械的に結論が出る、 では 自身の研究部分がゼロとなって routine workの極致であって研究とは言えませんから 共同研究なんて大げさなことにする価値が無いと感じます。 組み換えなら変な生物を作ったら独創性が出ますね（＾￥＾） 44: nmu:2019/03/23(土) 22:36 久しぶりに書き込みいたします。 Multiphorの件は私は構わないと思います。 手元にある装置を使ってみたいという気持ちはよくわかります。 それはお好きにすればよいです。 私が気になったのはこの部分。 >自身の研究部分がゼロとなって >routine workの極致であって研究とは言えませんから >共同研究なんて大げさなことにする価値が無いと感じます。 実験はroutine workであっても構わないんですよ。 何が知りたいか、得られた結果からどう解釈するかが重要なはずです。 それがご自身の研究部分なんじゃないでしょうか。 45: 助さん:2019/03/24(日) 15:41 >共同研究なんて大げさなことにする価値が無いと感じます。 いや、お書きになっていることがあまりに的外れなので、どなたかに一から教えてもらう（手法だけでなく研究のデザインも）必要がある現状で、 もしそうしてくれる人がいるとすれば、その人は天使でなければ共同研究者しかあり得ないと言ってるんです。 46: あ:2019/03/25(月) 02:12 勉強もしない、人に教えも乞わないド素人が考えることってこんなにワケ分かんないんだなあという意味でこの掲示板は非常に為になりました 47: ｈｊｎ:2019/03/25(月) 07:05 素人素人と吠えるのはピペドやろな。院生かも。 そろそろ無礼な若造が出て来る頃やろなあと思って居ったわい。 勉強し続けの毎日だわ。しかるに 下記なので私が手法をなかなか決められずに 細かな質問をしまくらねばならぬのであることが分かった。 ttps://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/nucleic_acid/vol1.html 核酸の大きさやその溶液の性状によってこれらの手順の細かい操作は異なる． また個々の研究室によってもその操作の違いも大きいようだ． (中略) におけるエタノール沈殿法の記載にも各操作の時間に幅を持たせてあり， 種々のオプションも盛り込まれているので，手法を決定しにくい． 48: あ:2019/03/25(月) 08:57 まあとりあえず、biotechnicalフォーラムに意味不明なスレッドをこれ以上お書きにならなければ何でもよいと思います。頑張ってください。 49: あ:2019/03/25(月) 09:11 2ちゃんねるなんかではよく、「専門板で素直に質問するよりも、失礼な態度で誤ったことを唱えるほうが聞きたいことが聞ける」などと言われていますがやられるほうはたまったものではありませんので、どうぞよろしくお願いいたします。 50: student:2019/03/25(月) 13:46 そもそもこのスレッドは「日本でDIYbioを始めるにあたって」という趣旨でしたので、細かな実験手技の質問について応えているのは皆様のご好意です。 それをピペドだとか、無礼な若者だとか、そういう風にいうのは違うんじゃないですかね。 ただし、hjnさんが抱えている問題や当該スレッドで起こったすれ違いは、バイオ実験に個人がアクセスしにくいという現状にも原因がある気がしますが。 DIYバイオの教本として最近出版された本(*1)でも実験デザインを組み立てる重要性が念押しされておりましたが、そもそも専門外の個人が生物実験をするという事自体がかなり難しいということが認識できました。 話題は変わりますが、最近考えているのは、生物実験ってインパクトがないですよね。 生化学のミクロな世界は想像で補う部分もあるので、DIYバイオは「なんかよくわからない怖いもの」になってしまいがちなのだと思います。 遺伝子組み替え食品やウイルスの怖さに似ている面ですね。 そういう意味で、培養肉ってのはかなり良いテーマだなと思いました。最近は日清も手を出し始めたようですし（*2）。 自分でもできそうな意義のあるテーマを見つける ＜省略されました＞　[全文を見る] 51: nmu:2019/03/28(木) 00:40 いろいろ荒れていましたが、本題に戻しましょう。 >培養肉ってのはかなり良いテーマだなと思いました。 これは個人の感じ方の違いですが、僕は抵抗あるなぁ。 趣味でやるDIYバイオなら、もっと無駄な方向に進んでみるのはどうでしょう。 合成生物学の本で例示されている「バナナの匂いのする大腸菌」は面白いですね。 52: あ:2019/05/23(木) 00:38 バイオハッカーども元気？息してる？ 53: あ:2019/06/20(木) 17:45 なんでバイオハッカー死んでしまったん？ 54: student:2019/06/25(火) 16:46 素人にはとっつきにくい、本職は自分の研究環境で実験するっていう状況？ 必要に迫られているわけでもない、ビジネスにもならない、想像以上に手間がかかる。 これでは金と時間があまってるか、よほど情熱がある人じゃないとやらないですよねｗ 55: nmu:2019/07/22(月) 22:56 バイオハッカーが増えない理由はランニングコストが高いことだと思います。 初期投資もかかるけれど、それ以上に細々した消耗品や試薬類を揃えるのに大変な手間とお金が必要になります。 今後、それらが世間に普及して値下がりするような気配もないですし。 このブログ主のように自作することを楽しめる人が生き残っているんだと思います。 56: ふにふ:2019/11/03(日) 16:12 製薬研究者で研究所からは降りたものです 別に本職が研究ではなくなったけど暇潰し程度にやりたい人とかいると思うんですよねー 僕はそのパターンです あと農家さんはゲノム編集作物を売る企業に高い金払うくらいなら自分たちでガレージで作ってやってみたいでしょう 繁殖農家だって高い精子いらんがな 遊びで週末に世界一辛い唐辛子と世界一辛いミニトマトの開発を行う理系リーマン いいじゃないですか やっぱ試薬会社が個人相手に売らない、プレハブラボ作るにも土地が高い 日本はまた一歩確実に後退国になっていくんでしょう 57: Taku:2019/11/12(火) 12:45 私は現役、でも、本職のテーマ自由度はたかが知れています。 本当の意味で自由にアイディアの具現化ができるDIYバイオは楽しいと思うのですが、ひとりでは何とも動き出しにくいです...（←甘えですが) ITと違って初期検討にコストがかかるバイオ分野は、ひとりではどうにもならないことが多い気がします。 私みたいな、やりたいけど動き出せないゆとり人向けの意見交換やミーティングの場、もっとたくさん欲しいです。 おすすめありませんか？ そんな私は仕事の片手間で、バランスドアクアリウム、分析機械づくり、オープンデータのIn silico解析等々をやっていますが、いつまでも趣味です(笑) 58: あ:2019/12/05(木) 16:06 なんというか、みんなDIYがしたいだけで研究がしたいわけじゃないのが透けて見えるのが残念ですよね。 モノ作って何かやってやった感味わってるだけですよね。 それすらも知識不足や慢心のせいでゴミ作ってるだけだし…。 目標が研究ならオリジナルツールはあくまで手段ということを忘れてはいけないし、 目標が工作なら手間隙かけてゴミ作っておいて満足してるようじゃダメだし。 楽しいからいいじゃんっていうならバイオハッカーって言わずに日曜大工のおじさんって名乗ってください。 59: ベンゼン:2019/12/30(月) 17:50 薬品から作ったらどうですか 例えばクロロブタノールだったら 漂白剤（次亜塩素酸ナトリウム）とアセトン（ホームセンターで売ってます）を混ぜれば ハロホルム反応でクロロホルムができます。そのクロロホルムとアセトンと水酸化ナトリウムを冷ましながら 攪拌すれば求核置換反応でクロロブタノールができます。 60: あ:2020/02/12(水) 01:15 久々に来たけどバイオハッカーとかいう日曜大工おじさんほんと死んでるな　やる気ねーのか 61: あ:2020/03/28(土) 12:51 コロおじバイオハッカーなんだし早くどうにかしたら？ 62: Sea:2020/09/19(土) 05:35 DIYで実験する際に水の純度を上げるのが大変だなーと思う。 超純水の製造装置は安くなってきているとはいえ、40〜万だし。 2回蒸留水で十分かもしれないけど、ふぇちゅいん氏はどうしているのか。 64: ふぇちゅいん（管理人）:2020/10/28(水) 12:00 蒸留水は使ってないね。全部RO水でやっているけど問題無いよ。 RNA扱う時用に薬局で蒸留水買ってあるけど、結局無くても大丈夫と分かった。 65: Sea:2020/11/05(木) 23:44 返信ありがとうございます&#128522; HP見て参考にさせて頂いてます。 66: 蟹ヶ谷:2020/11/07(土) 11:45 記事楽しく拝見させてもらってます。バイオハッカージャパンのFANなので、是非ともSlackにも参加したいのですが、リンクを貼り直してもらえないでしょうか？よろしくお願いします！ 67: ぺとるしゅか:2022/04/03(日) 00:30 初心者です。 bioneer社でガイドrnaデザインができるものと見受けられたのですが、 さすがにガイドrna頼むのは通関的にアウトでしょうか どちらかと言うとヒトゲノムやマウスゲノムの個人研究がしたいのですが、 どこらへんまでがセーフなのかわからないもので、、、   名前： アイコン はろ〜 メモメモっ (^^) にこにこ わくわく わーい てへっ じたばた まあまあ あせあせ う〜ん ケケケッ が〜ん うるうる ねむい がんばれ こんばんわっ ネッ♪ オォ！ おいおい ぎゃはははっ ふっ はて？ きょろきょろ うんうん ぱんっ ぱちぱち きゅぅん sage：　 　   (((↓この下から書く↓)))

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