合成生物学

----------このキーワードを使っている記事----------
2025.11.26:駄目だ・・・ミャクミャクはもう活動限界だったんだ、何度クローン化して培養しても過形成が止らない。。。。
2024.04.17:現代科学の粋を結集してDIY培養脱出用ゴーレムを作る
2023.11.24:学生の合成生物学世界大会iGEMの高校生部門で日本チームが優勝 @iGEM_Ninjas
2017.12.01:生物の持つ4種の遺伝暗号(ATGC)に2種(XY)を加えた6種の遺伝暗号を持ち、配列に基づいたタンパク質生産を行う半合成大腸菌の作製に成功
2017.05.15:オリジナルの遺伝子改変生物を作る方法が学べる無料のオンラインコース「Synthetic Biology -ONE-」
2016.11.25:「細胞を造る研究会」9.0（第10回）開催
2016.01.28:世界で一番DIYバイオに関する情報交換が盛んっぽいGoogleグループ内「DIYbio」で議論されている内容(2016年1月)
2015.07.09:ロンドンで開催される「第2回合成生物学国際会議」のプログラムがエキサイティング
2015.06.10:BiocoutureとSynBioBetaによる生命体アート（バイオアート）の専門ページ「Biofabricate」
2014.09.17:今後のバイオハッキングの進め方と自宅でやってみたいバイオ研究
2013.12.10:エレクトロニクス専門家によるバイオハッカー集団「グラインドハウス・ウェットウェア(Grindhouse wetware)」
2013.10.08:子供＆大人の分子生物学研究教育を推進する団体「ジェンスペース(Genspace)」

2025.11.26

駄目だ・・・ミャクミャクはもう活動限界だったんだ、何度クローン化して培養しても過形成が止らない。。。。
駄目だ・・・ミャクミャクはもう活動限界だったんだ、何度クローン化して培養しても過形成が止らない。。。。

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ヘイフリックの限界を超えているようだ・・・・人類の合成生物学にはまだ早すぎたんだ・・・・

10月末に大阪万博に行った時に見かけたミャクミャクからこっそり採取した細胞をずっと自宅の-80度超低温冷凍庫で保存していたのですが、解凍してOct3/4、Sox2、Klf4、c-MycをmRNA法で細胞内導入してiPS化した後、個体発生させてみました。

ミャクミャクは卵細胞や精子を介した受精を介さなくても個体分裂可能なように設計されていると開発元の阪大の先生が言っていたのを参考にしています。培養はRPMI114514培地をベースに最初の7日間はLIFとHGF、EGFを入れています。培養温度は37度、21日程度で成体が再生されるのですが、外周部の赤いポンデリング構造の発生が終了せず無限増殖してしまうようです。


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Category:合成生物学

2024.04.17

現代科学の粋を結集してDIY培養脱出用ゴーレムを作る
現代科学の粋を結集してDIY培養脱出用ゴーレムを作る

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レルネン氏の方法とは異なると思いますが。現代のバイオテクノロジーを駆使し自宅で脱出用ゴーレムを作ってみました。十分に発達した科学技術は魔法と見分けがつかない(Any sufficiently advanced technology is indistinguishable from magic/アーサーCクラーク)と言いますしね。


↓下記で紹介したやつのメイキングです。

いつもの自宅ラボです。。。。法に触れることはしておりませんが警察に踏み込まれたら説明が面倒そうですね。


ゴーレムの胚を育てていきます。写真はステージE3程度の胚です。培養培地はRPMI1640をベースに少し改変を加えたものです。pH変化が分かるように培地にフェノールレッドを添加。抗生物質はPSに加えN(neomycin)です。材料に土があるので菌の増殖抑制は重要です。マクロライド系抗菌剤は成長抑制につながるので使用しない方が良いです。培養温度は27℃。ゴーレムの発生温度は厳密では無いと思います。この時期の胚は写真のように真っ白です。栄養液は腹部にカニュレーションした管を通じて送りこんでいます。流速は100 mL/hです（超低速ペリスタポンプ使用、送り込む培養液には循環させHEPAフィルターを通した空気でエアレーションしています。



加温装置はこの自作温度制御ヒーターです。
培養容器は以前使ったものを改造して使用しています。培養14日目です。器官形成が進み胴体部分が細くなり四肢が伸びてきてスリムな体型になってきました。培養温度は29℃まで上げています。


培養14日目の拡大写真。体色が少し濃くなり白色から肌色に近い色になっています。狭いフラスコ内で培養すると四肢がひっかかるため自然に身体が折れ曲がった体勢を自らとります。この頃から外部から物理的刺激を与えると反応が見られるようになります。三角フラスコはコーニングのanti-magic coating仕様の高いやつです[Cat#7534-101)。腹部に挿したカニューレは取り外し（勝手に外れます）。栄養は外部培養液からの自発的取り込みに任せています。代謝が進み培養液の酸性度が上昇し含まれるフェノールレッドがオレンジ色になってきたら少しずつ交換します。この大きさになると2日に一度は培地の半量交換が必要です。


培養42日目です。三角フラスコに入る限界の大きさまで成長しました。ゴーレムはフラスコ内から出ると6.02×10^23/10^9/10^10=6000倍に拡張するので限界を迎える前に培養を止めないと大変なことになります。このお決まりの体勢は狭い空間に身体を収めるために自発的にとるようになります。10個に1個ぐらい変な恰好で落ち着く個体もいますが、身動きがつくサイズのうちに体勢を直してやらないと修正不可能になり恥ずかしい感じになります。加温インキュベーターは引き続き接続しておりますが、ゴーレムの個体からの発熱があるのでほぼヒーターは動作していません。温度計はゴーレムの基礎体温である32℃を示しています。


培養完了です。培養液を取り除いたところ。肺呼吸に切り替わる時に少し苦しみますがすぐに落ち着きます。ここまで光に晒していないので色は薄い肌色です。


天日干しで乾燥させた後。過剰な乾燥を防ぐためにコルク栓をしています。ゴーレムらしい茶色に変色しています。これで完成。


※上記はこのようなDIY培養が可能になったらよいな。という妄想実験記事です。これが目指すべきゴールですね。AIが合成生物学に革命を起こしDIYバイオがこなれてきたら遠くない将来にあるいは。

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Category:未分類

2023.11.24

学生の合成生物学世界大会iGEMの高校生部門で日本チームが優勝 @iGEM_Ninjas
学生の合成生物学世界大会iGEMの高校生部門で日本チームが優勝 @iGEM_Ninjas

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「大腸菌で抗うつ剤生産に挑戦」をテーマに行ったらしい。

大会への参加チームは独自の生物学的デバイスを設計し、夏の間に各種の遺伝子パーツを用いて完成させ、大会当日に作品についてのプレゼンテーションを行う。

って大会。

プレゼン動画

プレゼン資料

彼らのTwitter
Tweets by iGEM_Ninjas


Team Attribution
メンバー
iGEM Grand Jamboree
iGEM - Wikipedia 6 users1イイネ
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Category:幼児・学生向けバイオ

2017.12.01

生物の持つ4種の遺伝暗号(ATGC)に2種(XY)を加えた6種の遺伝暗号を持ち、配列に基づいたタンパク質生産を行う半合成大腸菌の作製に成功
生物の持つ4種の遺伝暗号(ATGC)に2種(XY)を加えた6種の遺伝暗号を持ち、配列に基づいたタンパク質生産を行う半合成大腸菌の作製に成功

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これにより生産するタンパク質を構成するアミノ酸の命令セットを拡張することが可能になります。これを用いて自然界に存在しないアミノ酸を持つタンパク質を生産する生物を作り出すことが容易になるとのこと。

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Category:合成生物学

2017.05.15

オリジナルの遺伝子改変生物を作る方法が学べる無料のオンラインコース「Synthetic Biology -ONE-」
オリジナルの遺伝子改変生物を作る方法が学べる無料のオンラインコース「Synthetic Biology -ONE-」

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現在4つのコースが登録されています。それぞれのコースは1〜2時間程度の動画を含み、約10のレッスンに分かれており、終了するのに約4時間かかるボリュームとのことです。この中にはクイズや研究以外の事項も含まれています。

　このプロジェクトはCRI(Center for Research and Interdisciplinarity）により主催されておりフランスの様々な団体がスポンサーになっているようです。ちょっと詳細は読み取れませんでした。


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Category:バイオハッカー団体・コミュニティー

2016.11.25

「細胞を造る研究会」9.0（第10回）開催
「細胞を造る研究会」9.0（第10回）開催

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講演会場の様子、参加者は約260名とのことでした。

　「自然界にある細胞を観察し、利用する」従来のバイオから、「細胞を新たに造って、解析し利用する」新しいバイオが始まっています。アメリカではこれをSynthetic Biology(合成生物学)と呼びます。バイオハッキングを志す人達は好きな性質を持つ細胞を作り出し、楽しみ活用することを夢見ることが多く、バイオハッキング＝合成生物学のように言われることもあります。

ポスター発表会場。非常に活発に議論が行われていました。

　実は日本にはこの「細胞を造る」ビッグチャレンジを目指す研究会が10年前から存在します。それが今回参加した「細胞を造る研究会」です。今のところ無細胞から細胞を造り出すことは出来ないのですが、これを目指し、脂質で出来た単なる球形の泡にどんな遺伝子を入れたら分裂を開始するのか、原始の地球ではどのような環境で最初の細胞は生まれたのか、細胞内で行われている複雑な化学反応はどうなっていて、どうすれば模倣出来るのかなどが発表されていました。

研究会ポスター、今回は早稲田大学の国際会議場で開催されました。参加費は一般2000円、学生1000円

　一番シンプルな細胞の形が判明し、これを無細胞から作り出すことが出来るようになることはある種の人類文明の特異点と言えます。これが実現した時からマシンと生物の境界は曖昧になっていき、あらゆる機械（生物？）が世の中に溢れるんじゃないでしょうか。

　既にある細胞の遺伝子の数を削っていく研究では最低限必要な遺伝子は473まで絞れているようです。また脂質のベシクルにどの遺伝子を入れたら自己複製可能になるかの研究も進んでおり、その日は近い将来確実に訪れるでしょう。

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Category:バイオハッカーイベント

2016.01.28

世界で一番DIYバイオに関する情報交換が盛んっぽいGoogleグループ内「DIYbio」で議論されている内容(2016年1月)
世界で一番DIYバイオに関する情報交換が盛んっぽいGoogleグループ内「DIYbio」で議論されている内容(2016年1月)

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今の時点(2016年1月28日）時点でどんな話題が話されているのかを翻訳して下記にリストします。

トピックのタイトル	投稿数
生物学的安全性の専門家に聞く(DIYbio.orgの新サービス）、無料で専門家に相談出来ます	39
シリコンバレーのDIYバイオ推進団体IndieBioによる3000万円まで出資してもらえる起業アシストサービスについて	3
どのようにしたらカモミールからハルマラアルカロイドを抽出出来るか	5
オープンソースPCRの問題とは何か？(独自のPCRを作りたい）	26
土壌バクテリア「アグロバクテリウム」の出す物質について	6
アトランタのバイオラボを救う試み	3
神経組織はどこで購入出来るか？	10
メタンのようなガスに反応して発光するバクテリアを集めたり作ったりするキットはあるか？	8
新しいメディアにおける合成生物学〜我々はどのようにうまくやれるか？	2
子供のためのバイオハッキング	3
ベルリンで2月4〜5日に行われるイベントについて	1
ラセン藻(Spirulina)の教育用ビデオ	4
クロレラへの遺伝子導入？、エレクトロポレーションと超音波と塩化カルシウムどれが良いか	22
TAE緩衝液とpH	5
研究が好きな高校生はいるか？	2
作業場所について	0
オーストラリアのPerthグループ	28
インドのDIYラボ	15
プロ手オミクスのために発送可能なバクテリアサンプルを準備してくれるDIY生物学者の募集	3
2月6に開催される科学と行動主義のワークショップについて	3
藻とエビの共飼育について	3
DIYバイオラボの構築についての意見と手助け	16
ニューデリーにおけるバイオハッキングについて	18
kickstarterで始めた屋外で使える電波モジュールについて	1
biohacklabs.orgの現状と目的について	22
オープンソースの遠心基「Opentrons」追加するモジュールについて	4
植物とは何か	13
33℃で成長出来ないバクテリアについて	7
どこで私の生物分子アニメーションを公開すれば良いか	8
1月11日〜13日に合成生物学の人向けのオープンラボ訪問について	1
誰か質量分析計を手に入れた人いる？	2
どこかにオンラインのバイオハッカーコミュニティーある？	1
2月6日に英国アーヴィンでのWetwareArtイベントについて	1
植物プロトプラストと微小流露に関する投稿文章の募集	13

適当にタイトルのみで訳しているので、特に下の方に行くほど適当な訳になってます。正確には下記リンク先を見てください。

一月のうちに様々な内容についてコミュニケーションが行われています。

ちなみに日本でSTAP細胞が発見されたとニュースされた時の議題↓

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Category:バイオハッカー団体・コミュニティー

2015.07.09

ロンドンで開催される「第2回合成生物学国際会議」のプログラムがエキサイティング
ロンドンで開催される「第2回合成生物学国際会議」のプログラムがエキサイティング

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　DIYバイオとは直接関係ありませんが、ロンドンで開催される「第2回合成生物学国際会議」のプログラムが刺激的です。こういった会議で議論されている最先端の研究が、いずれ一般人レベルにも使えるように降りてくるかもしれません。

　この会議は「第3回定量PCRおよびデジタルPCR会議」「マイクロ流体工学会議(数センチのチップの中に微小な流路を作り研究室と同じことを卓上で行う技術）」との共同開催とのことです。

下記にプログラムに書かれている一部を抜粋します。

●ゲノムエンジニアリング
・新技術とツール開発
・遺伝子、ゲノム合成
・ゲノム編集(CRISPER etc)
・細胞改変技術
・行動を制御するゲノム改変
●医療における合成生物学の利用
・バイオセンサー開発
・細菌改変技術
・生物を使った生産技術
●植物における合成生物学
・植物ゲノムの編集技術
・窒素利用効率研究
・バイオ燃料
●投資、企業、生命倫理

ちなみに海外では「合成生物学(Synthetic Biology)」と呼ばれているこの分野、日本ではあまり使われておらず、日本で開催される該当分野の学会は「日本生物工学会」でしょうか？

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Category:バイオハッカーイベント

2015.06.10

BiocoutureとSynBioBetaによる生命体アート（バイオアート）の専門ページ「Biofabricate」
BiocoutureとSynBioBetaによる生命体アート（バイオアート）の専門ページ「Biofabricate」

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Biocoutureはイギリスを拠点にする世界初（自称）の生命体アート（バイオアート）のコンサルタント団体です。創設者はTEDでスピーチも行っています。

Synbiobetaは合成生物学(Synthetic biology)に関する起業家、発明家、政策決定者、ファンの団体です。11月にサンフランシスコで国際学会を開催するとのことです。
Biofabricateはその名の通り、バイオアートを扱うページです。ほ乳類細胞、バクテリア、藻類、細菌類などの画像が展示されています。4人の女性チームにより運営されているようです。毎年講演会を実施しているようです。

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Category:バイオハッカー団体・コミュニティー

2014.09.17

今後のバイオハッキングの進め方と自宅でやってみたいバイオ研究
今後のバイオハッキングの進め方と自宅でやってみたいバイオ研究

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個人的な話ですが、まずは王道として

を行います。実現させるためにさらに準備する必要がある事としてがあります。
PCRが自宅で可能になった後は、王道ではありますが、自分のアルコール分解遺伝子を調べてみようと思います（プライマーは購入済み）、その他にPCRを利用して
などをやってみたいと思っています。
その後は他に
など、今思いついた事を並べただけですが、こういった事を実現させたいなと思っています。これらは比較的簡単で倫理的にも問題が無く自宅でもその気になれば実現出来るのではないかと思っています。
合成生物学を行うのはバイオハッキングの夢ではありますが、ちょっと敷居が高くて自宅で実現するまでの道のりが見えないと感じます。
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Category:コラム

2013.12.10

エレクトロニクス専門家によるバイオハッカー集団「グラインドハウス・ウェットウェア(Grindhouse wetware)」
エレクトロニクス専門家によるバイオハッカー集団「グラインドハウス・ウェットウェア(Grindhouse wetware)」

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埋め込み型デバイス「Circadia」(リンク先より)

　グラインドハウス・ウェットウェア(Grindhouse)はTim Cannonにより2012年1月に設立されたプログラマー、エレクトロニクスの専門家が中心となったバイオハッカー集団です。

　コンセプトとしては「今直ぐに出来るバイオハッキング」を目指し、ナノテクノロジーや合成生物学といった最新のテクノロジーを使わず今、身近にある電気エンジニアリング技術と解剖学の知識・プログラミング技術のみで行えることを追求しています。

現在進行中のプロジェクトは以下の3つです。
1.サイバーグローブ「Bottlenose」10イイネ 3 Tweet
　音波・光・電波・温度などの情報を取得するサイバーグローブです。このサイバーグローブは皮下に埋め込んだ磁石を通じて人間の五感のみでは知ることの出来ない情報を感じることが出来ます。皮下に磁石を埋め込まずに振動のみで情報を伝える非侵襲型のバージョンも検討中です。

2.脳電気刺激キャップ「Thinking Cap」1イイネ 1 Tweet
　帽子型のデバイスです。帽子の内側に電極があり、ここから出る電気刺激で帽子をかぶっている人の脳を活性化させたり、沈静化したりすることの出来る帽子です。

3.埋め込み型生体情報取得デバイス「Circadia」14イイネ 16 Tweet
　皮下に埋め込み、体内の様々な情報をBluetoothを通じて発信し、手持ちのスマートフォンや、インターネットに直接情報を送信出来るデバイスです。このデバイスを埋め込むことで頻繁に病院に行く必要が無くなると期待されます。また、本体にはLEDが内蔵されており、皮膚を通じて見える光により本体のみで身体の様々な状態を知ることも可能です。

　かなりマッドな雰囲気漂うこのバイオハッカー集団ですが、先日ついに誰の助けも借りずに開発したデバイス（恐らく上記のCircadia）を自分の身体の中に埋め込んでしまいました。埋め込んだ腕の様子と、動作が下記リンクの動画で見ることが出来ます。

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Category:ブレイン・マシン・インターフェース

2013.10.08

子供＆大人の分子生物学研究教育を推進する団体「ジェンスペース(Genspace)」
子供＆大人の分子生物学研究教育を推進する団体「ジェンスペース(Genspace)」

↑ＢX.COM

　この団体は、TEDプレゼンテーションでDIYバイオの世界を語っていたエレン・ジョジェーセン(Ellen Jorgensen)が代表を務める団体です。彼女がTEDプレゼンテーションの中で語っていたようにジェンスペースは子供と大人の分子生物学研究教育を推進する非営利団体です。

※分子生物学(Molecular Biology)とはバイオ研究の一分野を意味し、バイオ研究の中でもDNA、遺伝子配列を操作する分野を意味します。

　この団体は2010年夏に設立され、ニューヨーク・ブルックリンのビルの7階に誰でも利用することの出来るバイオ研究室（オープン・ラボ）を持っています。この施設は月額100ドルのメンバー料金を支払った人が利用することが出来ます。このオープンラボではBSL1（バイオセーフティーレベル1）レベルの個人のバイオ研究のプロジェクトを行う事が出来ます。

　この施設が開設された当初はFBIやニューヨーク警察に目を付けられ警告を受けましたが、話し合い最終的に承認が得られ、世界で初めての政府公認の研究室となりました。

※BSL1(バイオセーフティーレベル1)・・・比較的危険度の低い研究を行う研究室の基準。

　また一般の人を対象に分子生物学研究の基本技術を身につけることの出来る1週間の「バイオハッカーブートキャンプ」を定期的に開講しています。費用は大人が300ドルで子供が150ドル。3時間の講習4回から構成されています。また、人工的生命を作る分野である「合成生物学」の基本講座(Intro to synthetic biology)のセミナーも開催しています。こちらも4時間の講義3回で大人300ドル、子供150ドル。

　一方で、様々な展覧会などに出展したり、小中高校に行ったりして一般の人々に分子生物学研究の素晴らしさをアピールする活動を日々推し進めているようです。

(省略されています。全文を読む）

Category:バイオハッカー団体・コミュニティー

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