自宅に設置したDIY培養装置内の映像を常時ネット配信させる準備2〜サーバーに集めた画像からタイムラプス画像を自動合成

前回、Raspberry piとWebカメラで一定間隔で撮影してサーバーに送る方法を説明しました。

• 自宅に設置したDIY培養装置内の映像を常時ネット配信させる準備。Raspberry PiとWebカメラを使用 /バイオハッカー・ジャパン1イイネ

from ftplib import FTP
import subprocess
import os

#サーバーのFTP設定（アドレス、ID、パスワード）
ftp= FTP(
	"xxxxx.xxxx.xxx",
	"yyyyyy",
	passwd="zzzzzzz"
)
items=ftp.nlst("www/kamotown/upload/")

#サーバーの指定ディレクトリにある画像の中でこちら側にダウンロードしていない画像をダウンロード
for file in items:
	if os.path.splitext(os.path.basename(file))[1] == '.jpg':
		if os.path.isfile(os.path.basename(file))==False:
			with open(os.path.basename(file),"wb") as f:
				ftp.retrbinary("RETR "+str(file),f.write)
			print str(file)
f.close()

#画像ファイル一覧をlist.txtに保存
subprocess.call('ls *.jpg>list.txt',shell=True)

#画像ファイルをffmpegで読み込めるように整形してlist2.txtに保存
f2=open('list.txt')
f3=open('list2.txt','w')

data=f2.readline()
while data:
	f3.write('file '+data)
	data=f2.readline()

f2.close()
f3.close()

#サブプロセスでffmpegで画像変換
subprocess.call('ffmpeg -f image2 -r 15 -f concat -i list2.txt -r 15 -an -vcodec libx264 -pix_fmt yuv420p timelapse.mp4', shell=True)

#サーバーに戻す
with open("timelapse.mp4", "rb") as f:
	ftp.storbinary("STOR www/kamotown/upload/timelapse.mp4", f)
f.close()

sudo apt-get install ffmpeg

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自宅に設置したDIY培養装置内の映像を常時ネット配信させる準備。Raspberry PiとWebカメラを使用

自宅でDIY培養実験をするにしても帰宅後に毎日培養の様子を観察なんて時代遅れだと思うんです。培養の様子を常時ネット配信して、ついでにタイムラプス動画も作ってしまうのが今時(いまどき)かと。仕事中に何度も様子を確認しちゃうという状態を目指しています。

Raspberry PiとWebカメラでの配信を実験中。自宅の自室に放置したラディッシュの種。真ん中1つ発芽してきた！失敗した、寒いから全然芽が出ない笑。

ステップ1：Raspberry Piに接続したWebカメラで写真を撮る

#Webカメラのドライバーをインストール
sudo apt-get install fswebcam

#下記で撮影した画像が保存される。簡単♪
fswebcam -r 1280x720 capture.jpg

#まずインストールに必要なpipをインストール
sudo apt-get install python-dev
sudo apt-get install python-pip

#pipでrequestsをインストール
pip install requests

import requests
import subprocess

subprocess.call(['fswebcam','-r','1280x720','capture.jpg'])

url='http://xxxxx.com/upload.cgi'
file = {'upload_file': open('capture.jpg','rb')}
data = {'temp1': 'dummydata'} #一緒にパラメータを送る時用
r = requests.post(url, files=file, data=data)
print r.text

#! /usr/bin/perl
use CGI;
my $q = new CGI;
my $fh = $q->param('upload_file');
@FORMname= $q->param();
foreach my $dammy (@FORMname){
$FORM{$dammy}=$q->param($dammy);
}

print "Content-Type:text/html\n\n";
print "OK";

$tt=time; #取得した画像は現在のエポックタイムをファイル名として保存

if ($fh ne "") {
open(F,">".$tt.'.jpg') or die;
flock(F, 2);
binmode F;
if (defined $fh) {while (<$fh>) {print F $_;}}
close F;
}
exit;

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汎用培養装置InCUBE ver.1.0完成

色々と問題だらけだけど、とりあえず基本構造を組んでみました。美しくないなー。でも3Dプリンターでシリアル番号入りのエンブレム出力して貼り付けた笑

とりあえず何か中で培養・栽培・飼育してタイムラプス配信したい。ちなみに写真はミドリムシ培養中。こんなたいそうな装置無くても増えるけど。

搭載した機能は
(1)加温・冷却対応の温度調整機能付きの水循環（モータードライバ×ペルチェTEC1-12704、30W出力)。試してないけど加温は室温＋10度。冷却は-2〜3度が限界の非力な状況かも。ダメダメならモータードライバもペルチェも高出力のやつに交換しよう。理想はどんな気温でも4℃〜37℃まで制御可能にすること。

(2)照明。10W LED（ON/OFF制御は手動)。植物栽培にはたぶんパワー足りないな。

(3)温度センサー×3（現状は（A)室温。（B)ペルチェ。(C)培養装置内部液体を測定。1-wireセンサー使用。

(4)タイムラプス撮影用Webカメラ。Raspberry専用カメラにこだわってきたけど、なんだWebカメラをUSB接続するのが簡単で安いじゃん。

制御はRaspberry Piです。電源はAC1本繋げればOKにしてあります。照明用LED以外は12V電源がメインでそこから12V→5V(DC/DC)ユニット使って5Vに落としてRaspberry Piと水ポンプを駆動しています。要素技術多いな。。。DIYバイオと言ってもこれを各個人で作れというのは酷な話かもしれない。DIY自宅培養の普及には製品化が必要だな。部品はAmazonマーケットプライスとAliexpress、Banggoodの集大成って感じ。部品代は総額で1万円は超えてないかな。

改良に関しては下記がTODOリスト（個人的メモ）

• 水ポンプと照明もRaspberry Piで制御したい。
• Webカメラで撮影可能だけどカメラ位置調整をどうするか。
• Webカメラはたぶんマクロ撮影出来ないので何かレンズ追加が必要
• 温度制御機能のキャパシティー確認
• のたうち回るケーブルの長さを調製したい。
• 10W LED照明が放熱アルミ板＋ファンが必要な状況でめんどくさい。それに植物栽培するにしても10Wじゃパワー不足かも。
• 照度センサー設置したい。
• タイムラプス撮影したデータを受け取って動画合成するサーバー側の整備
• 本体のみで制御出来るようにタッチパネル液晶でも取り付けたい。

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体内の「老化細胞の量」をDIY測定する。血液中のセルフリーミトコンドリアDNA量(cf-mt-DNA)が使える

先日から興味を持っていることなのですが最近アンチエイジング研究においては「体内からの老化細胞の除去」が検討されています。その中で下記の論文が興味深いです。

• 玉ねぎスゲー。老化細胞除去薬(DasatinibとQuercetin）で処理した臓器は移植成功率が向上。原因は老化細胞の出す遊離ミトコンドリアDNA量の低下 /Amrit不老不死ラボ1イイネ

Category:実験方法

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10分で結果が分かる新型コロナウイルス抗体検査キットが送料込2035円。他に必要なモノ無し

Superbio社ってドイツの会社のキットのようです。

• 新型コロナウイルス抗体検査キット 1キット 採血針付抗体検査キット 10分で結果がわかる抗体検査キット 【研究用試薬】 :covid19-antibody-fast-detection-kit:オールセラー - 通販 - Yahoo!ショッピング

Category:バイオハッカー用実験器具

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DIY培養器内の温度をペルチェで4〜40℃に維持するには何W必要？

↓前回の続きです。

• 循環する水の温度制御で培養装置内の温度をコントロールしたい /バイオハッカー・ジャパン1イイネ

培養器内の温度は4℃〜40℃ぐらいまで自在に制御出来ると使い勝手が良いなと思うのでペルチェ×モータードライバで加温・冷却両方出来るようにしたいです。必要な出力によってペルチェとモータードライバの選択が変わってくるのでまずは予定しているペルチェ×水冷アルミブロックでどれぐらい水の温度を制御出来るのか調べました。

↓前回と同じ仕組みです。ペルチェの下面はファンで強制冷却。上面に水冷アルミブロックを設置し、シリコンチューブで培養器につなぎます。培養器の中には水2リットル。



(省略されています。全文を読む）

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循環する水の温度制御で培養装置内の温度をコントロールしたい

汎用培養装置を作る上で、温度制御をどうするかなのですが、培養装置の中を循環する液体の温度をコントロールする実験を開始しました。


テスト用の培養器として20cm四方のアクリルボックスを設置、中に1リットルほど水を入れて5V水ポンプにシリコンチューブをつないで水を装置から出せるようにしています。

(省略されています。全文を読む）

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Netflixオリジナルドラマ「バイオハッカーズ(Biohackers)」が2020年8月20日に公開！

ドイツ製作！現在6エピソードあるみたいです。ジャンルは「スリラー」とのことR15＋指定があります。

• バイオハッカーズ | Netflix (ネットフリックス) 公式サイト2イイネ

• Biohackers (TV Series 2020? ) - IMDb106イイネ

• ‘Biohackers’: Netflix Renews German Original For Second Season ? Deadline46イイネ

• Biohackers Netflix release date, cast, trailer, plot: When is Biohackers out? | TV & Radio | Showbiz & TV | Express.co.uk12イイネ

Category:エンタメ・フィクション

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Project InCUBE構想〜自室で「培養・飼育」を楽しむための万能容器を作りたい

まずは名前を付けてみた。色々と「培養」を楽しみたいと思っているのですが、培養対象は多岐にわたるし、培養装置の製作で満足してしまったり一度に1種類の条件でしか培養出来なかったりと、いっこうに有意義な自宅実験にならない。そこで汎用性の高いこのような容器があれば良いなと考えDIYしようかと思っています。


以前に屋内植物栽培実験用に作ったコレを大きくする感じかな

• 室内で野菜を自給自足する試みスタート /usePocket.com

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密造酒を作っていたら税務署の手入れが来た話

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Category:プロジェクト

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