実験方法
2018.03.28浮気よ!!!PCRで「髪の毛」「血痕」から男女を判別するために必要なプライマー配列
2017.08.17週刊文春の記者がDIYバイオを駆使する日も近い?皮膚の微生物で同棲カップルを86%の確率で判別可能との研究結果 /75
2016.02.16かんてんクックと自作電気泳動槽でDNA検出その2(かなり改善)
2016.06.17バイオディーゼル燃料は1リットル30円で自作可能
2016.01.18普通に購入可能な青緑LEDとダイクロイックフィルターでついに電気泳動したDNAの検出に成功!
2014.10.10糖と大腸菌からプロパンガスを生産する方法が報告される
2014.03.28特別な実験施設・器具を使用せずに自宅で植物の細胞培養・組織培養を行う方法
2014.11.12自宅でバイオエタノール(アルコール)燃料を1リットル100円ぐらいで密造する方法
2014.10.01細胞から肉を培養する方法も解説した世界初の「培養肉の料理本(The In Vitro Meat Cookbook)」発売
2013.11.01素人がキッチン用品を使ってDNAを抽出する方法(イチゴからDNAを抽出する場合)

2018.03.28

浮気よ!!!PCRで「髪の毛」「血痕」から男女を判別するために必要なプライマー配列

↑BTW

男性、女性とも保有するX染色体特異的な配列を増幅するプライマーとして
5'-AAT CAT CAA ATG GAG ATT TG-3'
5'-GTT CAG CTC TGT GAG TGA AA-3'
男性のみが保有するY染色体特異的な配列を増幅するプライマーとして
5'-ATG ATA GAA CGG AAA TAT G-3'
5'-AGT AGA ATG CAA AGG GCT CC-3'
があるようです。
(1)はX染色体に5000回繰り返し存在する配列から130bpの配列を増幅、(2)はY染色体に特異的に100回繰り返し存在する配列から170bpの範囲で増幅します。

 これらの配列を用いて、新鮮な血液では0.5μLで検出OKであり、6か月以上経過した血痕からでも検出がOKと書かれています。一方髪の毛毛根がついていれば1本でOKですが、毛根が無くても2cmあれば検出可能とのことです。DNAは毛根にしか含まれていないとよく言われますが、毛根に0.2〜0.5μg、それ以外の部分にも10 ng程度含まれているそうです。

 血痕からDNAを抽出する方法としては、実験室などでも行われる「フェノール抽出法」が最も効率的なようですが、自宅でやるにはフェノールが手に入らないかもしれません。「沸騰法」という10分間サンプルを沸騰させる方法も記載されており、血痕では50μLあれば検出可能。

髪の毛から検出するにはTween20という界面活性剤と、タンパク質分解酵素Proteinase Kを使った方法が有効なようです。

タンパク質分解酵素はこんな高い純度の高いものでなくても下記のようなものでも良いかもしれません(試してません)。
情報が掲載されているのは下記の報告です。

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2017.08.17

週刊文春の記者がDIYバイオを駆使する日も近い?皮膚の微生物で同棲カップルを86%の確率で判別可能との研究結果
Sexually active cohabiting couple have same skin microbiome.

↑BTW

 この研究を行ったのはカナダ・ウォーターロー(waterloo)大学の研究者ら、研究者らはカナダのオンタリオに住む10組の性的に活動的なカップル(sexually active cohabiting couple)(合計20名)のボランティアに協力してもらい、各自の17カ所の微生物を採取し、含まれるバクテリアの遺伝子解析を行ったところ、同棲しているカップルの組合せを86%の精度で言い当てる事が出来たそうです。

この研究で分析した10組のカップルは年齢が20〜49歳で同棲期間は4ヶ月〜14年、17カ所の内訳はupper eyelids(まぶた)、outer nostrils(鼻の外側)、inner nostrils(鼻の中)、armpits(脇の下)、torso(胴)、back(背中)、navel(へそ)、inner thighs(太ももの内側)、bottom of feet(足の裏)、palms of hands(手のひら)と特に局所は含まれていないみたいです(笑)。

 各部分から採取したサンプルはDNAを抽出した後、細菌(原核生物)全ての遺伝子を増やすことの出来るユニバーサルプライマーPro341Fi (5=-CCTACGGGNBGCASCAG-3=)とPro805Ri (5=-GACTACNVGGGTATCTAATCC-3=)を使いPCR増幅した後、イルミナ社の次世代シークエンサーで分析しています。

 この方法を用いれば週刊文春の記者が同棲の疑いのあるカップルを見つけ出すことが可能になります。週刊誌の記者はDIYバイオがこなせると良いスクープがゲット出来るかもしれません。

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2016.02.16

かんてんクックと自作電気泳動槽でDNA検出その2(かなり改善)

↑BTW

↓青緑LEDを下から照射した方が見えやすいことが分かった。



電気泳動槽を透明なアクリルで作っているので泳動中にもDNAを検出可能ですね。LEDを買ってきて、泳動槽の下から均一に照射する装置を自作しようかと思います。

↓また、0.01gまで測定出来るデジタルスケールを買ってきたところ、これまではアガロース(かんてんクック)を入れ過ぎていたことが分かりました。正確に1%分になるようにかんてんクックを入れて、低出力で動かせる電子レンジで200Wで溶かして固めると泡の無い均一なゲルが出来ました。

↓現在の泳動像、上のバンドが分子量マーカー20μL(2μg)分、下が10μL(1μg)分です。下記の像は泳動を初めて45分経過したところ、この分子量マーカーは100-1500bp(100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1500)、濃いバンドが500 bpのようです。イマイチ分解能が悪い感じもします。電気泳動槽の電圧が50Vと非力なせいでしょうか?


しかし、前回に比べると遙かにクッキリです!

 Keyword:電気泳動/38
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2016.06.17

バイオディーゼル燃料は1リットル30円で自作可能

↑BTW

 海外の「Mother Earth News」という雑誌の記事の日本語訳記事です。バイオディーゼルは植物性油からでも動物性油からでもDIY出来るとの記事です。具体的には、揚げ物などに使った廃油を使ったり、自分で大豆や菜種を育てて得た油を使い、ディーゼルエンジンを動かすことの出来る燃料を作り出すことが出来るそうです。

 記事では必要な機材として(1)ステンレス反応タンク、(2)副産物を取り除く洗浄ステーション、(3)出来た燃料を保存するタンクなどが挙げられています。これらは1000ドル(10万円ちょっと)未満の投資で入手可能とのこと。またバイオディーゼル作成専用の機材も売られていますが、これは1万ドル程度(100万円ちょっと)はかかるとのこと。

(省略されています。全文を読む

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2016.01.18

普通に購入可能な青緑LEDとダイクロイックフィルターでついに電気泳動したDNAの検出に成功!

↑BTW

↓DNAがオレンジ色にバーコード状に見えます。かんてんクックで作った分析用ゲルに気泡がたくさん入っていて少し見にくいです。改善が必要。


キター!!!!!ついにアガロースゲル電気泳動したDNAを一般の人が入手可能な物だけを使い検出することに成功しました。

これまでの概要。
 これまでにアクリル板と電源ユニットで自作のDNA電気泳動装置を作り、食品用の「かんてんクック」で作ったゲルに、DNA分子量マーカー(専門品)を流し、含まれている色素が動くのを観察しました。今回、ゲルにEtBr(エチジウムブロマイド)を加え、EtBrの518nmの第2吸収波長を使い505nm(青緑)のLEDを照射しSC-56という550nm以下の光をカットするダイクロイックフィルターを併用することで励起光を検出することに成功しました。


(省略されています。全文を読む

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2014.10.10

糖と大腸菌からプロパンガスを生産する方法が報告される

↑BTW

 大腸菌を使って糖から燃料として使用出来るプロパンガスを生産する方法がNature Communcationsで報告されています(報告原文、無料で公開されています)。

 報告したのは環境大国でもあるフィンランドの研究者・トゥルク大学の Pauli Kallioらです。普通の大腸菌はプロパンガスなどのアルカンを作りませんのでプラスミドを使って遺伝子導入しています。報告によるとthioesterase specific for butyryl-acyl carrier protein (ACP)の遺伝子を導入し、大腸菌がもともと持つ脂肪酸合成の仕組みを利用してアルカン(プロパン)を生産するようになるそうです。

(省略されています。全文を読む

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2014.03.28

特別な実験施設・器具を使用せずに自宅で植物の細胞培養・組織培養を行う方法

↑BTW

 以下に4つのリンクを紹介しますが、植物の細胞培養・組織培養はアマチュア愛好家が蘭(ラン)などの高価な園芸植物の増産や維持のために自宅で行っている事もあるそうです。まさにバイオハッカー!

 基本的に植物の種や適切な部位を無菌状態にして、培養用の培地に乗せれば細胞増殖して増え出すようです。培地の作り方はリンク1つめと2つめで大きく異なりますが、2つめですと、園芸用の液体肥料と砂糖、バナナをすりつぶしたものを圧力鍋で滅菌して作っています。

 リンク2つめのでは無菌操作を行うためのクリーンベンチの作り方も紹介されており参考になります。

 リンク4つめは「食虫植物」に焦点を絞った活動をしているページです。

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2014.11.12

自宅でバイオエタノール(アルコール)燃料を1リットル100円ぐらいで密造する方法

↑BTW

 発酵でエタノールを作ることは日本の法律に違反しますので参考情報ですが、密造酒と同じ方法で作製する方法をまとめたページを紹介します。

 方法はお酒と一緒で、デンプン→砂糖→エタノールという化学変換を酵母の力を借りて行います。そしてフィルターで濾過し、必要に応じてエタノールを濃縮します。詳細は本記事最後の情報元リンクを見てもらいたいですが、個人的に興味深かった点を箇条書きにすると

(省略されています。全文を読む

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2014.10.01

細胞から肉を培養する方法も解説した世界初の「培養肉の料理本(The In Vitro Meat Cookbook)」発売

↑BTW


The in Vitro Meat Cook Book(amazon.co.jp)

 2014年10月28日に発売予定です。Amazon.co.jpで3770円(送料無料)で予約受付中。なお、amazon.comから個人輸入すると送料込みでもう少し安く入手出来そうです。↓


(省略されています。全文を読む

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2013.11.01

素人がキッチン用品を使ってDNAを抽出する方法(イチゴからDNAを抽出する場合)

↑BTW

イチゴから抽出されたDNA(リンク先より)
イチゴから抽出されたDNA(リンク先より)
 以前に紹介したアメリカのバイオハッカー推進団体ジェンスペースのサイトで方法が紹介されています。キッチンにあるような材料のみを使って、目に見える形で楽しくDNAを抽出する方法が紹介されています。子供にバイオに対する興味を持たせるためのイベントに使えそうです。

必要な材料


(省略されています。全文を読む

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