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1 :日本でDIYbioを始めるにあたって……(35)  2 :書き込みテスト(13)  3 :ちわっす☆(01)  4 :はじめまして☆(78)  5 :初心者向けのスクールある?(03)  6 :「DIYバイオ・バイオハッカー掲示板」を作成しました。(01) 
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1: 日本でDIYbioを始めるにあたって……  レス数10でのページ 1 2 3 4  全レス

01: student:2018/09/14(金) 19:17

生命科学系大学院の博士課程に在籍しています。
「バイオの民主化」と謳われ、勢いを増すDIYbioを嬉しく思っています。
最近になって興味を持ち、DIYbioを始めるために、半年ほど情報収拾をしました。
DIYbioの問題点や、これからの方向性を整理・共有したいです。
とりあえず、これまでに私が感じたことを、この掲示板をお借りして話させていただきます。

1. 日本ではコミュニティが小さい
国際的DIY展示会のMAKER JAPAN 2018では、バイオロジー関連出展者は両手で数えられる程度でした。
日本で現在特に大きいDIYbio団体は、Shojinmeat, BioClub, YCAM, FabLabくらい。
オープンサイエンスの流れを受けて勃興したはずのDIYbioが、日本では結局小さなコミュニティで共有されるのみになっている。
ウェブだと、個人ブログかバイオハッカージャパン様くらいしか交流の場がない(5chにも関連スレッドはない……)。

(続く)

27: hjn:2019/02/20(水) 18:08
>リーゾで販売しているキットを用いる

これはむかしそそられましたが、
完品かと思いきや
溶媒系が数種含まれておらぬ故、
別に自分であつらえねばなりませんのでがっかりです。
どうしてこう障害続きなのか、プンプン

28: 助さん:2019/03/06(水) 22:08
何か勘違いをなさっていませんか?
PCR無しでcrudeなgenomic DNAを泳動して、どうやって特定の遺伝子の多形を調べるおつもりか?

29: hjn:2019/03/12(火) 17:12
あ、いや、計画を細かく述べる必要は無いので端折りました。
精製や増幅の各段階を増やして行って経験を増やしつつ
様子を見る計画なんですよ。

rbcLなどの多型は、技術の信頼度の点で後日
植物試料を渡して抽出から配列決定までのまるごと会社に委託します。

目下、初めて遊びで泳動を実施するので初心者用として
小学生用の核酸抽出実験で得たものを一旦泳動して
どうなるかに関心があります。

得たDNAを割りばしで巻き取ると書いて有るので
そのままでは分子が巨大すぎて泳動に不適かな⇒
熟練者様のようなので結果の推定をお尋ねします。

30: 助さん:2019/03/12(火) 18:50
「小学生用の核酸抽出実験」がどのようなものか正確にはわかりませんが、
巻取り法で精製したDNAを通常のアガロースゲル電気泳動にかけたら
かなり上方にバンドが出て上下にスメアを引くでしょう。
タンパク質や多糖が十分に除かれていないなら、ウェルに留まってゲルに入って行かない
画分が増えるでしょうね。

31: hjn:2019/03/13(水) 03:55
実施するまでも無くそれが予想できるわけですね。
では経験するまでも無いので止めます。
ご教示に感謝します。

制限酵素処理とPCRとの前後関係が逆転した手法が
実験書に載っておりますが、どういうことかご解説願えますか。

他方、
rapd, aflp, rflpはすべて欠点だらけなので旧式らしいですが
費用、労力、習得時間、data量、信頼性、解像度について優れた点が多い
「新しい」やり方は何ですか。MASAはかなり良さそうですね。

最後に、PCRをせずに済むことは大雑把に言えば「無し」ですか。

32: 助さん:2019/03/13(水) 11:06
うーん、おっしゃっていることがよくわかりません。

まず、私が書いたようなことが予想できるなら、とのことですが、そうでないなら例えばどのようなことを想定されていたのですか?

制限酵素処理とPCRの順序が逆転とは?実験の目的によってどちらもあり得るでしょう。それは手法云々の問題じゃないと思いますが。

「新しい」やり方とは、「何の」やり方でしょうか?おかきになっているfour letter wordが何を指すか私には自明ではありません。

「PCRをせずに済む」とは、何をするためにの話でしょうか。種の類縁関係を調べるなら、配列決定は必須でしょう。全ゲノムを決定したいというのでなければ、PCRによって当該遺伝子を増やすのが一番簡単な方法なので、それを回避する理由がわかりません。

総じて実験方法に関する"遠近法"が通常とは違っている印象があります。身近に方法について相談できる方はいませんか?

33: :2019/03/13(水) 17:13
全体的に情報が不足しているんですよね。
個人的にはご専門ではないせいで情報の取捨選択が上手くできておらず、やりたいことが先走ってはしょりすぎた話し方になっている印象を受けます。
最終目標は何か、そのために何がしたいのか・何が欲しいのかをできる限り詳細に書いてほしいですね。

これでも見たんですかね?
https://www.jstage.jst.go.jp/article/kagakutoseibutsu1962/37/5/37_5_345/_pdf/-char/ja
なんというか、バイオハックしたい人たちは総じて研究というよりは実験をしたい人たちって感じがします。

34: :2019/03/13(水) 17:50
MASA法ってこれですか?
http://journal.jsgs.or.jp/pdf/030040897.pdf
かるーくイントロ読んだだけですけど、「3'末端が特異的になるようなプライマーを用いて厳密な条件設定の下にPCRを行うと」って書いてあります

よく分からなくなったんですが、そもそも何がしたいんでしたっけ?
遡って読んだ感じ、いろんな天草のRCBL領域の塩基配列を比較したいだけ?
それってゲノム取ってきてRCBL領域よりちょっと広くPCRかけて、PCR産物をシーケンス解析に出して届いたデータ解析するだけじゃないんですか?
なんでこんなに難しい話してるんですか

35: student:2019/03/15(金) 13:39
>制限酵素処理とPCRとの前後関係が逆転した手法
genomic DNAの多型をみる場合、そもそも制限酵素処理は必要ないと思います。
(genomic DNAに制限酵素サイトあるような特殊な場合を除いて)

>何とか最低水準の、泳動距離比較だけでならば
>DIYで遊べるのではと思ってお尋ねしております。
と25レス目ありますので、スプライシングバリアントとかなんですかね?
cDNAの長さが結構違うならcDNAとるだけでも比べられるかもしれませんよ。

まずは市民団体が主催のDIYバイオのハンズオンなどに出てみると、どのように実験するのが良いか明確になってくるかな、と思います。
http://bioclub.org/
(BioClubの回し者というわけではないのですがw)

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2: 書き込みテスト  レス数10でのページ 1 2  全レス

01: 管理人:2014/07/14(月) 21:03
ここは書き込みテストを行うスレッドです。

05: 管理人:2016/03/11(金) 00:12
てすとてすとてすとてすとてすとてすと

06: 管理人:2016/03/11(金) 00:29
もう一回てすてすてすてすてす

07: 管理人:2016/03/11(金) 00:30
ああああああああああああああああああああああああああああああ

08: TOG:2017/11/29(水) 06:47
あああああああああああああああ

09: nmu:2018/10/06(土) 15:35
テストーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー

10: ghjf:2019/01/16(水) 12:06
新threadを作っておらぬにもかかわらずそれを理由として拒否された。
既存に発言を二度送ったが掲載されず。どういうことか

11: hjn:2019/01/16(水) 12:10
今投稿したらすぐのりました。
数日かかる場合があるとはどういうことですか。

12: 藤井かける:2019/02/01(金) 22:18
唐澤貴洋をナイフでメッタ刺しにして殺す

13: 唐沢貢洋:2019/03/07(木) 00:14
               W'`´‘`´‘火ソ
              ノ..____ l ミ
              l |   ⌒ ⌒\ミ
            -ヾ.ノ   ((・  ・)) .|ミ 当職が殺害予告されてる!?
          ,/ ヾ.ノ     ∪__l,l._______
         /    l,l    ー-| |             .|
______/     ヽ___.| |              |
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 ̄ ̄ ̄!、(

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3: ちわっす☆  全レス

01: シフォンちゃんだぜ☆:2018/08/24(金) 17:29
2年だけテスト3つもあるとかまじかよおおおお!?!
!!

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4: はじめまして☆  レス数10でのページ 1 2 3 4 5 6 7 8  全レス

01: Ryuryu:2014/07/15(火) 14:36
はじめまして!
日本にもGENESPACEのような、
DIYバイオができる、fablabをつくるのが夢です!

現在は、iGEMという合成生物学の世界大会 にチャレンジしてます!
いろいろ、情報交換できたらと思ってます。よろしくお願いします。

70: 通りすがり:2015/11/02(月) 23:20
ついでにもう少し。

アガロースやラダーマーカーなどなど
必要な試薬の殆どはaliexpressなんかで買えます。
チューブなどの消耗品、マイクロピペットなども大概はありますし、安いです。
到着まで時間がかかりますし、
厳密な実験だと信頼性など不安な点もありますが、
お手軽に試すにはもってこいです。

サーマルサイクラーなどの機器はヤフオクなどにも出ていますし、
中古機器屋さんは相手が個人でも売ってくれます。
また海外のメーカー・業者も個人相手に売ってくれることがあります。

DIYの精神にもとるかもしれませんが、適宜こういうのも使えばいいのではないでしょうか。

71: 通りすがり:2015/11/29(日) 17:34
UVをよく吸収するのはポリスチレンですね。

エチブロで染めるのであれば
UV-LED(ピーク波長375nmくらい?)やブラックライト(365nm)の波長はいまいちかと。
日焼けマシン用UVBの蛍光管(311nm)が適合します。

72: tes:2016/03/02(水) 00:03
気泡のないゲルの作成についてですが、どうにかして真空引きができれば良いかと思います。
「真空保存庫」というのが安く手に入るようですね。
参考になれば

73: 管理人:2016/03/11(金) 00:06
テストです。ああああああああああああああ

74: 管理人:2016/03/11(金) 00:11
>>72
ゲルの量を間違っていただけで、きちんと1%ゲルになるようにしたら、そんなに気泡は出来なくなりました!

75: 通りすがり:2016/11/15(火) 01:06
管理人さん、杜撰すぎ
やる気ないでしょ?

76: TOG:2017/11/29(水) 06:49
管理人さんの書いたペニシリンの酸性アルカリ性の話しってあってます?

77: アルビノ:2017/12/25(月) 18:19

はじめまして、バイオハッキングでアルビノになれたらいいなぁ〜と思って調べています。
なにか良い方法があれば是非とも教えてください。

78: 副社長:2018/07/06(金) 13:43
ホワイトハッカーの皆様初めまして。

私はあるIT企業で副社長をさせていただいてます。

今回はハッカーの皆様のお力をかしていただきたくここに書かせていただきました。

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既に数百憶の案件も来ております。

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5: 初心者向けのスクールある?  全レス

01: 学生:2016/08/19(金) 15:39
初めまして、DNAを使う実験方法を教えてくれるスクールとかありませんか?

02: ハイネオ:2019/01/20(日) 04:03
こんにちは同じく初心者です。DIYバイオキッドほしいです。
買えるとこわかりますか?

03: ハイネオ:2019/01/20(日) 04:04
こんにちは同じく初心者です。DIYバイオキッドほしいです。
買えるとこわかりますか?

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6: 「DIYバイオ・バイオハッカー掲示板」を作成しました。  全レス

01: 管理人:
「DIYバイオ・バイオハッカー掲示板」がスタートしました。


 只今、このスレッドへの書きこみは、出来ません。

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