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バイオハック・DIYバイオ・自宅で行うバイオ研究・自分の遺伝子をハックする方法

 IT・電子技術が歩んできたように遺伝子・バイオ技術も企業や大学の研究室を飛び出し自宅で取り扱える時代が来るはずです。かつて、有名IT企業が自宅のガレージから始まったように、個人が自宅でバイオテクノロジーの革命を起こす日はもうすぐ。
ここは大企業・研究機関に頼らないバイオ研究を志す''バイオハッカー''のためのページです。

 


2016/04/22(金)

遺伝子組み換え(望みの生物を光る生物に遺伝子操作)に必要な試薬のオールインパッケージプロジェクト「GlowGene」200ドル(2万円ちょっと)でプレ注文受付中



これもKickStarterで出資受け付けていたプロジェクトです。約1万5000オーストラリアドル(約128万円)を集めました。

200ドルのキットに含まれているのは
(消耗品)
  • 1 x Instruction book (To teach you how to do everything)
  • 1 x Variable Micropipette (To pipette the cells around)
  • 100 x Pipette tips
  • 1 x Portable bunsen burner (Makes a protective sterile umbrella)
  • 1 x Autoclavable flask (To make the cells food)
  • 1 x Inoculation loop (For spreading cells)
  • 1 x Spatula (For transfering powder reagents)
  • 50 x Micro tubes
(試薬)
  • 1 x LB broth powder (Makes the cells more happy and eager to take up DNA)
  • 1 x DNA extractor (To extract DNA from other organisms to put in your cells)
  • 1 x Endonuclease (Used to “cut” DNA)
  • 1 x Ligase (Used to “glue” DNA together)
  • 1 x Transformative agar (Makes the cells take your DNA)
  • 1 x Nutrient agar (For growing cells)
(遺伝子)
  • 1x Green, blue and red fluorescent protein (緑、青、赤の蛍光タンパク質遺伝子
  • 1x Ethanol producing genes(エタノール生産遺伝子)
  • 1x Glow -in-the-dark genes(暗闇で発光する遺伝子)
 ちょっと心配なのが保存が難しく活性を失いやすいリガーゼ(DNA同士を結合させる酵素)が含まれていること、様々な種類があるDNAを入れるための切断酵素が「エンドヌクレアーゼ×1」と単純に書かれていることです。

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Category:バイオハッカー用試薬

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2016/04/15(金)

バイオラッド社が学生実験向けの「犯罪捜査DNA鑑定体験PCRベーシックキット」を販売


犯罪捜査用PCRベーシックキット

これは素敵過ぎます。手に入れるか!

キット内容は

  • (1)犯罪捜査用DNAサンプル250 µl
  • (2)容疑者AのDNAサンプル250 µl
  • (3)容疑者BのDNAサンプル250 µl
  • (4)容疑者CのDNAサンプル250 µl
  • (5)容疑者DのDNAサンプル250 µl
  • (6)PCRマスターミックス(Taq DNA ポリメラーゼ dNTP、バッファー)1.2 ml
  • (7)プライマー(青)25 µl
  • (8)アレルラダー200 µl
  • (9)オレンジGローディングダイ1 ml
  • (10)PCRチューブ0.2 ml×50
  • (11)キャップなしPCRチューブアダプター1.5 ml×50
  • (12)カラーマイクロ試験管2.0 ml×72
  • (13)発泡体マイクロ試験管ホルダー×8
  • (14)教官用手引き書、学生用説明書、およびグラフィッククイックガイドを含むカリキュラム
 とのこと。キットは学生8グループ (1グループあたり学生2–4人) の材料分相当とのことです。
 キットでは新たなDNAサンプルを抽出せず(1)のDNAが(2)〜(5)の誰のものかを調べるというスタイルで楽しむ感じですね。さらに高度なDNAの制限酵素による切断も体験出来る
という製品も。学生の授業としてこんな実習させてくれたら絶対バイオに夢中になる学生出てきますね。
 個人的には(7)のプライマーがどんな配列のものを使っているのか気になります。法医学・犯罪捜査でよく使われている手法なので効率よく個人判別するためのコンセンサスとれたプライマー配列の情報があるはず、そのうち論文でも調べてみようかと思います。

 近所の地下道に多数の捨てられたガムが黒い汚れとなって残っているのがムカつくのでその汚れごとからDNAを抽出して分析してやりたい衝動に駆られます。それが実現する日も近いかと

Category:バイオハッカー用試薬

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2016/04/08(金)

自宅で毎週、自分で血液検査(生化学検査)が出来る装置「Cor」がクラウドファンディングに登場、本体2万円ちょっと



 クラウドファンディングで今出資すると自宅で血液検査が出来る装置「Cor」本体と3ヶ月が199ドル(22000円ぐらい)で手に入れることが出来ます。製品版は299ドル(33000円程度)になる予定。Corは潜在的にニーズの高そうな話と思います。分析出来る項目はコレステロール(総量、HDL、LDL)、血糖、中性脂肪、フィブリノゲンなど。毎日、これらの分析が自宅で出来れば健康増進にかなり寄与出来そうですし、これもバイオハックですね。


 出資額199ドルのキットには3ヶ月分(週1回として12回分ぐらい?)の検査用カートリッジが付属。追加のカートリッジ価格が書いてないのが気になりますが、業務用の機械と比べて大変安いと思います。

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Category:バイオハッカー用実験器具

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2016/04/01(金)

完全な人工合成生物で楽しめるまであと?年。世界最小531490bpのゲノムで自己増殖する生物「JCVI-syn3.0」

 単純な細菌でさえ、その設計図(ゲノム)は複雑過ぎてなかなか全容を理解しきれません。たとえば大腸菌は4600kbpsのゲノムを持ち、遺伝子の数が4149個あります。

 そこで人類は最も小さいゲノムを持つ生物を使って「生命」を理解しようと考えています。2010年には1079kbp(Mycoplasma mycoides (JCV-syn1.0) )の最小ゲノムサイズを持つ生物を作り出しました。この情報量は1塩基が2ビットの情報と考えるとパソコンの容量に換算して269kbyteになります。

 この生命体は細胞に感染するマイコプラズマという細菌の一種です。人類は既にこのゲノム情報からDNAを完全に人工合成し、細胞に挿入することで生命体を作り出すことが出来ます。

 今回、その半分のサイズ(531kbp)の設計図を持つ生物が見つかりました。同じ換算で132kbyteの情報量を持つ生命体ということになります。この最小生命体には473の遺伝子が含まれていますが、この中の149遺伝子が何をしているか分からないそうです。

 最小生命体を100%理解出来るまでには、まだ少し時間がかかりそうですが近いうちに生命体を100%理解してデザイン出来るようになる日がくるでしょう。

Category:未分類

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2016/03/29(火)

思い切ってオールインワン遺伝子分析装置セット「Bento Lab」に出資した!


出資完了画面の画面のキャプチャ。現在、全世界で348人が出資

 先日紹介した自宅でのバイオ研究に最適なオールインワン遺伝子分析装置Bento_Labに思い切って出資してみました。日本への送料含め734ポンド(日本円で11万9000円)。高いよー(涙)、しかし、こんなクリエイティブで先鋭的なお金の使い方は人生でそうそう無いと思うんだよ。と自分を納得させ中。

 それなりに考えました。電気泳動槽は既に自作済みです。かかった費用は1万円程度、PCR装置は先日から行っている取り組みがうまくいっていないのですが、時間をかければ合計4万円程度で製作可能な装置と考えています。ちなみに完成したPCR装置を購入すると10万円程度、遠心機は25000円程度で購入可能です。Bento Labに含まれるこれら3種類の機器を完全に一から自分で自作しても5万円程度はかかると予想します。Bento Labは、これを11万9000円で売っていると計算。まあ悪くないかなと。

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Category:バイオハッカー用実験器具

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 Keyword:【電気泳動/26】
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2016/03/25(金)

自宅でのバイオ研究に最適!遺伝子解析(PCR分析)に必要な装置のセット「Bento Lab」がKickStarterに登場。



電気泳動槽、PCR装置(サーマルサイクラー)、遠心器、トランスイルミネーターのキットが699ポンド(11万2000円)です。日本への送料は35ポンド(5600円)とのこと。装置は一体化されていて液晶画面でPCRの条件などを設定することが出来るようです。

また、149ポンド(24000円)の「スターターキット」というのもあり、これには

  • DNA抽出試薬(15回分)
  • PCRマスターミックス(15回分)
  • プライマー
  • マイクロピペット(20μLのやつ)
  • その他色々の消耗品
が含まれているそうです。何のプライマー(どの遺伝子を調べることが出来るのか)が付属しているのか不明ですね。また、DNA検出のためのLEDは468nmを用いているようです。これは何のDNA染色試薬を使用することを想定しているのでしょうか?
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2016/03/22(火)

2016年3月18日開催BioClub(バイオクラブ)の第2回ミーティング、自宅にバイオラボを作るのに気にすべき法規制



 第1回に引き続き参加してきました。第1回と違い会場にビールが無くて残念でしたが、経産省と文科省のえらい方が来て1時間にわたり自宅で遺伝子実験をする上で守るべき通称「カタルヘナ法」に関してレクチャーして下さいました。質疑タイムでは具体例を含めて熱いディスカッションがなされました。結論としてDIYバイオの流行を妨げるような法律は無いようです。素晴らしい!




 通称「カタルヘナ法」は遺伝子組み換え微生物・動物・植物を自然界に出させないことを目的とした法律ですが、法律自体はそこまで厳しいことは書かれていません。簡単に言うと下記になります。詳細に関しては自分で法律原文を見てください。

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Category:バイオハッカーイベント

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2016/03/04(金)

2016年3月3日に渋谷で開催されたBioClub(バイオクラブ)の第1回ミーティングに100人以上が集合!


 参加してきました。ついに日本でも企業や大学の研究室に依存しないオープンバイオの動きが始まるようです!

 イベントは予定よりも人数が集まりすぎた関係で当初予定のロフトワークのFabCafe MTRL(マテリアル)から同ビル10階のイベントスペースに変更して開催されました。全体で3時間ほどのイベントはイベント主宰者のオープニングスピーチの後、いくつかのグループに分かれて自己紹介、BioClubに期待すること、自分は何が出来るのかなどをワイワイと話し合い、各チームごとに代表者が発表、その後はビール片手にフリートーク&名刺交換会みたいな流れ。会場では最初からビールやおつまみが購入可能な状態でしたので、私は最初からビール飲みまくり、ハートランドの瓶ビール4本飲んで最後はフラフラしてました。




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2016/02/23(火)

PCR反応や各種インキュベーション用に利用出来るかも!ペルチェ温度コントローラーVPE20-30Sをテスト



DNAを電気泳動する部分は確立出来たので、次はPCR反応をどうにかしないといけません。OpenPCRとか比較的安い装置もあるけど、安価?安いといっても10万円近く。高すぎだろ。私の感覚ではPCRしてDNA分析を趣味で楽しむとしたら、PCR装置自体は3万円ぐらいでどうにかしたい気分です。

そんなケチケチ精神で以前に38000円で購入していたペルチェ温度コントローラーを試してみました。

この装置は写真の金属部分の温度をペルチェ素子を使って−20℃〜110℃まで制御可能です。

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2016/02/16(火)

かんてんクックと自作電気泳動槽でDNA検出その2(かなり改善)

↓青緑LEDを下から照射した方が見えやすいことが分かった。



電気泳動槽を透明なアクリルで作っているので泳動中にもDNAを検出可能ですね。LEDを買ってきて、泳動槽の下から均一に照射する装置を自作しようかと思います。

↓また、0.01gまで測定出来るデジタルスケールを買ってきたところ、これまではアガロース(かんてんクック)を入れ過ぎていたことが分かりました。正確に1%分になるようにかんてんクックを入れて、低出力で動かせる電子レンジで200Wで溶かして固めると泡の無い均一なゲルが出来ました。

↓現在の泳動像、上のバンドが分子量マーカー20μL(2μg)分、下が10μL(1μg)分です。下記の像は泳動を初めて45分経過したところ、この分子量マーカーは100-1500bp(100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1500)、濃いバンドが500 bpのようです。イマイチ分解能が悪い感じもします。電気泳動槽の電圧が50Vと非力なせいでしょうか?


しかし、前回に比べると遙かにクッキリです!

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