バイオハッカー用実験器具
2018.04.195万円で分光光度計(スペクトロメーター)が買える。浜フォトのC12666MAを使った可視光用装置と、リニアーCCDを使った広域分析装置「DIY-spectrometer」 /43
2018.04.051個10万円のモバイルDNAシークエンサー「MinION」のみを使って人間の全ゲノムの配列決定に成功。正確さ99.8% /14
2018.02.213Dプリンターと安く手に入る古いiPhoneのカメラレンズを使ってスマホを顕微鏡化 /48
2017.12.111万円でPCR装置をDIYその5。必要な温度制御に成功!が、温度制御プログラム難しい。。。 /387
2017.11.291万円でサーマルサイクラー(PCR装置)をDIY!その4。温度一定に維持するプログラムの動作に成功、だが温度ブレ大きい /592
2017.11.091万円でサーマルサイクラー(PCR装置)を作ろう!その3。Raspberry Piを使って電装部分を作製 /625
2017.11.011万円でサーマルサイクラー(PCR装置)を作ろう!その2。制御用のモータードライバ(東芝TB66433KQ)をテスト /169
2017.10.22自分でサーマルサイクラー(PCR装置)を作ろうと思います。ペルチェを買ってきて冷却・加熱能力をテスト /197
2017.10.05スマホサイズのモバイル遺伝子配列分析装置(遺伝子シークエンサー)「MinION」を販売するオックスフォード・ナノポア・テクノロジーズのパンフレットが素敵すぎる /217
2017.09.25PCRした核酸を光じゃなくてpH変化で検出することが可能で、超小型のPCR&検出装置を作製可能 /12
2017.06.12合成麻薬類を密造した疑いで「教授」と呼ばれる男を逮捕、約8200錠分の材料に相当する薬品類や、実験器具など約200点を押収 /502
2017.05.23科学雑誌Science記事:ついにポケットサイズの遺伝子シークエンサーが活用されはじめた /175
2017.04.05Kickstarterで資金調達したPCRのオールインワン装置「Bento Lab」、最初のロットを5月末に出荷出来る見込み /165
2017.03.27Shojinmeatの「家庭用卓上純肉培養装置」プロジェクトに出資したらパトロン限定の進捗情報が見れるようになった /111
2017.02.16Kickstarterで資金調達に成功したオールインワン遺伝子実験装置Bento Labの公式ページがオープン、しかし最初の生産ロットはまだ発送されず /100
2017.01.20スマホに接続して利用出来る簡易型DNA配列・変異分析装置 /106
2017.01.16100円以下で作製可能、手動で30000gの遠心分離が出来る「ペーパー遠心機」 /114
2016.12.27オックスフォード・ナノポア・テクノロジーの使い捨てモバイル遺伝子シークエンサーが900ドル(10万円ぐらい)で既に販売中 /127
2016.12.01Amino Labsの349ドルの「DNA Playgound」、今注文するとクリスマスまでにお届け /92
2016.11.08Aidmics Biotechnologyによるスマホに接続する顕微鏡μHandy(マイクロハンディ)が10800円 /104
2016.10.12jmz Makerさんの「酵母の仕事具合監視装置」がお台場で開催されたMaker Faire Tokyo 2016に出展 /110
2016.06.29200μL〜1000μLを計りとれる安い液量可変式マイクロピペッターとチップを合計1万円で購入
2016.04.08自宅で毎週、自分で血液検査(生化学検査)が出来る装置「Cor」がクラウドファンディングに登場、本体2万円ちょっと
2016.03.29思い切ってオールインワン遺伝子分析装置セット「Bento Lab」に出資した!
2016.03.25自宅でのバイオ研究に最適!遺伝子解析(PCR分析)に必要な装置のセット「Bento Lab」がKickStarterに登場。
2016.02.23PCR反応や各種インキュベーション用に利用出来るかも!ペルチェ温度コントローラーVPE20-30Sをテスト
2015.11.25電気泳動したDNAを観察するための紫外線照射装置(UVトランスイルミネーター)をどう調達するか
2015.11.19自作の電気泳動装置&かんてんクックでDNA電気泳動してみるテスト(DNAそのものの観察はまだ)
2015.10.22PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中(その3)実際に電流を流してみた
2015.10.13PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中(その2)

2018.04.19

5万円で分光光度計(スペクトロメーター)が買える。浜フォトのC12666MAを使った可視光用装置と、リニアーCCDを使った広域分析装置「DIY-spectrometer」

↑BTW

 分光光度計(スペクトロメーター)という普通に買うと大変高価な装置が5万円でゲット出来るようです。分光光度計って何?っていう人も多いかもしれませんが、光にどの波長の光が含まれているかを調べることが出来る装置です。たとえば太陽光がプリズムで一続きの虹のようになるのは全ての波長の光が含まれているからです。一方、人工の光はそうはいきません。下記ページではスペクトロメーターを使って、一般的な白色LEDが「青色LED+黄色の蛍光体(青色を吸収して黄色を出す物質)の組み合わせて出来ていることを分析しています。

 DIYバイオ研究にもスペクトロメーターは大活躍する装置です。それは分子ごとにどの波長の光を吸収して、どの波長の光を放つか決まっているため、物質に光を当てて、この装置を使って、吸収された光の波長を調べることで、何の物質が含まれているか調べ、濃度を測定することが出来るからです。

 分かりやすい例を挙げると、植物が光合成する時に光を受け止める「クロロフィル」という物質は青色の光(400〜500nm)と赤色の光(500〜600nm)を吸収し、緑色の光(500〜600nm)は吸収しません(このため光を当てると緑色に見える)。すなわちスペクトロメーターを見て、青と赤の光を吸収し、緑を吸収していないことで、クロロフィルの量を測定することが出来ます。

 下記では日本の誇る光学機器メーカー「浜松フォトニクス」のC12666MAというマイクロ分光器を搭載し、340〜780nmの範囲内でどの波長の光が含まれているのかを検出すること出来る可視光スペクトロメーターが47000円で販売されています。
下記はArduinoとC12666MAを使って可視光スペクトロメーターをDIYする方法です。
 また、長波長の赤外線を測定することの出来る近赤外スペクトロメーターは色々なものを破壊せずに分析する方法として使われます(赤外線は内部に浸透するので測定しやすい)。例えば下記ではジャガイモを切らずに糖度を測る方法として、「糖」の吸収波長の中から可視光の670nm、また、近赤外光の多数の波長が使えることが書かれています。
その他、最近ではスマートウォッチ等で、血糖値や血中酸素濃度などを測ろうとガジェットの開発が進んでいます。

 このような可視光以外のスペクトロメーターに関しても、下記で検出部分に東芝のLiner CCDを使い、300〜1100nmの幅広い波長を測定出来る紫外、可視、近赤外スペクトロメーターを49800円で販売しているそうです。

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2018.04.05

1個10万円のモバイルDNAシークエンサー「MinION」のみを使って人間の全ゲノムの配列決定に成功。正確さ99.8%

↑BTW


 タンパク質の穴の中をちゅるちゅるとDNAが通過する時の電位変化でDNA配列を読んでしまうという、ちょっと信じられない仕組みの遺伝子シークエンサー「ナノポア方式シークエンサー」の活用が進んでいます。この方式の遺伝子シークエンサーは1個10万円のスマホより小さいサイズであることは以前にも紹介しましたが、今回、この装置のみ(39個使用、この装置は使い捨て)を使って人間の全ゲノム配列を正確に読み取ることが出来たことが報告されています。

 この仕組みの遺伝子シークエンサーは、高額な装置に比べて少し読み取れるゲノムの長さが短く、正確さにかけることが欠点とされていましたが、その欠点も克服されつつあるようです。研究者らはもはやこの方式の遺伝子シークエンサーに読める限界長さなど無い。と報告中で語っています。

 人間のゲノム配列の長さは3メガベース(A/T/G/Cが3ギガベース(3,000,000,000個))ほどです。

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2018.02.21

3Dプリンターと安く手に入る古いiPhoneのカメラレンズを使ってスマホを顕微鏡化

↑BTW


A dual-mode mobile phone microscope using the onboard camera flash and ambient light.Scientific Reportsvolume 8, Article number: 3298 (2018) doi:10.1038/s41598-018-21543-2より
バイオハッキングを行うのに顕微鏡はぜひとも欲しい装置ですが、まともな顕微鏡は非常に高価です。安価な子供のオモチャみたいな顕微鏡も販売はされていますが、購入した経験があるので言わせてもらうと非常にヒドイ作りで買わない方が良い感じ。1万円以下のやつはヤバいです。

 どのように「まともな」顕微鏡を手に入れようかと思っていたところ、表題のような学術論文がScientific ReportsというNature系の学術雑誌に掲載されています。これは3Dプリンターで作った簡単な骨組みに、安価に購入出来る(15ドルで買えると書いてあります)、iPhone 4/5のカメラモジュールから取り出したレンズをはめ込み、これを対物レンズとして使い、手持ちのスマホのカメラを設置することで2枚のレンズを使った顕微鏡として使えるというものです。論文に掲載されている写真は非常にクリアです。

下記の「f」の白いバーが1mm、黒いバーが50μmとのことで、5μmぐらいの解像度はありそうですので細胞などの観察もOKかと。倍率で表すなら数百倍拡大して見れている感じでしょうか。


カメラモジュールはパーツしとして買う以外にも、家に余っている古いiPhoneなどあればそこから取り出すのもアリと思います。またヤフオクでジャンク探すと500円とかでありますね↓

3Dプリンターも持ってますので、近いうちにパーツを入手して試してみたいと思います。

 Keyword:顕微鏡/16
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2017.12.11

1万円でPCR装置をDIYその5。必要な温度制御に成功!が、温度制御プログラム難しい。。。

↑BTW


 ↑上記が1万円弱で作製したPCR装置でPCR反応に必要な94℃30秒、60℃30秒、72℃60秒を行ったところです。青色が温度、赤色が加熱/冷却の制御ログです。温度を一定に維持するところで波打っているのが分かるかと思いますが、温度制御が難しいです。。。。。現状で設定温度±1℃ぐらいで維持していますが、高価な市販のPCR装置はぴったり温度に合わしていてこんなブレはないので、まだまだですね。

 特に94℃などの高温で維持する場合と、60℃という比較的低温で維持する場合では同じアルゴリズムでは制御出来ませんでした。具体的には94℃では周囲への放熱が激しいのか温度低下が早く、94℃付近に近づくものの、ぴったり合わせようとすると94℃を超えることが出来ず、上記グラフではこれで92℃を超えてから94℃を超えるまで70秒間もかかり時間をロスしています。ただ94℃→60℃の移行は40秒、60℃→72℃の移行は10秒で完了しており市販のPCR装置を考えても悪くない感じです。まだまだ改良の余地がありますが、現状でもPCR出来そうな気がします。

以下がPythonによるプログラムです。

(省略されています。全文を読む

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2017.11.29

1万円でサーマルサイクラー(PCR装置)をDIY!その4。温度一定に維持するプログラムの動作に成功、だが温度ブレ大きい

↑BTW


前回までに作製したサーマルサイクラーのユニットを動作させてみました。上記は70℃一定に保つように後述のプログラムで「70℃を上回ると冷却、70℃を下回ると加熱」と動作させてみたところです。プログラムはpythonです。


↓実験風景、温度センサーをペルチェに耐熱アルミテープで貼り付けています。ペルチェに流す電源は12V


温度ログを見ると温度上昇は55℃〜65℃まで12秒かかっています。まあこんなものでしょうか?ただ、その後70℃一定に保つところがイマイチ、70℃超えると冷却、70℃超えると加熱とプログラムしていますが、-4℃〜+5℃まで大きく増減しています。温度を安定させるためには、目的温度に達するちょっと前に加熱、冷却を穏やかにするなどプログラムを工夫する必要がありそうです。

(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント(592〜)


2017.11.09

1万円でサーマルサイクラー(PCR装置)を作ろう!その3。Raspberry Piを使って電装部分を作製

↑BTW


とりあえず電装部分を組みました。右の基板はRaspberry Pi zero、左の基板にモータードライバと電解コンデンサが乗っています。おまじないに12V電源につなぐところにヒューズも設置しました。
これと12V電源と、USB電源を用意する必要があります。まだ通電してません(笑)。

★使った部品
Raspberry Pi zero(5ポンド、日本への送料含めて2000円ぐらい、国内通販は品薄なので)

温度センサーDS18B20。370円
いわゆる電子部品に相当するのはRaspberry pi、モータードライバ、電解コンデンサ、抵抗の4個だけです。
電源ユニットを入れると電気関連の部品代金は6000円ぐらいかな?

(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント(625〜)


2017.11.01

1万円でサーマルサイクラー(PCR装置)を作ろう!その2。制御用のモータードライバ(東芝TB66433KQ)をテスト

↑BTW


前回↓の続きです。

PCR装置を作るにはペルチェを使って、流す電流のプラス/マイナスを反転させることで加熱、冷却を制御すれば良いと思うのですが、その制御は「モータードライバー」ってのを使ったら良いっぽい。購入したのは下記のパーツ。東芝製で280円。
(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント(169〜)


2017.10.22

自分でサーマルサイクラー(PCR装置)を作ろうと思います。ペルチェを買ってきて冷却・加熱能力をテスト

↑BTW


 1年半前にKickstarterに10万円以上も出して出資した遺伝子実験用オールインワン装置「BentoLab」が当初の出荷予定から1年経過しても送られてくる気配が無いので自分でサーマルサイクラーを作ろうと思います。

 最近、本当にクラウドファンディングとか計画する連中のルーズさにはウンザリ。クラウドファンディングの仕組みも良くないかもね。いったん資金調達した後のプロジェクト進行に対するインセンティブが無いからね。

(省略されています。全文を読む

 Keyword:サーモグラフィー/3
   記事ごとのページ・コメント(197〜)


2017.10.05

スマホサイズのモバイル遺伝子配列分析装置(遺伝子シークエンサー)「MinION」を販売するオックスフォード・ナノポア・テクノロジーズのパンフレットが素敵すぎる

↑BTW


上の写真は先日、パシフィコ横浜で開催された日本癌学会総会に出展していた展示ブース。

既にオックスフォード・ナノポア・テクノロジーというイギリスの会社が革新的な遺伝子配列読み取り装置(遺伝子シークエンサー)を開発したことは紹介しました↓が、日本での営業・販売活動を開始しているようです。

遺伝子配列(ATGCの組合せ)を読み取る遺伝子シークエンサーは安くても数千万円という高額機器で、個人で購入するなんて夢のまた夢だと思っていたら、同社の販売するMinIONというスマホよりも小さな遺伝子シークエンサーはなんと1つ10万円。この装置を見て最初に思い浮かんだのが「ハンター×ハンター」という人気漫画の下記のシーン

漫画:ハンター×ハンター(冨樫義博)18巻より

(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント(217〜)


2017.09.25

PCRした核酸を光じゃなくてpH変化で検出することが可能で、超小型のPCR&検出装置を作製可能

↑BTW

 特定の遺伝子が存在するかどうかを確認する方法としてPCR装置が使われてきました。この方法は自宅で出来るDIYバイオの代名詞として自宅用のPCR装置などが発表されています。しかしこれらのPCR装置で増幅した遺伝子はそのままでは確認することが出来ず、例えば「電気泳動」などの方法を使って増幅したDNA量をチェックする必要がありました。この電気泳動はゲルを作ったり、光学的に特定の波長の光を照射し観察したりとPCR反応以上に手間がかかりました。

 今回、イギリスの研究者が新しい方式のDNA定量法を用いてUSBメモリサイズの超小型PCR&分析装置が作れることを著名な学術雑誌Nature Methodに発表しています。この研究者らはPCR反応で核酸が取り込まれる際に生ずる水素イオンにより溶液が酸性化するのを検出することでPCR反応の情況、すなわちどれぐらい目的の遺伝子が含まれているかをモニター出来ることを報告しています。

 PCR反応は温度を制御するだけ、またpH測定も超小型の半導体で実現可能ですので、これを利用してHIVウイルスが存在するかどうかをUSBメモリサイズの装置で20分で確認出来るとのことです。

DIYバイオにも取り入れたいですね。下記でI2C接続のpHセンサーを18ドルで販売しています。

 Keyword:電気泳動/38
   記事ごとのページ・コメント(12〜)


2017.06.12

合成麻薬類を密造した疑いで「教授」と呼ばれる男を逮捕、約8200錠分の材料に相当する薬品類や、実験器具など約200点を押収

↑BTW

犯罪はもちろん絶対ダメですが、まさにケミカルハッカー!!!!バイオハッキングに足りないのは実用性だと思う。何か無いだろうか。そこで技術的難易度が低くて出来そうな事で思いつく事を羅列してみる。
(製造関連)
  • ミドリムシを自分で培養、製造
  • クロレラを自分で培養、製造
(分析関連)
  • 自分の遺伝子を分析(これはオンラインでやってくれる業者多数なので価値を感じないけど)
  • 体調が悪い時にインフルエンザウイルスがいるかどうかをチェック
  • 足の指がアヤシイ時に水虫菌の有無をチェック
  • 花粉症の進行度を定量的に、自分でチェック
  • 各種ワクチン接種後の、抗体形成量を自分でチェック
う〜ん、ネタに乏しい、そもそもバイオテクノロジー的な製品が市場に出回ってないんだよね。

ちなみに逮捕された男の書いた本?↓

 Keyword:ワクチン/6
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2017.05.23

科学雑誌Science記事:ついにポケットサイズの遺伝子シークエンサーが活用されはじめた

↑BTW

 数年前は多くの研究者が懐疑的だったポケットサイズの遺伝子シークエンサーが研究者に活用され始めたようです。この技術は現在のソフトナノテクノロジーの頂点にも当たるような画期的な技術で、穴の空いたタンパク質の中をDNAが通り抜ける際のタンパク質に生じる電気的変化を測定し遺伝子配列を読み取ります。

この技術は2016年のScienceが選ぶブレイクスルー・オブ・ザ・イヤーに選ばれています。

 このポケットサイズの遺伝子シークエンサーを開発するオックスフォード・ナノポア・テクノロジー社の主催するセミナーが先週ロンドンで開かれ、研究者達が様々な活用例を紹介したそうです。

 記事によるとまだこの技術での遺伝子分析は読み取りミスも多いが、速いスピードで改善が進んでいるとのこと、着実に1回の読み取りで読める長さは伸びており現在の最高記録は1回の読み取りで大腸菌のゲノムの6分の1に当たる82000baseを読めたそうです。

 これまで想定していなかった用途としては1分子の遺伝子を読むため、遺伝子に生じた化学的修飾やスプライシング変位を検出しやすいメリットも明らかになってきたそうです。また現在読めるのはDNAですが、RNAの分析も検討が進んでおり、これが実現すればRNAウイルスを直接検出することが可能となるとのこと。

 この手のひらサイズのMinIONという遺伝子シークエンサーはたった1000ドルで、セミナーではこの技術を太陽系外探査に使うことを考えているNASAの研究者も見られたようです。

   記事ごとのページ・コメント(175〜)


2017.04.05

Kickstarterで資金調達したPCRのオールインワン装置「Bento Lab」、最初のロットを5月末に出荷出来る見込み

↑BTW

遺伝子分析(PCR)を行うための装置が一体となった「Bento Lab」プロジェクトの進捗がアップデートされました。最新の情報によりますと最初のロットが5月末に出荷され、注文を受けている全てのユニットが6月に発送可能とのことです。

私は本プロジェクトに出資してBento Labが届くのを心待ちにしているのですがやっと入手出来そうです。

Bento Labには32サンプル同時にPCR反応を行えるサーマルサイクラー、ゲル電気泳動装置、青色光イルミネーター、遠心機、チューブラックが搭載されています。

   記事ごとのページ・コメント(165〜)


2017.03.27

Shojinmeatの「家庭用卓上純肉培養装置」プロジェクトに出資したらパトロン限定の進捗情報が見れるようになった

↑BTW


先週紹介したShojinmeat/インテグリカルチャー社の自宅で培養肉を作る「家庭用卓上純肉培養装置」クラウドファンディングに出資してみました。クレジットカードで簡単に出資出来ました。これは良いシステムですね。アイデアと能力があれば資金を調達出来る色々な可能性が開けています。今のところ9名から月間18000円の資金調達に成功しています。

そして知らなかったのですがパトロン(出資者)になった後は下記のようにパトロン限定の情報が表示されるようになりました。

※パトロン限定情報なので一部モザイクかけています(笑)、2017年3月23日、2017年3月25日と相次いで検討結果が公開されていました。

   記事ごとのページ・コメント(111〜)


2017.02.16

Kickstarterで資金調達に成功したオールインワン遺伝子実験装置Bento Labの公式ページがオープン、しかし最初の生産ロットはまだ発送されず
All-in-one DNA-experiment gadget 'Bento Lab' have not been shipped yet, but the developer team are making much effort to ship the first lot.

↑BTW


KickStarterで資金調達に成功し、私も昨年3月に699ポンド支払って(約12万円)出資(Bento Labが1個もらえる報酬)したBento Labが公式Webページをオープンさせています。今後は999ポンド(現在のレートで14万円ほど)で売るようです。着実に事業を続けていく予定のようで安心です。というのも昨年11月発送予定だったKickStarterでの出資者向けのBento Labが未だに届いていないからです。

出資者向けには定期的に近況報告が来ているのですが、
★2016年11月20付けUpdate#11
ここ数週間で大きな進捗があった、現在96の図面と、18000行に及ぶプログラム、200のパーツを製造するためのサプライチェーンの構築など。モーターが納入されテスト中、目標は20,000 rpmである。

★2017年1月9日付けUpdate#12
数日前のBento Lab製造パートナーとのミーティングで、製造に新たなコストが発生することが発覚した。現在、改善に向けて取り組んでいるが、最悪のシナリオで発送が6月になってしまう可能性がある。

★2017年2月1日付けUpdate#13
性能を損なうことなくコストダウンする方法を模索中、コストダウンのためフタのロック機構を簡略化、また遠心機のモーターとヒーターに改良の余地があることを見つけた。これらの改良方法はあと10日以内に確立する予定。現在2月中旬にBento Labの組み立てに向けてつもりである。

って感じです。かなり具体的に報告が来ているのでいずれ届くと期待しています。

   記事ごとのページ・コメント(100〜)


2017.01.20

スマホに接続して利用出来る簡易型DNA配列・変異分析装置

↑BTW


 先日、スマホに接続して遺伝子配列をシークエンス(解読)出来る装置を紹介しましたが、今回紹介するのはスマホに接続する顕微鏡型の遺伝子分析装置です。特定の遺伝子配列にのみに結合して蛍光が光る試薬と一緒に用いることで利用します。

 これにより、血液を一滴取って、含まれている細胞の中に何割、どんな遺伝子変異(癌細胞などが持つ)があるのかを分析するなどの事が出来ます。他にどんな細菌が含まれているかなどの分析も可能かもしれません。

 本体は3Dプリンターで作ったそうです。本体はどれぐらいの大きさなのでしょうか?上の画像だけじゃ本体のサイズが分かりませんが、研究者は非常に低コストで実現出来ることをアピールしており、低価格にするために分析部分は「スマホ」を使うとの方針のようです。機器の中身は蛍光観察可能な単なる顕微鏡ですので、スキルがあればDIY出来そうな機器に思います。

最近、安い3Dスキャナーを注文したのですが↓なんと安い理由は必要なプラスチック部分は自分で3Dプリンターを使って印刷してね。とのことです。

こういったバイオ装置も安価にキットとして発売してくれるスタートアップ企業が現れると嬉しいのですが。

   記事ごとのページ・コメント(106〜)


2017.01.16

100円以下で作製可能、手動で30000gの遠心分離が出来る「ペーパー遠心機」

↑BTW


病原性ウイルスの分析など、多くのバイオ分析に「遠心分離」という作業が必要です。これは溶液を超高速で回転させて生じさせた強い重力で通常は底に沈まない「ウイルス」などの物質を分離する方法です。

遠心分離装置は自宅でバイオ研究をする上で、ぜひとも欲しい機器で自宅バイオハッカー向けの安価な機器が登場したりしていますが、今回、ほとんどお金をかけず、ヒモを使った手動で十分にバイオ研究に必要な遠心分離が出来る方法が報告されています。

やり方は上の写真を見ればなんとなく分かるでしょうか?(笑)、

リンク先では血液から1.5分で血漿と血球に分離いたり、マラリア原虫を15分で分離したり出来ることが報告されています。

また、3Dプリンターで作った微小流路デバイスを用いて、この遠心力で駆動させることが出来ることを紹介しています。

研究者はこの技術は環境の整わない場所での各種診断や、バイオ教育に有用だろうと言っています。

   記事ごとのページ・コメント(114〜)


2016.12.27

オックスフォード・ナノポア・テクノロジーの使い捨てモバイル遺伝子シークエンサーが900ドル(10万円ぐらい)で既に販売中

↑BTW


 学術雑誌サイエンスが選ぶ2016年の科学的ブレイクスルーの1つに「ナノポア技術によるモバイル遺伝子シークエンサー」が入っていました。この「ナノポア方式」の遺伝子シークエンサーは穴の空いたチャネルタンパク質の穴をDNAが通過する際のATGC塩基ごとの電位変化を検出する方式で、かなり難易度が高いが実現したら画期的という位置づけと思っていましたが、すでに販売を開始しており、10万円程度の使い捨て手のひらサイズの製品から、iPhoneに取り付けるタイプまで販売している模様。

手のひらサイズの「MinION」は本体には512のnanoporeがあり、最大で200kbase読めるとのこと。USBでパソコンに接続し、データはクラウド処理されるみたいです。すぐにフィールドワークする研究者がそこら中で生物のDNAや、環境DNAを分析しまくって大きな成果を上げそうな予感がします。こりゃ、どう考えてもノーベル賞だな。

すでにこの機器を使った多くの論文が投稿されています。

↓モバイル&リアルタイム遺伝子シークエンサーを用いたエボラ出血熱の疫学調査
・・・・・遺伝子分析時間は15〜60分、分析入れても24時間以内に分析可能。エボラウイルスは遺伝子変異が急速に生じるのでこういった機器が有用とのこと。
↓ナノポア方式の遺伝子シークエンサーを宇宙に持って行ってみて使うことに成功
↓2016年の科学的ブレイクスルー

   記事ごとのページ・コメント(127〜)


2016.12.01

Amino Labsの349ドルの「DNA Playgound」、今注文するとクリスマスまでにお届け

↑BTW



 クラウドファンディング「Indiegogo」で資金調達に成功した「Amino Labs」のバイオ実験セットが販売されています。機器は2つあり、「DNA Playground」という装置と「All-in-One Bioproduction Labs」という装置です。

「DNA Playground」はバクテリアに遺伝子導入するための基本的な部分が搭載されており、具体的には
(1)試験管を4℃に維持する装置
(2)試験管を37℃または42℃に維持する装置
が主要な設備のようです。

 本体には4.3インチタッチパネルが搭載されており、本体はWiFi接続、タイマーを用いて決まった時間、指定の温度でバクテリアを処理することが出来ます。これで349ドル。

 他にもバクテリアへの遺伝子導入キットが36ドルでオプション販売されており、これにはK12大腸菌、寒天培地、バクテリアを様々な色に発色させるための遺伝子(DNAプラスミド)、抗生物質、各種培養液がセットになっております。

 All-in-One Bioproduction Labの方は、上記に加えてpHメーターや600nm波長を利用した濁度測定装置も搭載されていますが1699ドルと非常に高額です。

   記事ごとのページ・コメント(92〜)


2016.11.08

Aidmics Biotechnologyによるスマホに接続する顕微鏡μHandy(マイクロハンディ)が10800円

↑BTW


 台湾版DMM.makeから生まれたスタートアップ企業Aidmics Biotechnologyのスマホに接続可能な顕微鏡μHandy(マイクロハンディ)が日本からも購入可能になっています。

 スマホ本体のカメラを使用する方式で、iPhone6の場合は1.2μmのモノまで見える(倍率にして200倍)とのこと。本体にはボタン電池を入れてオートフォーカス等で使用することが可能なようです。

 顕微鏡的に使用出来るスマホに装着可能な拡大レンズは他にも安価なものからありますが、この製品はフォーカスを併せるところまで出来る高度なレンズが搭載されているようで、かなり実用度は高そうな気がします。買ってみようかな。

この会社ではこのデバイスを活用して家畜の人工授精などに活用出来る「iSperm」という製品もあるようです。

   記事ごとのページ・コメント(104〜)


2016.10.12

jmz Makerさんの「酵母の仕事具合監視装置」がお台場で開催されたMaker Faire Tokyo 2016に出展

↑BTW


 醸造が趣味というjmz Makerさんが「公募の仕事具合開始装置」を出展していました。アルコール発酵は糖分があればどこでも簡単に起こりますが、美味しいお酒が出来るように安定してコントロールするのは至難の業です。この装置を使って、温度や比重をモニター・コントロールすることで自宅でも安定して醸造出来るそうです。

 出展者に「アルコール濃度はコントロール出来ますか?」と聞いたのですが、アルコール濃度の測定を装置で行うのは難しいとのことでした。



(省略されています。全文を読む

   記事ごとのページ・コメント(110〜)


2016.06.29

200μL〜1000μLを計りとれる安い液量可変式マイクロピペッターとチップを合計1万円で購入

↑BTW


 これが自宅に無い人はバイオハッカー名乗る資格は無いと思うぞ。この業界20年の俺は人生でハシを握っている時間よりもマイクロピペッターを握っている時間の方が長いんじゃないかと思うぐらいです。

 分からない人のために説明するとマイクロピペッターとはバイオ実験で必ず使用するツールです。今回買ったマイクロピペッターを用いることで200μL〜1000μLまでの液量を5μL精度(1リットルの200000分の1)精度で計りとることが出来ます。

 実験に使う他に水耕栽培用の液体肥料を計りとったり、2液式の接着剤を混ぜたり、アクリル板を有機溶媒で接着する時など色々と便利です。

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2016.04.08

自宅で毎週、自分で血液検査(生化学検査)が出来る装置「Cor」がクラウドファンディングに登場、本体2万円ちょっと

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 クラウドファンディングで今出資すると自宅で血液検査が出来る装置「Cor」本体と3ヶ月が199ドル(22000円ぐらい)で手に入れることが出来ます。製品版は299ドル(33000円程度)になる予定。Corは潜在的にニーズの高そうな話と思います。分析出来る項目はコレステロール(総量、HDL、LDL)、血糖、中性脂肪、フィブリノゲンなど。毎日、これらの分析が自宅で出来れば健康増進にかなり寄与出来そうですし、これもバイオハックですね。


 出資額199ドルのキットには3ヶ月分(週1回として12回分ぐらい?)の検査用カートリッジが付属。追加のカートリッジ価格が書いてないのが気になりますが、業務用の機械と比べて大変安いと思います。

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2016.03.29

思い切ってオールインワン遺伝子分析装置セット「Bento Lab」に出資した!

↑BTW


出資完了画面の画面のキャプチャ。現在、全世界で348人が出資

 先日紹介した自宅でのバイオ研究に最適なオールインワン遺伝子分析装置Bento_Labに思い切って出資してみました。日本への送料含め734ポンド(日本円で11万9000円)。高いよー(涙)、しかし、こんなクリエイティブで先鋭的なお金の使い方は人生でそうそう無いと思うんだよ。と自分を納得させ中。

 それなりに考えました。電気泳動槽は既に自作済みです。かかった費用は1万円程度、PCR装置は先日から行っている取り組みがうまくいっていないのですが、時間をかければ合計4万円程度で製作可能な装置と考えています。ちなみに完成したPCR装置を購入すると10万円程度、遠心機は25000円程度で購入可能です。Bento Labに含まれるこれら3種類の機器を完全に一から自分で自作しても5万円程度はかかると予想します。Bento Labは、これを11万9000円で売っていると計算。まあ悪くないかなと。

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2016.03.25

自宅でのバイオ研究に最適!遺伝子解析(PCR分析)に必要な装置のセット「Bento Lab」がKickStarterに登場。

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電気泳動槽、PCR装置(サーマルサイクラー)、遠心器、トランスイルミネーターのキットが699ポンド(11万2000円)です。日本への送料は35ポンド(5600円)とのこと。装置は一体化されていて液晶画面でPCRの条件などを設定することが出来るようです。

また、149ポンド(24000円)の「スターターキット」というのもあり、これには

が含まれているそうです。何のプライマー(どの遺伝子を調べることが出来るのか)が付属しているのか不明ですね。また、DNA検出のためのLEDは468nmを用いているようです。これは何のDNA染色試薬を使用することを想定しているのでしょうか?
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2016.02.23

PCR反応や各種インキュベーション用に利用出来るかも!ペルチェ温度コントローラーVPE20-30Sをテスト

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DNAを電気泳動する部分は確立出来たので、次はPCR反応をどうにかしないといけません。OpenPCRとか比較的安い装置もあるけど、安価?安いといっても10万円近く。高すぎだろ。私の感覚ではPCRしてDNA分析を趣味で楽しむとしたら、PCR装置自体は3万円ぐらいでどうにかしたい気分です。

そんなケチケチ精神で以前に38000円で購入していたペルチェ温度コントローラーを試してみました。

この装置は写真の金属部分の温度をペルチェ素子を使って−20℃〜110℃まで制御可能です。

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2015.11.25

電気泳動したDNAを観察するための紫外線照射装置(UVトランスイルミネーター)をどう調達するか

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自作の電気泳動槽は問題なく動いているみたいなので実際にDNAを電気泳動し観察してみたいと思います。それには「UVトランスイルミネーター」と呼ばれる装置が必要です。

Amazonでは10万円程度で買えるみたい。

ただし、紫外線を出すだけでこの値段は高いだろ。

●プラン1:紫外線で励起

395nm紫外線LEDで良ければ懐中電灯タイプが安くあります。
しかし、EtBrの励起波長は紫外線の中でもUV-B付近の300nmをピークのようで、紫外線LEDのラインナップの豊富な400nm前後(UV-A)は効率悪そう。

●プラン2:可視光で励起
↓65000円のLEDを使ったイルミネーターもあるのですが
この製品は紫外線を使って折らず、青緑LEDの可視光のみを使い、フィルターで長波長側をカットして使用しちえるようです。
EtBr(エチジウムブロマイド)には518nm(青色付近)の第2吸収波長があるとのこと。どうやら505nm(シアン)のLEDで励起可能みたいです。そして富士フイルムのSC-56って550nm以下をカットするフィルターを使用すると良いらしいです。

とりあえず505nm LEDを使った下記ハンディライトでも買ってみるか
自分で作るならLED1つが50円SC-56フィルターはAmazonで売ってる。この方針で行こうと思います。

以下参考

 Keyword:電気泳動/38
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2015.11.19

自作の電気泳動装置&かんてんクックでDNA電気泳動してみるテスト(DNAそのものの観察はまだ)

↑BTW


やっと自作電気泳動装置が完成して通電していることは確認出来たので↓

実際にアガロースゲルを作製して、分子量マーカーを電気泳動してみました。エチブロは買ってあるけどUVランプなどは入手していないのでDNA分子量マーカーの色素が動くのをとりあえず確認しようという作戦。
↓研究用のアガロースがすごく高かったので食品用の「かんてんクック」で試してみることにしました(笑)

↓1%濃度でTBE緩衝液に溶かしパイレックスのガラス瓶に入れて家庭用レンジで溶かしたところ、研究用のアガロースと異なり、上半分がアワアワになってしまいます。あと全体的に着色している感じ。予想すると研究用のアガロースと比べて粘度が高い感じ。しつこく電子レンジで温め、静置しておいたら完全に透明になりました。


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2015.10.22

PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中(その3)実際に電流を流してみた

↑BTW

お金をケチって作っている自作電気泳動装置をコンセントにつなぎ電流を流してみました。いけそうです。
↓過去の内容

作成した電気泳動槽にDNA電気泳動用のTBE緩衝液(塩水で良い気もしますが、買ってあったので)を入れて
電源ユニットをコンセントに差してみたところ・・・
おぉ、ステンレス電極に電気分解の結果と思われる気泡が現れました。

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2015.10.13

PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中(その2)

↑BTW



使用したのは前回から作製中の電気泳動槽

と、買ってあった100V(AC)→50V(DC)ユニット変換器
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