KoMaDo   BioHacker.Japan : DIYバイオ・バイオハッカー掲示板 ■ HOME    
DIYバイオ・バイオハッカー掲示板トップへ ▼カッ飛び最後   全レスを表示
 レス数10でのページ 1 2 3 4 5 6 [最新レス]

  日本でDIYbioを始めるにあたって……

11: nmu:2018/10/18(木) 21:49
もちろん、分子生物学に依らないバイオにも興味はあります。
昔、ヤコウチュウを増やすキットも売られていたと思います。
「光った」「増えた」というのは、上でも述べたプロダクトの評価方法として簡単なので、取り組みやすいと思います。
問題は何をターゲットにするか?ですね。

12: ghjf:2019/01/15(火) 12:50
自宅でdna泳動実験するのに
槽の循環冷却装置は魚の飼育水槽用のを転用できますか。
精度は1℃です。

可なら、
1。アースは必ず取れとあるがどうか。
自宅実験室が二階でして、
アースは一階の台所にターミナルが有るので
階段を含めてアース線を這わせねばなりませんので
屋内の景色が悪くなるなあと困っております。
そのうえ、長距離でアースして問題はないのかも不安です。

説明書には電源は専用で近くに配置せよとか
一台でやるなら循環能力が1 class上の機種を選べともあり、
危なそうな装置なのでアースも指示に従うべきかなと。

13: ghjf:2019/01/15(火) 17:47
投稿した質問が消えてますが
削除される理由が無いので
処理誤りですかね。

14: hjn:2019/01/16(水) 12:08
<DNA抽出からPCRまでをDIYか委託かの比較を>

文献の勉強中である全くの未経験者が自宅で
DNA+抽出と精製からPCRまでの実験をしたいなと考えております。

ゲル作成の所要時間、つまり慣れるまでの時間、
角度を変えての表現では練習回数、を考えると、
DIY精神の本siteには反しますが、
植物材料を受託会社に渡して配列決定まで
やらせるほうが面倒が無くて良いか、
研究費が当たれば、です。

材料を送って抽出から配列決定までのfull courseで
1遺伝子(rbcL)で6万円、2遺伝子で8万円の受託会社料金と
これから自宅で練習する場合との
所要時間と費用との両面での
比較検討をお願いできたら助かります。

参考として他に考える点は、
資金がすべてなので、自宅でやれる機会が
研究費が当たった時だけせいぜい1個体x2遺伝子でという点です。
つまり、実験手技に慣れた後で頻繁に実験できる資金があれば
面倒な練習実験を繰り返しても意味があるが、
そうではありませんので判断に困っております。

最後に、
文献勉強で分かったことですが、
DNA系の手技は手法の細かな変化(改
<省略されました> [全文を見る]

15: nmu:2019/01/31(木) 23:40
「ある種類の植物のある1遺伝子の配列情報を知りたい」というのであれば、外部に受託するのが確実だと思います。
モデル生物であれば、すでに解析されているものも多いので、あらかじめ調べられると良いと思います。

16: hjn:2019/02/01(金) 22:21
背中を押してくださったことに深謝します。

対象が粘質多糖たる寒天の原料の紅藻テングサなので
DNA抽出の段階で困難があることはわかっており、
これまでに受託会社に材料を送って
手法の確立をしてもらいましたが、
配列に使えるぎりぎりの量を何とか取れたという水準です。

泳動したgelを多数送ってもらいましたが像は霞の彼方的なものです。
採集直後に送って泳動をやってもらえば
DNA切断が無いからきれいな像が出るのかな。

★ようやく応答が成立しました(^¥^)
どうしてここは発言が少ないのですかねえ。
BioTechnicalフォーラムでは多量なのに。

★mobile dna sequencer Minionが発売されましたが
テングサに使えますかね。

★同じくUK発の小型PCR kit Bento LabのHPには
予約者に発送中と書いてありますが
ここの主催者が資金を出したにもかかわらず
入手報告が有りませんね。

17: nmu:2019/02/02(土) 13:08
テングサがGelidium elegansだとすると、いくつかの遺伝子は解析されています。
データベース(NCBI Geneなど)で検索すると出てきます。

>どうしてここは発言が少ないのですかねえ。
この掲示板は「日本でDIYbioを始めるにあたって……」という話を議論する掲示板だから、
BioTechnicalフォーラムとは趣旨が違うので、少ないのでしょう。

>mobile dna sequencer Minionが発売されましたがテングサに使えますかね。
使えるといえば、使えるんでしょうが、個人で扱うことを想定しているものではないと思います。

hjnさんが何をやりたいのかよくわからないのですが。
テングサのもつ特定の遺伝子配列を調べたいのか、全遺伝子を解析したいのか、個体差を調べたい・比べたいのか...
ひとくちに遺伝子の解析と言っても、用途によって手法が異なるので、何を知りたいかから考えるとよいと思います。

18: hjn:2019/02/02(土) 23:39
御返事に感謝します。

>個人で扱うことを想定しているものではない
ええっ、非個人つまり集団で使うとはどういうことか、
ご解説くださいな。

「テングサ」は近縁属を含めて集合名詞的に使い、
英語ではgelidiaceous algaeと言います。
配列調べの目的は二種間の類縁の査定です。
barcodingにも関係する、最初に書いたrbcLなど数領域の短い遺伝子対象です。

19: nmu:2019/02/03(日) 21:16
>ええっ、非個人つまり集団で使うとはどういうことか、
>ご解説くださいな。

集団というか、企業や大学の研究室などが購入して、グループで使用するものだと思います。
理由は2つあります。1つはコスト面です。
DNAシーケンサーとしては破格の低価格ですが、本体価格が10万円+消耗品が必要になります。
今、シークエンス解析は1回1000円以下で外注できます。600bp程度は解析できます。
10万円あれば、100回以上できるわけですから、よほど大量に扱うのでなければ外注の方が安上がりです。
もう一つは、ノウハウが必要になるかもしれない点です。実際にMinionを使ったことはないので、断定はできません。
ただ、この手の装置を使って良い結果を得るには、相応の知識とテクニックが必要なことが多いです。
必要な試薬を混ぜて測ればOK、というふうにすんなりと行かないこともあります。

さて、本題のテングサの解析ですが、DNAを抽出して、PCRでrbcL配列を増やして、シークエンス解析を外注するのが最も確実&安上がりだと思います。
上で書かれておりますように、DNAの抽出が難しいようですが、確実に抽出すること
<省略されました> [全文を見る]

20: hjn:2019/02/04(月) 21:51
>ノウハウが必要になるかもしれない

そうですかあ。

>PCRでrbcL配列を増やして、シークエンス解析を外注するのが最も確実&安上がり

そのPCRがprimer設計なんてのが挟まるので面倒さが相当と感じ、
1遺伝子で6万、2遺伝子で8万とのことなので
海藻を渡してすりつぶしから配列までまるごと委託する案に傾いております。

その様な折に
浜辺で片膝ついて操作しておる宣伝写真が衝撃的なので
食指を動かされました。熟練者用と言うことですね、理解しました。
懇切丁寧なるご教示に深謝します。

  名前: アイコン sage:   
  

DIYバイオ・バイオハッカー掲示板トップへ ▲カッ飛び先頭   全レスを表示

 レス数10でのページ 1 2 3 4 5 6 [最新レス]


管理者 fetuin 2chTypeBBS Ver.2.1 build 2改造版顔文字対応etc改造ふぇちゅいんヽ(´ー`)ノ:顔文字アニメ著作mokku worldさん -- Ahhan ! BBS Ver 2.55e --