電気泳動
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2020.04.09:孫正義もやらないし自分で自宅でDIY新型コロナPCRをしよう(3)PCR反応がうまくいっているかの確認
2020.03.30:孫正義もやらないし自分で自宅で新型コロナ検査をしよう(2)ウイルスRNAの逆転写とPCR。研究試薬個人輸入時のコツ
2020.03.24:孫正義もやらないし自分で自宅で新型コロナ検査をしよう(1)方法の概略と必要な試薬・装置〜RNA抽出
2020.01.30:DIYバイオに最適かも。トランスイルミネーターなんて使わなくても電気泳動後のDNAを観察可能だった
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2019.11.21:オールインワンの自宅DIYバイオキット「Bento Lab」の電気泳動槽&トランスイルミネーター性能を試す。
2019.09.20:激安マグネティックスターラーを購入、安すぎてDIYするのがバカらしいわ
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2019.04.05:自宅でのDIYバイオに最適なオールインワン実験装置「Bento Lab」がついに届いた!!!!PCR装置、電気泳動槽、トランスイルミネーター、遠心機完備
2017.09.25:PCRした核酸を光じゃなくてpH変化で検出することが可能で、超小型のPCR&検出装置を作製可能
2017.04.05:Kickstarterで資金調達したPCRのオールインワン装置「Bento Lab」、最初のロットを5月末に出荷出来る見込み
2016.03.29:思い切ってオールインワン遺伝子分析装置セット「Bento Lab」に出資した!
2016.03.25:自宅でのバイオ研究に最適!遺伝子解析(PCR分析)に必要な装置のセット「Bento Lab」がKickStarterに登場。
2016.02.23:PCR反応や各種インキュベーション用に利用出来るかも!ペルチェ温度コントローラーVPE20-30Sをテスト
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2015.11.25:電気泳動したDNAを観察するための紫外線照射装置(UVトランスイルミネーター)をどう調達するか
2015.11.25:電気泳動したDNAを観察するための紫外線照射装置(UVトランスイルミネーター)をどう調達するか
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2020.04.09

孫正義もやらないし自分で自宅でDIY新型コロナPCRをしよう(3)PCR反応がうまくいっているかの確認
孫正義もやらないし自分で自宅でDIY新型コロナPCRをしよう(3)PCR反応がうまくいっているかの確認

↑BTW


ここまで新型コロナウイルスをRT-PCR法で検出するための5ステップの概略を説明しました。

(1)鼻水の採取
(2)RNAの抽出
(3)cDNAへの逆転写(RT)
(4)PCR(遺伝子増幅)
(5)電気泳動して結果確認
の5ステップで進めるのですが、こういった遺伝子実験がうまくいっているかどうかの確認にはコツがあります。なぜならDNAって全く見えないので、実験が終了するまでうまくいっているかを確認する方法が無いのです。

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2020.03.30

孫正義もやらないし自分で自宅で新型コロナ検査をしよう(2)ウイルスRNAの逆転写とPCR。研究試薬個人輸入時のコツ
孫正義もやらないし自分で自宅で新型コロナ検査をしよう(2)ウイルスRNAの逆転写とPCR。研究試薬個人輸入時のコツ

↑BTW


↑今回購入した新型コロナウイルスを見分ける「プライマーDNA」4種類と添付文章。4本で23ドル+送料。
GWに実家に帰省するので、帰省前に自分で家族全員の陰性を確認してから帰る計画。医療機関はやってくれないからね。ウイルスフリーの鳥取に住む両親を危険に晒すわけにはいかないからね。

前回↓の続き。やり方の大雑把な説明です

(1)鼻水の採取(前回説明)
(2)RNAの抽出(前回説明)
(3)cDNAへの逆転写(RT)
(4)PCR(遺伝子増幅)
(5)電気泳動して結果確認

◆◆◆新型コロナウイルスのRT-PCR分析の5ステップ模式図◆◆◆


(3)cDNAへの逆転写(RT)
鼻水などから抽出した「RNA」とは遺伝子(核酸)の一種ですが、人類の発明した遺伝子増幅技術「PCR(ポリメラーゼ・チェーン・リアクション)」を行うにはRNAと相補的(A-T,G-Cの対になる)なDNAに変換する必要があります。細胞の中ではセントラルドグマに従い、DNA→RNAへと変換が行われているので、このRNA→DNAの反応を逆転写(Reverse Transcription)と言います。人類は自然の摂理を逆転させてまで科学を進めるのねっ。

逆転写を行う「高温耐性逆転写酵素」を含む各種試薬は一つ一つ揃えると面倒なので、キットになっているものを使います。前回紹介したRNA抽出キットと同じく韓国の「BIONEER」で133ドルでキットを購入します。
これで50サンプル分。

(4)PCR(遺伝子増幅)
次に(3)の過程でウイルスRNAから逆転写して作ったcDNA(相補的DNA)を使ってPCR反応を行います。PCRの説明は・・・・面倒なのでGoogle先生にでも聞いてください。「よくこんなの思いついたな!」って方法です。発明者はノーベル賞もらってます。PCR装置は当サイトの別ページで色々と紹介しているのでそちらをご参照ください。1万円で自分で作っても良いし、電気泳動装置や遠心分離装置とセットになったBentoLabってのが10万円ほどです。
PCRを行う時には増幅したいDNAの端と端の2つの部分を指し示す相補的DNA(プライマーという)が必要ですが、ちょうど国立感染症研究所の「コロナ検査マニュアル」にうまくいく配列が公開されているのでそれを使います。
これを書いている時点で「病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.9.1令和2年3月19日」
研究所とかでやるには最先端の「リアルタイムPCR」という手法が定量的で良いのですが、自宅にそんな高価な機械は無いので(そのうちDIYしてやる!)、お手軽な普通のPCR装置用のプライマーを使います。
リンク先からピックアップしたプライマーの配列は下記、2段階PCRで行うことが推奨されています。
1stNIID_WH-1_F501SenseTTCGGATGCTCGAACTGCACC
1stNIID_WH-1_R913AntisenseCTTTACCAGCACGTGCTAGAAGG
2ndNIID_WH-1_F509SenseCTCGAACTGCACCTCATGG
2ndNIID_WH-1_R854AntisenseCAGAAGTTGTTATCGACATAGC
この配列をBIONEERで合成してもらいます。最小スケールで1塩基0.29ドル、1つ20base程度なので4個注文しても23ドルとかです。良い時代になりましたな。


(5)電気泳動して結果確認
電気泳動装置や方法に関しては本サイトの別のページをご覧ください。電気泳動装置は自分で作っても良いし、買っても3万円ぐらいです。遺伝子を見るようにするにはクソ高い蛍光色素とかエチブロとか使わなくても目で見える良い試薬をこの前発見しています。↓
海外から試薬を通販する時のTIPS
日本はオウム真理教事件とか理由に試薬メーカーが研究用試薬をいっさい個人に売ってくれない理科教育崩壊国家なのでほんと日本の研究用試薬卸会社とかコロナの不況で全部つぶれればいいのに海外通販に頼る必要があります。今回試薬を買っているBIONEER社(韓国)から購入する場合は日本への発送手段はフェデックスかDHLです。どちらを選んでも似たような値段です。常温商品だと送料は2000〜3000円程度です。

↓こんな箱で届きます。


↓アヤシイのかよく開封されますw


↓通関時に関税とか消費税とかとられます。フェデックスはあとでコンビニ支払い用紙が届きます。DHLは運送を代行する佐川急便とかのにーちゃんに支払います。(※下記はコロナのRT-PCRに必要な全ての試薬、プライマーをまとめて購入(合計6万円ぐらい)した時の関税と消費税。)


個人でこういう試薬を頼むとフェデックスとかDHLの成田で働いている通関担当者からよく電話がかかってきます。
問い合わせ例1:「これ個人向けですか」
→回答例:自信を持って「個人です。」と答えましょう。

問い合わせ例2:「内容物は何ですか?」
→回答例:自信を持って「実験用の試薬です。」と答えましょう。個人が実験用の試薬を買っちゃダメなんて法律はありません。

問い合わせ例3:「用途は何ですか?」
→回答例:「実験です。趣味です。理科実験です。科学実験です。子供の自由研究です」
とか自身を持って答えましょう。挙動不審になったら負けですw。こういう毒でもない商品の輸入を禁止する法律などありません。

問い合わせ例4:「個数80って書いてあるけど4個しか入って無いんですけど?」
→回答例:「塩基が20個つながったDNAが4個です。80は塩基の合計数です。」
これよくあるんですが、プライマーを発送する時、BIONEERは1塩基あたりの単価を書いて来るんですよね。成田の通関で個数が合わないぞとよくひっかかる。

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2020.03.24

孫正義もやらないし自分で自宅で新型コロナ検査をしよう(1)方法の概略と必要な試薬・装置〜RNA抽出
孫正義もやらないし自分で自宅で新型コロナ検査をしよう(1)方法の概略と必要な試薬・装置〜RNA抽出

↑BTW


↑通販で購入した必要試薬
 今の世の中を見ていて思うんです。もっとDIYバイオ実験が一般に広がっていて自分で新型コロナ検査が出来ていれば、こんな騒ぎにはならなかっただろうと。そんなの難しい?いや、やり方知ってれば簡単なんですよ。必要な試薬も装置も全部通販で購入したり自分で作ったり出来ます。これから自宅で自分でRT-PCRして新型コロナ診断をするデモンストレーションしてみたいと思います。

 今回の世界的な新型コロナ騒ぎが収まるか大惨事に向かうかは知りませんが、収まったところで定期的にこのような感染症騒ぎは起こるはずです。そのたびに医療インフラの限界やら、政治的思案を理由に今のような状況を繰り返すことでしょう。いったん自宅で検査出来る準備を整えていれば次のパンデミック騒ぎにも役立つかもしれません。ちなみにDIYで自前でワクチンだって作れます。もちろん効果も未知だしリスクはあるので本当に身に危険を感じるような状況にならないと試さないけどね。

さて新型コロナウイルスを自宅で自分でRT-PCR診断する方法の概略ですが下記の5工程になります。

それぞれまず簡単に説明します。
(1)鼻水の採取
国立感染症研究所のページを見ると鼻咽頭スワプ(ぬぐい液)が検出しやすいそうです。
鼻の奥に綿棒つっこんでこすれば良さそうです。インフルの検査の時に採取されるやつですね。

(2)RNAの抽出
コロナウイルスは遺伝子情報としてRNAを持つRNAウイルスです。ただ、RNAを分解する酵素はそこら中にあふれているので抽出は大変です。色々工夫して身近な試薬を組み合わせても良いですが、まずは結果重視で専用試薬を購入して使います。

日本はオウム真理教事件とか理由に試薬メーカーが研究用試薬をいっさい個人に売ってくれない理科教育崩壊国家なので、海外通販に頼る必要があります。本サイトでは色々と入手先を紹介してきましたが送料が一番安くつくのはお隣の韓国のBIONEERです。
50回抽出分で170ドル。支払いはクレジットカードかPayPalとか、常温配送可能な試薬なのでDHLかFedexで送料2000円ほどです。他にもBIONEERから購入出来る試薬などを後で紹介するのでまとめて頼むのが良いです。
続く
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2020.01.30

DIYバイオに最適かも。トランスイルミネーターなんて使わなくても電気泳動後のDNAを観察可能だった
DIYバイオに最適かも。トランスイルミネーターなんて使わなくても電気泳動後のDNAを観察可能だった

↑BTW

いつから人類は電気泳動の結果を見るためにエチブロとか高額な蛍光試薬とか目に悪そうなトランスイルミネーターとかが必要だと騙されていたんだろうか。
↓こんな感じで機器無しで肉眼&スマホカメラで確認可能(まだまだ脱色途中、もっと見やすく出来ると思います)な試薬&方法を発見しました。


↓購入したのはコレ。関東化学ビューアブルーステインKANTO(ViewaBlue Stain KANTO)製品番号44045-08

「学生実習に最適」とか書いてあります。
↓ここで買いました。6600円。
↓説明書

気になったポイントを箇条書きすると。
  • UVによる核酸損傷が無いのでゲルからの核酸回収にも最適
  • 先染めにも対応で迅速な検出も可能
  • 後染めは原液(感度5ng)。
  • 先染めはアガロースゲルおよび泳動溶液に1%になるように入れて実施、洗浄は必要無し(感度20ng)
  • 観察時は下から白色光を当てるのがオススメ
↓電気泳動後のゲル


↓染色液原液をドバドバ入れて10分ぐらい放置


↓染色液を取り除きます。ゲル全体が真っ青に染まってます。


↓水道水で脱色していきます。


↓バンドが出てきました(ちょろちょろ水道水流水放置15分、水換えて一晩放置後の写真です。もう少し脱色するとさらにバンドが見やすくなると思われます)。

※3本流していますが、ちなみに一番上は分解してしまったDNAラダーマーカー。説明書読んで無くて使い終わるたびに冷凍保存してたら綺麗に分解してしまいました。冷蔵保存すべきでした。

↓染色に使った溶液は適当な容器に入れて遮光冷蔵で何回でも使えます(まあ5回ぐらいで捨てるかな?)


これまで、エチブロ使って廃液処理が面倒だったり、トランスイルミネーターをDIYするものの性能がイマイチだったりとかいろいろと試行錯誤してきましたが、これでイイじゃん。
ただ一つデメリットがあります。この試薬を使う時はいつも使っている「かんてんクック」が使えませんでした。ゲル全体が染まってしまうのです。どうやら研究用のアガロースに比べて不純物が多いようです。
仕方ないので電気泳動用のアガロースを買いました↓

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Category:バイオハッカー用試薬

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2019.12.03

電気泳動したDNAの可視化用に電池2個で動作する505nm LED×10を並べた投光器をDIYしたんだけどうまく見えない
電気泳動したDNAの可視化用に電池2個で動作する505nm LED×10を並べた投光器をDIYしたんだけどうまく見えない

↑BTW


こんなの作りました。。


こんな感じで透明アクリルでDIYした電気泳動層で電気泳動しながらDNAの位置が確認出来る優れもののはずだったのですが。。。。う〜ん、全然見えない。明るさは十分だと思うのですがなんででしょう?


作り方メモです。部品代は500円ぐらいだけど秋月電子通商の通販で送料500円かかったから合計1000円かけたのになぁ。。。。


主要部品はこの10LEDドライバーです。これは優れもの!2個で100円。電池×2の3Vを37Vまで昇圧してLED×10を直列で光らせることが出来ます。オンセミコンダクター社CAT4238がチップの名前。


「1MHzの固定スイッチング周波数の動作により、小形のセラミックコンデンサとインダクタが使用できます。」とのこと。実はまったく意味が分かってません(笑)。


秋月のページからダウンロード出来る資料にのっている基本回路図はこんな感じ、昇圧前に4.7μF、昇圧後に0.22μFのセラミックコンデンサかまされているのは何となく必要性が分かる気がするけど「インダクタ」って何????何のために入ってるの?ダイオードは念のために入ってるだけで電池反対に入れない自信があるなら省略可能?

使ったその他のパーツは

どれも1個数十円。このインダクター、Facebookでイイねが300越えとか、高名なパーツなのかもしれんw

お願いだから抵抗を100本単位で売るのはやめてくれ。1本1円だから仕方ないけど。
自宅に使い残りの抵抗が95本×10種類ぐらいある気がする。誰か抵抗を使ったアート作品とか作っている人いないの?
今回はこのユニバーサル基板使ってます。ユニバーサル基板が部品で一番高いじゃないか。

LEDは505nmの青緑のコレです。以前から紹介しているようにこのLEDならエチブロの第2吸収波長を叩けるという作戦です。10個で100円
ぴかー!!!!!!うむ。素晴らしい!


表面です。一部表面に配線


裏面。汚いですが動けば良いんですよ。スイッチと電池ボックス設置してます。


しかしまるで使えなかったこの505nm投光器。どうしたもんでしょうかね。明るさが足りない?単独の点光源じゃないとうまく見えない?アクリルが吸収する波長ではないはずだし。。。。。

もうエチブロ諦めてお高い蛍光DNA可視化試薬買っちゃった方が安全でてっとり早いかな。う〜ん困った。
エチブロ代替品が本当に高いんだよね。1万円以下で買えるところが見つからない。。。。。
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Category:電気泳動装置

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2019.11.21

オールインワンの自宅DIYバイオキット「Bento Lab」の電気泳動槽&トランスイルミネーター性能を試す。
オールインワンの自宅DIYバイオキット「Bento Lab」の電気泳動槽&トランスイルミネーター性能を試す。

↑BTW


うちは完全DIYで電気泳動装置を作っちゃったのでBento Labの電気泳動装置は普段は使って無いのですが、せっかく高い金出して購入したので試してみました。こりゃ、よく出来てるなー。しかし色々と問題も


ゲルを作ります。最近は激安な中華電子天秤が優秀なので、水の添加量なども重さでチェックです。使用したものはRO水、10X TBEバッファー、1%アガロース(というか「かんてんクック」)。


最近、自室に設置した電子レンジに放り込んで200Wで溶かします。20年前から500Wだと突沸するし、200Wだと時間かかるし悩みの種。アガロースゲル溶液を突沸させずに溶かす良い方法って何ですかね?これはクッキングで寒天ゼリー作る時の悩みでもあるかもしれない。


溶けた後にDNA染色のためのエチブロを入れます。発がん性なので注意。目標濃度は0.5 μg/mLです。


Bento Labの電気泳動槽にコームをセットし、溶かしたエチブロ入りのアガロースゲルを流し込みます。


冷えた後にコームを外して出来上がり。空いたスペースはTBEバッファーに同様に0.5 μg/mLでエチブロを入れた溶液で満たします。およそ30mL程度必要。


今回はDNA分子量ラダーマーカーを流してみます。原液の濃度は50μg/500μLとのこと。


BentoLabにセットして電気泳動開始、BentoLabの操作に関しては後日、動画で紹介する予定です。


70Vで30分ほど流したところ。BentoLabはなんと50V〜100Vと10V単位で電圧を変えられます。回路設計の知識がある俺としては、頑張りすぎだろーと思う。だから当初の出荷予定から2年も遅れたんだろう(^^;


付属のオレンジのアクリルのフタを閉めて、Bneto LabのトランスイルミネーターをONにしてみたところ。素晴らしいことにBentoLabは電気泳動しながらDNAの電気泳動具合を可視化することが出来ます。
しかし・・・・・・・ん?うまく観察出来ないぞー


我が家で通常やっている方法に切り替えてみます。手持ちのダイクロイックフィルターで観察すると・・・・


ちょっと見えた!!!付属のオレンジのアクリルのフタは分厚いので見えにくくなっているのかも。


さらに、Bento Labの青色LEDを切って、いつも使っている緑色LEDで観察すると、さらによく観察出来ました。左から5μL、10μL、20μLです。それぞれ絶対量で0.5μg、1μg、2μg。ちょっと歪んでますね。BentoLabに付属のアガロースゲルにサンプル挿入場所を作るための「コーム」はぐにゃぐにゃしてるんだよね。あと、この英同窓の設計だと狭すぎて電流がまっすぐ流れず少し歪むのは仕方がないかもしれない。。。。。

Bento Lab付属の青色LED&オレンジのアクリル板はエチブロでDNAを可視化する用途には向いていないようです。

Bento Labの仕様を見るとトランスイルミネーターの青色光は468nmのLEDを使っているようです。

一方、我が家で通常使っている緑色のLEDは500-505nmです。
エチブロはメインの吸収波長が300nm台、第2吸収波長が518nmなのでBentoLabの468nmの青色LEDでは緑色LEDよりも励起されにくいことが予想されます。使っているダイクロイックフィルターは単に550nm以下の波長をカットしているだけなので手持ちのフィルターシートとBento Labもアクリル板で特性的な違いは少ないはず。単にアクリル板が分厚くて観察しにくくなっているだけかと思います。

さてどうしよう。BentoLabはよく出来ているので今後も使っていきたいのですが、選択肢は2つ
  • (1)468nmの青色LEDで励起されやすい染色試薬を新規購入する。
  • (2)手持ちのエチブロを今後も使う。この場合、BentoLabは電気泳動装置としてだけ使用し、トランスイルミネーターは自前の緑色LED懐中電灯を使用する。ただ、懐中電灯は点光源で少し観察しにくいので、多数のLEDを面状にならべた光源など新たにDIYしても良いかもしれません。
むー。
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Category:電気泳動装置

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2019.09.20

激安マグネティックスターラーを購入、安すぎてDIYするのがバカらしいわ
激安マグネティックスターラーを購入、安すぎてDIYするのがバカらしいわ

↑BTW


DIYで作ろうかと思ったんだけどAmazonで3000円で買えるじゃん。

使ってみたら何の問題も無いクオリティー、動画を見てもらえば分かりますが微妙な回転数調整も自由に出来ます。最低速が比較的早いのでもう少しゆっくり攪拌出来ると良かったかな?耐久性は不明です。

これは1700円


攪拌子買い忘れたーと思っていたら、良心的に本体に1つ付属してました。良心的!!!アヤシイ日本語で撹拌子(回転子)含んでいることが記載されていますね♪。

ちょっと失敗したなと思うのですが、7100円出すと380℃まで加温出来るマグネティックスターラーが買えます。
しまったー。これ1つで電気泳動のゲル作れるんじゃないか?電子レンジとかで溶かすのバカらしいぞ。買おうかな・・・・つか380℃ってスズ鋳造して遊べる?撹拌子が死ぬ?それ以前に重すぎて回らないか。
加熱出来るタイプは売り切れたようです。下記が似たような値段だけど温度表示無し

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Category:バイオハッカー用実験器具

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2019.07.04

自宅DIYバイオ研究者にも役立ちそうな「サイエンス系お役立ちメディアM-hub(エムハブ)」
自宅DIYバイオ研究者にも役立ちそうな「サイエンス系お役立ちメディアM-hub(エムハブ)」

↑BTW

本業のバイオ研究社にはおなじみのシグマアルドリッチ/メルクが運営しているサイトのようですが、「研究全般」「生物学」「化学」「分析」「水」のジャンル分けでDIYバイオ研究者にも役立ちそうな初心者向けの内容も多数。


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2019.04.05

自宅でのDIYバイオに最適なオールインワン実験装置「Bento Lab」がついに届いた!!!!PCR装置、電気泳動槽、トランスイルミネーター、遠心機完備
自宅でのDIYバイオに最適なオールインワン実験装置「Bento Lab」がついに届いた!!!!PCR装置、電気泳動槽、トランスイルミネーター、遠心機完備

↑BTW


出資から3年半、長かった。。。。。。。最初は2016年11月に到着予定だったのですが、2019年3月に届きました(^^;。まあ届いたから許す(笑)

しかしね、届いた機器は大変ハイクオリティーです(見た目は。まだ使ってみてない)。
↓箱


↓Bneto Bio in Londonとのこと。UKで組み立て


↓箱を開けたところ


↓Bnetoにこだわっているのかコスト削減か、4すみをゴムで止める方式。本体のクオリティーはかなり高いです。


↓フタを全部開けたところ、開閉ギミックもかなりのクオリティー


↓PCRするところ。32個同時に可能。これは0.2mLチューブサイズかな?


↓遠心機。6本の遠心が可能です。このサイズで13500rpmで8000xgの遠心分離が可能です。


↓本体左上の部分、本体部分がイルミネーターになっていて、取り外せる部分が電気泳動槽になっています。電気泳動層はケーブルがまきついています。


↓電気泳動槽の電源供給口が本体横にあります。ここのケーブルを刺すようです。


↓本体裏面、大きな放熱のための穴が開いています。


↓裏面の表記。シリアルもふってあります。非常に美的センスにこだわってる感じ。さすがイギリス人(?)


↓背面、電源ケーブルをさすところと何かの入出力出来そうな丸いインターフェースがあります。


↓電源アダプタ、BENTO LAB v1.2とあり、わざわざシリアル番号が振ってあります。出力は15V、9.6A。電気泳動槽の50〜120Vは再び昇圧しているんでしょうか?



↓おっと、UK式のアダプターかよー、今は日本式のアダプターへの変換端子が100円ショップにもあるので問題無いですが、ちとワナ。


↓同梱されている数枚の書類。色々と危ないよ表示と、周囲の環境が10〜35℃、湿度80%以下で使え、要は外で使うんじゃないぞとの注意書き。



↓箱には持つところがあり、このまま持って歩けます。


↓送付書類です。2016年にKicksterterで699ポンド出して出資してます。32 wellのPCR装置と13500rpmまで出せる遠心装置、電気泳動装置(50?120V)、青色LEDのトランスイルミネーター。発送のためのHSコードが書かれています。


↓ちなみに到着時に消費税4800円とられましたorz。

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2017.09.25

PCRした核酸を光じゃなくてpH変化で検出することが可能で、超小型のPCR&検出装置を作製可能
PCRした核酸を光じゃなくてpH変化で検出することが可能で、超小型のPCR&検出装置を作製可能

↑BTW

 特定の遺伝子が存在するかどうかを確認する方法としてPCR装置が使われてきました。この方法は自宅で出来るDIYバイオの代名詞として自宅用のPCR装置などが発表されています。しかしこれらのPCR装置で増幅した遺伝子はそのままでは確認することが出来ず、例えば「電気泳動」などの方法を使って増幅したDNA量をチェックする必要がありました。この電気泳動はゲルを作ったり、光学的に特定の波長の光を照射し観察したりとPCR反応以上に手間がかかりました。

 今回、イギリスの研究者が新しい方式のDNA定量法を用いてUSBメモリサイズの超小型PCR&分析装置が作れることを著名な学術雑誌Nature Methodに発表しています。この研究者らはPCR反応で核酸が取り込まれる際に生ずる水素イオンにより溶液が酸性化するのを検出することでPCR反応の情況、すなわちどれぐらい目的の遺伝子が含まれているかをモニター出来ることを報告しています。

 PCR反応は温度を制御するだけ、またpH測定も超小型の半導体で実現可能ですので、これを利用してHIVウイルスが存在するかどうかをUSBメモリサイズの装置で20分で確認出来るとのことです。

DIYバイオにも取り入れたいですね。下記でI2C接続のpHセンサーを18ドルで販売しています。


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2017.04.05

Kickstarterで資金調達したPCRのオールインワン装置「Bento Lab」、最初のロットを5月末に出荷出来る見込み
Kickstarterで資金調達したPCRのオールインワン装置「Bento Lab」、最初のロットを5月末に出荷出来る見込み

↑BTW

遺伝子分析(PCR)を行うための装置が一体となった「Bento Lab」プロジェクトの進捗がアップデートされました。最新の情報によりますと最初のロットが5月末に出荷され、注文を受けている全てのユニットが6月に発送可能とのことです。

私は本プロジェクトに出資してBento Labが届くのを心待ちにしているのですがやっと入手出来そうです。

Bento Labには32サンプル同時にPCR反応を行えるサーマルサイクラー、ゲル電気泳動装置、青色光イルミネーター、遠心機、チューブラックが搭載されています。


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2016.03.29

思い切ってオールインワン遺伝子分析装置セット「Bento Lab」に出資した!
思い切ってオールインワン遺伝子分析装置セット「Bento Lab」に出資した!

↑BTW


出資完了画面の画面のキャプチャ。現在、全世界で348人が出資

 先日紹介した自宅でのバイオ研究に最適なオールインワン遺伝子分析装置Bento_Labに思い切って出資してみました。日本への送料含め734ポンド(日本円で11万9000円)。高いよー(涙)、しかし、こんなクリエイティブで先鋭的なお金の使い方は人生でそうそう無いと思うんだよ。と自分を納得させ中。

 それなりに考えました。電気泳動槽は既に自作済みです。かかった費用は1万円程度、PCR装置は先日から行っている取り組みがうまくいっていないのですが、時間をかければ合計4万円程度で製作可能な装置と考えています。ちなみに完成したPCR装置を購入すると10万円程度、遠心機は25000円程度で購入可能です。Bento Labに含まれるこれら3種類の機器を完全に一から自分で自作しても5万円程度はかかると予想します。Bento Labは、これを11万9000円で売っていると計算。まあ悪くないかなと。

 注意してもらいたいのはBento Labへの11万9000円は「出資」であって「購入」では無いと言うこと、途中で計画が頓挫したクラウド・ファンディング・プロジェクトは多数あります。実は私は以前に2万円ほど出資したクラウド・ファウンディングで何も送られてこないというトラブルに出くわしているので少し怖い。

 もし、うまく届いたら全力でこのサイトで紹介するのでよろしく。

 今回の件で本サイトで目指しているバイオハッキング活動に対するお金の使い方を考えました。考えた結果、本サイトではこれからバイオハッキング月間活動資金を5000円と設定し運営していきます。これといったモノが無くても月額5000円、年間6万円はバイオハッキング、DIYバイオを目指す活動に使っていきます。今年1月から収支をしっかり記録するとして、、、とりあえず現在10万8000円の赤字(汗)↓

10万円って高いと思うのでこれらの装置を自作する試みも続けていきます。
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2016.03.25

自宅でのバイオ研究に最適!遺伝子解析(PCR分析)に必要な装置のセット「Bento Lab」がKickStarterに登場。
自宅でのバイオ研究に最適!遺伝子解析(PCR分析)に必要な装置のセット「Bento Lab」がKickStarterに登場。

↑BTW



電気泳動槽、PCR装置(サーマルサイクラー)、遠心器、トランスイルミネーターのキットが699ポンド(11万2000円)です。日本への送料は35ポンド(5600円)とのこと。装置は一体化されていて液晶画面でPCRの条件などを設定することが出来るようです。

また、149ポンド(24000円)の「スターターキット」というのもあり、これには

が含まれているそうです。何のプライマー(どの遺伝子を調べることが出来るのか)が付属しているのか不明ですね。また、DNA検出のためのLEDは468nmを用いているようです。これは何のDNA染色試薬を使用することを想定しているのでしょうか?
サーマルサイクラーに関しては10万円を切るような装置がありますが、遠心器トランスイルミネーター電気泳動槽(俺は自分で作ったけど)は安価な製品が知られていないので、必要なモノを自分で揃えるよりは明らかに安く済むね。お届けは2016年10月予定と少し遅め。

ちょっとまとまった出費で痛いけど買ってみようかな。


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Category:バイオハッカー用実験器具

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2016.02.23

PCR反応や各種インキュベーション用に利用出来るかも!ペルチェ温度コントローラーVPE20-30Sをテスト
PCR反応や各種インキュベーション用に利用出来るかも!ペルチェ温度コントローラーVPE20-30Sをテスト

↑BTW



DNAを電気泳動する部分は確立出来たので、次はPCR反応をどうにかしないといけません。OpenPCRとか比較的安い装置もあるけど、安価?安いといっても10万円近く。高すぎだろ。私の感覚ではPCRしてDNA分析を趣味で楽しむとしたら、PCR装置自体は3万円ぐらいでどうにかしたい気分です。

そんなケチケチ精神で以前に38000円で購入していたペルチェ温度コントローラーを試してみました。

この装置は写真の金属部分の温度をペルチェ素子を使って?20℃〜110℃まで制御可能です。

↓実際に温度制御しているところの動画


PCR反応には94℃→60℃→74℃といった温度変化を30回ぐらい繰り返さないといけません。動画では25℃設定→60℃設定→94℃設定→4℃設定と変えて試しています。

25℃→60℃に上昇する時
30秒で50℃まで上昇、58℃になるのに1分、58→60℃に1分かかっています。他の温度変化も似たようなものでした。どうも装置が60℃ぴったりで上昇を止めるために設定温度に近づくと過熱をゆるやかにしているように見えます。

この装置はRS-232Cでパソコンから制御出来るそうなので、たとえば60℃に設定したい時でも80℃に設定して、59℃ぐらいになったら設定を実際に60℃にする等の細工をすれば1分以内に目的温度に移行出来そうです。PCRに使えそうな気がしてきました。

とりあえず大変だけど手動制御で30サイクル(温度変更90回かぁ)温度を変更してPCRしてみるか(汗)

ペルチェを使えば、簡単なウォーターバスや、ちょっとした?20℃保管庫なども作れそうですね。現在、いくつかの試薬を自宅の冷凍庫と冷蔵庫に入れていてツマに不評なので自室に保管庫が欲しいところです。


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Category:バイオハッカー用実験器具

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2016.02.16

かんてんクックと自作電気泳動槽でDNA検出その2(かなり改善)
かんてんクックと自作電気泳動槽でDNA検出その2(かなり改善)

↑BTW

↓青緑LEDを下から照射した方が見えやすいことが分かった。



電気泳動槽を透明なアクリルで作っているので泳動中にもDNAを検出可能ですね。LEDを買ってきて、泳動槽の下から均一に照射する装置を自作しようかと思います。

↓また、0.01gまで測定出来るデジタルスケールを買ってきたところ、これまではアガロース(かんてんクック)を入れ過ぎていたことが分かりました。正確に1%分になるようにかんてんクックを入れて、低出力で動かせる電子レンジで200Wで溶かして固めると泡の無い均一なゲルが出来ました。

↓現在の泳動像、上のバンドが分子量マーカー20μL(2μg)分、下が10μL(1μg)分です。下記の像は泳動を初めて45分経過したところ、この分子量マーカーは100-1500bp(100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1500)、濃いバンドが500 bpのようです。イマイチ分解能が悪い感じもします。電気泳動槽の電圧が50Vと非力なせいでしょうか?


しかし、前回に比べると遙かにクッキリです!
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Category:電気泳動装置

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2016.01.18

普通に購入可能な青緑LEDとダイクロイックフィルターでついに電気泳動したDNAの検出に成功!
普通に購入可能な青緑LEDとダイクロイックフィルターでついに電気泳動したDNAの検出に成功!

↑BTW

↓DNAがオレンジ色にバーコード状に見えます。かんてんクックで作った分析用ゲルに気泡がたくさん入っていて少し見にくいです。改善が必要。


キター!!!!!ついにアガロースゲル電気泳動したDNAを一般の人が入手可能な物だけを使い検出することに成功しました。

これまでの概要。
 これまでにアクリル板と電源ユニットで自作のDNA電気泳動装置を作り、食品用の「かんてんクック」で作ったゲルに、DNA分子量マーカー(専門品)を流し、含まれている色素が動くのを観察しました。今回、ゲルにEtBr(エチジウムブロマイド)を加え、EtBrの518nmの第2吸収波長を使い505nm(青緑)のLEDを照射しSC-56という550nm以下の光をカットするダイクロイックフィルターを併用することで励起光を検出することに成功しました。

↓購入した富士フイルム製SC-56ってフィルター。かなり品薄な感じ。富士フイルムは写真ビジネスが下火になって医薬品とかに活路を見出そうと頑張っているけど、こういう重要なフィルムの供給きちんとしろよー。
上記はAmazonだけど、ヨドバシカメラのカメラの通販で買いました。

↓フィルムの中身。


505nmのLEDライト

かなりまぶしいです。

↓かんてんクック1%、エチジウムブロマイド0.5μg/mLを入れてTBE緩衝液で作ったゲルにDNA分子量マーカーを20μL(かなり大量)に加え、10分程度電気泳動したところ。肉眼で確認。


↓部屋の電気を消して505nmのLEDライトで観察。フィルター無しでは何も見えません。


↓カメラのレンズにテープでSC-56フィルターを付けて撮影。キター!!!!!!!!、含まれているDNAがオレンジ色に見えました。



↓30分程度経過したところ、ラダー(階段)状にサイズの異なるDNAが分離していきます。


↓1時間程度経過したところ。さらに分離していきます。


●今後の予定、課題
 観察可能になりましたので、次は実際にPCR反応を行いDNA解析にチャレンジしたい。ただ、今回DNAを観察成功しましたが、研究室で観察した場合と比較するとかなり見えにくいです。まず、かんてんクックで作ったゲルが粘性が高いのか気泡満載でゲルの上部に気泡があり見えにくくなっています。気泡が無ければかなり実用的レベルかと。何か工夫を考えたい。

 あと、使用している電液泳動槽がちょっとだけ水漏れしているっぽいので修復が必要。フィルターをテープでカメラに固定しているのが美しくないのでどうにかしたい。

 使用するEtBt量は極めて微量なので実際は問題無いとは思いますが、一応使い終わったEtBrゴミは屋外で日光に当てて分解&乾燥させる予定です。ほぼ体積は無くなるはずで廃棄の必要は今のところ無いと予想

 現在使っているLEDライトは観察時にムラがあるのでやはり均一に光を照射出来る光源を作りたい。今回、電気泳動槽を透明な素材で作っているので電気泳動槽の下面に設置してそのまま観察することが可能かもしれません。
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Category:電気泳動装置

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2015.11.25

電気泳動したDNAを観察するための紫外線照射装置(UVトランスイルミネーター)をどう調達するか
[[電気泳動]]したDNAを観察するための紫外線照射装置(UVトランスイルミネーター)をどう調達するか

↑BTW

自作の電気泳動槽は問題なく動いているみたいなので実際にDNAを電気泳動し観察してみたいと思います。それには「UVトランスイルミネーター」と呼ばれる装置が必要です。

Amazonでは10万円程度で買えるみたい。

ただし、紫外線を出すだけでこの値段は高いだろ。

●プラン1:紫外線で励起

395nm紫外線LEDで良ければ懐中電灯タイプが安くあります。
しかし、EtBrの励起波長は紫外線の中でもUV-B付近の300nmをピークのようで、紫外線LEDのラインナップの豊富な400nm前後(UV-A)は効率悪そう。

●プラン2:可視光で励起
↓65000円のLEDを使ったイルミネーターもあるのですが
この製品は紫外線を使って折らず、青緑LEDの可視光のみを使い、フィルターで長波長側をカットして使用しちえるようです。
EtBr(エチジウムブロマイド)には518nm(青色付近)の第2吸収波長があるとのこと。どうやら505nm(シアン)のLEDで励起可能みたいです。そして富士フイルムのSC-56って550nm以下をカットするフィルターを使用すると良いらしいです。

とりあえず505nm LEDを使った下記ハンディライトでも買ってみるか
自分で作るならLED1つが50円SC-56フィルターはAmazonで売ってる。この方針で行こうと思います。

以下参考

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Category:電気泳動装置

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2015.11.25

電気泳動したDNAを観察するための紫外線照射装置(UVトランスイルミネーター)をどう調達するか
[[電気泳動]]したDNAを観察するための紫外線照射装置(UVトランスイルミネーター)をどう調達するか

↑BTW

自作の電気泳動槽は問題なく動いているみたいなので実際にDNAを電気泳動し観察してみたいと思います。それには「UVトランスイルミネーター」と呼ばれる装置が必要です。

Amazonでは10万円程度で買えるみたい。

ただし、紫外線を出すだけでこの値段は高いだろ。

●プラン1:紫外線で励起

395nm紫外線LEDで良ければ懐中電灯タイプが安くあります。
しかし、EtBrの励起波長は紫外線の中でもUV-B付近の300nmをピークのようで、紫外線LEDのラインナップの豊富な400nm前後(UV-A)は効率悪そう。

●プラン2:可視光で励起
↓65000円のLEDを使ったイルミネーターもあるのですが
この製品は紫外線を使って折らず、青緑LEDの可視光のみを使い、フィルターで長波長側をカットして使用しちえるようです。
EtBr(エチジウムブロマイド)には518nm(青色付近)の第2吸収波長があるとのこと。どうやら505nm(シアン)のLEDで励起可能みたいです。そして富士フイルムのSC-56って550nm以下をカットするフィルターを使用すると良いらしいです。

とりあえず505nm LEDを使った下記ハンディライトでも買ってみるか
自分で作るならLED1つが50円SC-56フィルターはAmazonで売ってる。この方針で行こうと思います。

以下参考

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Category:電気泳動装置

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2015.11.19

自作の電気泳動装置&かんてんクックでDNA電気泳動してみるテスト(DNAそのものの観察はまだ)
自作の電気泳動装置&かんてんクックでDNA電気泳動してみるテスト(DNAそのものの観察はまだ)

↑BTW


やっと自作電気泳動装置が完成して通電していることは確認出来たので↓

実際にアガロースゲルを作製して、分子量マーカーを電気泳動してみました。エチブロは買ってあるけどUVランプなどは入手していないのでDNA分子量マーカーの色素が動くのをとりあえず確認しようという作戦。
↓研究用のアガロースがすごく高かったので食品用の「かんてんクック」で試してみることにしました(笑)

↓1%濃度でTBE緩衝液に溶かしパイレックスのガラス瓶に入れて家庭用レンジで溶かしたところ、研究用のアガロースと異なり、上半分がアワアワになってしまいます。あと全体的に着色している感じ。予想すると研究用のアガロースと比べて粘度が高い感じ。しつこく電子レンジで温め、静置しておいたら完全に透明になりました。


以前にアクリル板で作製したゲルトレイに流し込み固めます。写真は固まった後。着色しているのが分かると思います。これぐらいの透明度なら問題無いかな?

↓電気泳動槽の真ん中におき、TBE緩衝液を注ぎます。

↓DNA分子量マーカーは以前に購入したものを使用。

↓ゲルに適当に爪楊枝で穴をあけ、DNA分子量マーカーを流し込みます。

準備オッケー、電圧をかけます。

↓10分後。おぉ、色素がシフトしていく、いけそうです。

↓20分後

↓40分後

↓60分後


いけそうなので次にUV照射装置を作製しようと思います。今時ならUV波長のLEDでいけるのかな?
たまたま電気泳動槽を透明アクリル板で作ったので泳動槽の下から照射出来たら観察が便利そうです。アクリルはかなり紫外線を吸収すると聞くから無理かな?
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Category:電気泳動装置

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2015.10.22

PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中(その3)実際に電流を流してみた
PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中(その3)実際に電流を流してみた

↑BTW

お金をケチって作っている自作電気泳動装置をコンセントにつなぎ電流を流してみました。いけそうです。
↓過去の内容

作成した電気泳動槽にDNA電気泳動用のTBE緩衝液(塩水で良い気もしますが、買ってあったので)を入れて
電源ユニットをコンセントに差してみたところ・・・
おぉ、ステンレス電極に電気分解の結果と思われる気泡が現れました。

↓動画


テスターで測定するとかかっている電圧は48V程度

↓電流は30mA。


ほぼ電源ユニットのカタログスペック通りです。
合わせて1.5W程度の電力です。水道水を入れた場合はほとんど電流が流れなかったので、ある程度の塩濃度が必要と思われます。いずれは効果な研究試薬の緩衝液に代えて台所の塩とかで代用したいです。

次は実際にDNAの電気泳動してみます。
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Category:電気泳動装置

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2015.10.13

PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中(その2)
PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中(その2)

↑BTW



使用したのは前回から作製中の電気泳動槽

と、買ってあった100V(AC)→50V(DC)ユニット変換器↓必須では無いかもしれませんが感電が怖いのでアクリル製の蝶番板を使いフタを付けました

↓電極はずっと悩んでいたのですが、市販の電気泳動槽に使われている白金(プラチナ)のワイヤーは高すぎるのでステンレスで代用。電気分解されて腐食していくと思われますので、簡単に交換出来るようにしました。


↓電源ユニット部分、AC100V側にコンセント差し込み口を付け、DC50V側はとりあえずみのむしクリップで挟んで固定するようにしました。


さて、うまく動作するでしょうか。動作もそうですが、AC100Vを使うと感電がちょっと怖いです。うまく動作するようなら電極むき出しの部分にカバーしてスイッチや、付けっぱなし防止のタイマーなど付けようと思います。
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Category:電気泳動装置

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2015.09.09

PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中
PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽を自作中

↑BTW

↓完成したところ


最近、RapberryPiという小型パソコンで遊びつつ(管理人の別サイト)、PCR後のDNAを分析するための電気泳動槽の自作を行っています。電気泳動槽は普通に購入出来ますがちょっと高いし、構造も簡単なのでチャレンジ。

↓市販の電気泳動槽、およそ3万円ぐらい(参考)

アズワン ジーニアス小型電気泳動装置 2-6704-01(楽天)

形やサイズは市販の電気泳動槽とほぼ同じサイズに作りました。素材はホームセンターで買ってきた2mm厚の透明アクリル板をアクリルカッターで以下のサイズに切っていきます。
サイズ枚数
パーツ113cm×5cm×2
パーツ212.4cm×5cm×2
パーツ312.4m×3.7cm×2
パーツ412cm×2cm×2
パーツ512cm×6.4cm×1

↓設計図(分かりにくいかも(笑))


↓パーツができあがったところ、水漏れの心配があるので各パーツは1mm以下の誤差になるようにヤスリを使って丁寧に断面を滑らかに垂直に仕上げます。


↓剥がし易いテープで借り止めしてアクリル用の溶着剤(アクリルサンデーとか)で固定していきます。アクリルを材料に選んだのは専用の溶着剤がアクリルを溶かして強固に接着するので水漏れに強いからです。


↓完成したところ、水を入れてみて水漏れが無いことを確認します。


ここまでの材料費は2000円ぐらいでしょうか。次に電気泳動部分を作っていきます。
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Category:電気泳動装置

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2015.05.27

デアゴスティーニが「週刊・自宅で遺伝子解析セット」を創刊してくれれば世界のバイオハック文化の歴史の金字塔になるだろう
デアゴスティーニが「週刊・自宅で遺伝子解析セット」を創刊してくれれば世界のバイオハック文化の歴史の金字塔になるだろう

↑BTW



「週刊××」という1年程度をかけて何かを成し遂げるタイプの雑誌を発行しているデアゴスティーニ社が新しい雑誌のアイデアを募集しています。

 以前から思っていたのですが、「自宅で遺伝子解析セット」は、まさにデアゴスティーニにぴったりの企画ではないでしょうか。既に出版されているデアゴスティーニの企画をいくつか見たところ多くの企画は合計金額が10万円前後のものが多いように思います。

(デアゴスティーニの企画の例)
 私の試算によると自宅で遺伝子診断をするために必要な機材、試薬の合計は市販品を購入した場合でも10万円ちょっとぐらいでしょうか。それぞれの機器は非常に簡単な構造ですので原価で考えるともっと安くオリジナル機器を作製することも可能なはずです。必要なものをリストアップすると

  • DNA可視化照明装置(トランスイルミネーター)5000円程度の材料費で作製可能
  • DNA電気泳動装置1万円程度の材料費で作製可能
  • サーマルサイクラー(PCR装置)6万円程度のオープンソース機器が存在、材料費を考えるともっと安く作製可能
  • DNA抽出試薬(100回分で数千円)
  • PCR用試薬(ポリメラーゼ、プライマー)(100回分で1万円)
  • 電気泳動用試薬(ゲル、分子量マーカー)(100回分で1万円)
  • 各種使い捨て小道具(マイクロピペット、チューブなど)(1本1万円程度の安価なマイクロピペットが存在)
 デアゴスティーニの企画で作るモノの多くはデアゴスティーニで揃えなくても一括で購入出来るものも多いですが、「自宅で遺伝子診断セット」は今のところ、独自に必要機材・試薬をそろえるのは難しいため、自宅で遺伝子解析をしたい人にとって唯一の方法となりえます。

 このサイトを見ている人なら、週刊「自宅で遺伝子解析セット」なんてあったら間違いなく購読しますよね?多くの人が投稿すればデアゴスティーニもニーズを分かってくれるかも。ぜひ応募してみてください。採用された場合、総額100万円の賞金も出るようですよ。(※当サイトはこのアイデアの権利を一切主張しませんので皆さんのアイデアとしてどうぞ)


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2015.05.20

東京・四谷三丁目のサイエンスバー「インキュベーター」。店内で遺伝子解析可能。普通は直接購入出来ない実験機器・試薬の取り寄せもOK。
東京・四谷三丁目のサイエンスバー「インキュベーター」。店内で遺伝子解析可能。普通は直接購入出来ない実験機器・試薬の取り寄せもOK。

↑BTW


 ちょっとした科学グッズを集めたカフェや施設はたまにありますが、このバーは非常に本格的です。バイオ研究に必要な超純水製造装置を店内に備え、DNA分析のためのPCR装置や電気泳動槽完備。ピペットマンの取り扱いコンテストまでやってます。

 まさにバイオハッカーのためのスペース。しかもバーの業態で運営しているのは世界でここだけではないでしょうか?そんなレアな店が東京四谷三丁目駅近くにあります。

↓店の入り口。すごく良い感じの飲み屋街の中にあります。入り口はガラス張りで外から中が少し見えるのですが、興味深そうに中をのぞき込むお客さん多数。


↓店内。白衣を着て飲んでいるお客さんがいました。店内には各種白衣(高価なブランドモノの白衣まで!)が揃えてあり、試着、着用して飲むことも出来ます。白衣に興奮する人にはたまらない?(笑)。


驚いたのはオシャレな服を販売しているBEAMSがBEAMS MEDICALという会社で素敵な白衣を販売していることです。

↓お通し。分かる人に分かるイカレタお通しです。50mLサイズの使い捨て実験用チューブの中に干しイチジク、箸が置かれているのはよく実験に使用する使い捨てチューブです。


↓白ワインと赤ワインの飲み比べセットを頼んでみました。試験管に入っており、飲むのは小さなビーカーです。店主の野村さんはプライベートでもワインを趣味の一つにしているそうで、中に入っているそれぞれのワインも外れが無く全て美味しいワインでした。店のオリジナルワインもあり。単なる飲み屋としてもGOODです!


↓酒のつまみはアルコールランプで、仕事場や大学の研究室でやると怒られますが、このバーなら思う存分やることが出来ます。干物各種あり、盛り合わせを頼みましたがエイヒレが良かったです。

↓このとろけ落ちる寸前の状態のチーズは絶品です。刺している竹串が焼け落ちやすいので注意が必要。


↓メニューの説明もサイエンスバーらしい記述となっています。フリーズド・サングリアの説明は「凍結により細胞壁を破壊した果実を使用」となっています。


↓店の内装、壁掛けディスプレイに表示されているのは何のマップでしょう????


↓本物の顕微鏡が何台も設置してあり、様々な標本を観察出来ます。


↓ピペット操作コンテストにチャレンジ可能。プロの部とアマの部があります。


↓高価なPCR装置(サーマルサイクラー)が無造作に置いてあると思ったら。。。。。。


↓遺伝子占いだと!!!!!!、ドーパミン遺伝子とセロトニン遺伝子の遺伝子型をチェックし「心のブレーキ」「心のアクセル」を反映する占いとして結果を教えてくれるサービスを行っています。綿棒で口の中の裏側をこすってとれた細胞を渡すだけ。分析結果はEメールまたは次回入店時にお知らせ。


↓店主の野村さん。白衣を着て接客です。大学で医療機器の研究をされていたとのこと。


↓飲み物を頼むと「グラスとビーカーとどちらにしますか?」と聞かれました。もちろんビーカーでしょう。


↓イチゴのDNAドリンク。イチゴには大量の種がありますが、種の中に大量のDNAを含んでいます。砕いたイチゴにアルコールを注ぐとDNAが白いモヤとなって現れ、アルコールドリンクとして美味しく頂けます。

イチゴからのDNA抽出に関しては下記記事で紹介しています。
↓店内にはサイエンスに関する様々な本と合わせて、一般の人が直接買うことが出来ない研究機関、教育機関向けのカタログも。なんと、この店からこれらの品を取り寄せ買うことがが出来るそうです。

↓遺伝子組み換えキットも購入可能。他にも自分で買って楽しみたくなるような様々なキットがリストされていました。一歩レベルの高い子供の自由研究に使えそうなキットも多数。


 非常に貴重な存在のお店です。お店では定期的に研究者とのトークイベントを開催したりしているそうです。また、今後、様々なイベントを開催していきたいとのこと。

 また、一般の人が直接購入出来ない実験機器、試薬を取り寄せてくれる点も大きいです。私も色々な品の購入をお願いしたいと思っています。


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2015.02.26

DNA電気泳動槽作製用のAC100V→DC50V電源ユニットを購入。2000円弱で購入可能。
DNA電気泳動槽作製用のAC100V→DC50V電源ユニットを購入。2000円弱で購入可能。

↑BTW


 先日からDNA電気泳動用のアガロース電気泳動装置作製に取り組んでいます。ロンザというDNA電気泳動槽を販売するメーカーの技術情報を見ると1cmあたり4〜10Vの電圧をかけるべしと書いてあります。

前回、作製したゲル作製用トレイは長さ6cmですので、電極間の長さを9cmにするとしても最低でも36V、最大で90Vの電圧が必要です。研究室で使われている電気泳動槽は一般的に50Vと100Vの切り替えが出来ますので今回は安全も考えて50Vで電気泳動をすることとしました。

 電源の確保は別のサイトでも質問して検討しましたが結局、RSコンポーネンツという通販サイトで販売されていた「内蔵型スイッチング電源、出力電圧48V、出力電流0.313A」カタログナンバー413-627という製品を購入しました。2000円弱でした。
↓箱

↓電極部分。左からAC電極(1)と(2)、アース、DC(-)とDC(+)、一番右は電圧調整ボリュームでしょうか?


電源ユニットの他の候補としては以下の2つがありました。
また、メールで四国在住の方から情報をもらったのですが、12V蓄電池を4つ並べて使う方法もあるようです。
研究室で一般的に使われている電気泳動槽を分解した人によると中はかなり簡易的な回路になっていたそうです。
今回購入した電源ユニットで電気泳動槽の作製を試みてみます。
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Category:電気泳動装置

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2015.02.12

DNA電気泳動のためのアガロース(寒天)を購入、電気泳動のためのゲル作成用トレイを自作
DNA電気泳動のためのアガロース(寒天)を購入、電気泳動のためのゲル作成用トレイを自作

↑BTW

 遺伝子診断などで増幅したDNAはアガロース電気泳動という手法で分離して観察します。DNA電気泳動用の専用アガロースはとても高かったので、とりあえず食品用のアガロース(寒天)で代用してみる予定です。↓問題無いと思うんだけどどうでしょうか。


 次にアガロースゲルを固めるためのトレイを自作しました。使用したのは3mm厚のアクリル板。ホームセンターで透明の板を購入しました。アクリル板は「アクリルサンデー」などの名前で販売されている有機溶媒で融着(溶かして接着)出来るので強度も十分得られ、水漏れの心配が無い加工が可能です。

↓必要なサイズにマジックで書いて、アクリルカッターで切っていきます。切断面はまっすぐになっていないので100円ショップで購入したヤスリで磨いて平らにします。


↓完成


↓二つを重ねたこのような状態でゲルを流し込み、上部のみを外してDNA電気泳動に使う予定です。


今回作製したサイズはバイオな研究室ではおなじみのMupidというDNA電気泳動槽のトレイの「ゲルトレイS」と同一サイズになっています。底サイズが52mm×60mm。

これからDNAを注ぎ込む穴を作る通称「コーム」も自作せねば。金も無いし、電気泳動時の電気泳動槽も自作してみる予定です。
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Category:電気泳動装置

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2015.01.23

今年こそ自宅遺伝子診断やるぞ!DNA電気泳動用のTBE緩衝液とDNA分子量マーカーを購入
今年こそ自宅遺伝子診断やるぞ!DNA電気泳動用のTBE緩衝液とDNA分子量マーカーを購入

↑BTW

今年こそは自宅遺伝子診断を実現しようと頑張っています。PCR反応で増やしたDNAの量を確認するための「アガロース電気泳動」に必要な試薬2つです。



購入したのはDNA染色用のエチジウムブロマイドを購入したのと同じテックジャムです。

購入したのは下記の2つ
電気泳動用の緩衝液としてはよりコストパフォーマンスの良い「50xTAE」も販売されていましたが(1リットルで13133円)
初期コストを下げたかったので、10xTBE緩衝液を購入しました(1リットルで6669円)。電気泳動槽はまだ準備しておらず1回の電気泳動にどれぐらい使用するか未定ですが1回200ml使用したとして、50回分になります。TAE緩衝液とTBE緩衝液の違いは下記に記述があり、TBE緩衝液の方がDNAのバンドがくっきり見えるそうです。DNA分子量マーカーは100bp単位で11本のバンドが含まれているもので可視光で見える色素も含まれており使い勝手が良さそうです。(50μg/500μlで4925円、およそ50回分でしょうか)

DNAの電気泳動をするにはアガロースが必要ですが、高純度に精製された商品は100gで14364円と高かったので、食品用の寒天で代用出来ないか試してみようと思ってます(笑)

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Category:電気泳動装置

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2014.12.17

遺伝子チェックに必要な機器を安価に提供するプロジェクト「miniPCR.com」がKickStarterで資金調達に成功。599ドルでPCR装置を販売開始
遺伝子チェックに必要な機器を安価に提供するプロジェクト「miniPCR.com」がKickStarterで資金調達に成功。599ドルでPCR装置を販売開始

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 「miniPCR」という8本のチューブを同時にPCR可能な小型のサーマルサイクラー(PCR装置)に加えて、DNAを取り扱うマイクロピペット、増幅したPCRを確認するための電気泳動装置を合わせて「DNA Discovery System」としています。KickStarterではサーマルサイクラーのみを399ドル〜、全てセットになったDNA Discovery Systemを549ドル〜で購入出来る権利で出資を募集していましたが資金調達に成功しオフィシャルページでPCR装置を599ドルで販売開始しています。FAQを見ると海外にも発送可能のようですが送料等は問い合わせてくださいとのことです。

 また機械を制御するWindows用とMac OS用のソフトウェアが無料ダウンロード出来ます。Android版のアプリケーションも公開間近とのことです。サーマルサイクラー(PCR装置)は色々な選択肢が揃ってきましたね。


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Category:バイオハッカー用実験器具

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2014.11.05

東京飯田橋駅前にあるリバネス社のバイオ研究用ラボスペースを見せてもらった
東京飯田橋駅前にあるリバネス社のバイオ研究用ラボスペースを見せてもらった

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 リバネス社は、日本のバイオ研究をサポート・拡大を目指す活動している日本の企業です。先日、紹介したバイオサイエンスグランプリなどに加え、安価なサーマルサイクラーの自作キット「MakersToyPCR」を販売していたり、子供向けのバイオ教室なども開催しています。また、一般の人がバイオ研究を行うことの出来るラボスペースを東京飯田橋の同社知識創業研究センターに設置しています。

 今回、訪問してラボを見せてもらうことが出来ました。似たようなバイオ研究のラボスペースは海外でも知られており注目されています。たとえば以前紹介したアメリカ東海岸のGENSPACEやアメリカ西海岸のBioCuriousなどが有名です。

 入り口、東京飯田橋の駅前にあります。看板発見!「Leave a Nest」で「リバネス」です。知らないと読めないかもしれません。


 案内してくれたのは研究戦略開発事業部の高橋宏之さん。左手前にあるのはリバネス社で販売しているOpenPCRです。リバネス社では海外で販売されているOpenPCRを国内向けに販売しています。


 多数の機器が揃っています。CO2インキュベーターや冷蔵庫、冷凍庫、滅菌用のオートクレーブなどが複数台ありました。バイオラボの広さは100平方メートルぐらいでしょうか。とても広いです。リバネス社では小学生から参加出来る月額1万円の「ディスカバリー研究所」というカリキュラムをやっていて、休日にはこのスペースでカリキュラムに参加する人達がバイオ実験を行っているそうです。このコースに申し込めば月に2回、2時間程度、白衣を着てバイオ実験を体験することが出来ます。リバネス社ではラボスペースのさらなる活用を進めておりバイオ実験に興味がある大人が自由に利用出来るプランを計画中とのことでした。


 机の上、小物も含めて一通りのバイオ実験が可能な装置が揃っています。電気泳動したゲルを確認するためのUVトランスイルミネーター、多数のマイクロピペット、DNA電気泳動用の泳動槽、溶液を攪拌するためのボルテックスミキサーが見えます。奥の棚には必要な試薬が揃っていました。


 無菌操作用のクリーンベンチです。動物細胞、植物細胞、各種菌類などを取り扱えます。このバイオラボは「P1」という規格の実験が出来るようになっています。

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Category:ビジネス・ベンチャー

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2014.09.25

自宅実験室の立ち上げから様々な実験方法を解説したDIYバイオ本「Illustrated Guide to Home Biology Experiments」を購入
自宅実験室の立ち上げから様々な実験方法を解説したDIYバイオ本「Illustrated Guide to Home Biology Experiments」を購入

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 英語の本になりますが、オライリー社から素敵な本が販売されています。Kindle版なら日本のAmazon.co.jpで1700円ほどで購入可能。私のように紙の本が欲しい人はamazon.comから直接通販可能です。本体2400円ほど、送料が600円ほどです。10日ぐらいで届きました。

 全355ページに図解入りでぎっしりと説明が書かれていてDIYバイオユーザーなら一冊持っておきたい感じの本です。

目次の日本語訳は以下のようになります。

↓DNAの電気泳動を行うための電源は9V電池を5個並べて使うという目からウロコの力業っぷりです!

↓組織標本をスライドガラスに固定して染色する説明ページ



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Category:未分類

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2014.09.17

今後のバイオハッキングの進め方と自宅でやってみたいバイオ研究
今後のバイオハッキングの進め方と自宅でやってみたいバイオ研究

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個人的な話ですが、まずは王道として

を行います。実現させるためにさらに準備する必要がある事として
  • PCR装置の購入
  • 電気泳動装置の購入
  • 電気泳動したバンドの撮影装置の作製
  • ピペットマン他、研究に必要な小物購入
があります。
PCRが自宅で可能になった後は、王道ではありますが、自分のアルコール分解遺伝子を調べてみようと思います(プライマーは購入済み)、その他にPCRを利用して
  • 風邪を引いた時に何に感染しているのかを調べる。
  • 食品の遺伝子を調べる
などをやってみたいと思っています。
その後は他に
  • 自宅でミドリムシを大量生産
  • 自宅でバイオ燃料生産
  • 自分で抗体(医薬)を生産
  • ペニシリンを自分で作る
  • 水槽の水質を自分でチェック
  • 植物の品種改良
  • エボラ出血熱などのワクチンが存在しない感染症のワクチンを自分で生産
など、今思いついた事を並べただけですが、こういった事を実現させたいなと思っています。これらは比較的簡単で倫理的にも問題が無く自宅でもその気になれば実現出来るのではないかと思っています。
合成生物学を行うのはバイオハッキングの夢ではありますが、ちょっと敷居が高くて自宅で実現するまでの道のりが見えないと感じます。
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Category:コラム

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2014.09.09

DIYバイオスペースを作るための情報共有を目的とした日本人主体のFacebookグループ「DIY/Hacking to the Biology!」が誕生
DIYバイオスペースを作るための情報共有を目的とした日本人主体のFacebookグループ「DIY/Hacking to the Biology!」が誕生

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 先日、当サイトの掲示板で設立の話が出ていました。Facebookグループの説明文としては
DIYバイオスペースを作る為の情報共有を行いたいと思います。その為にはバイオのみならずファブラボの方の視点も一般の方の視点も必要としています。ラボ設立の定義の討論や周辺機器の討論などをしていきたいと考えています。
となっております。グループ内では自作で電気泳動装置を作成する手法などのトピックスが話し合われていました。


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Category:バイオハッカー団体・コミュニティー

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2014.08.28

筑波のバイオベンチャー「株式会社リーゾ」がDNA抽出試薬やPCR用試薬等をAmazon.co.jpで通信販売中
筑波のバイオベンチャー「株式会社リーゾ」がDNA抽出試薬やPCR用試薬等をAmazon.co.jpで通信販売中

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 株式会社リーゾは筑波に拠点を構えるバイオベンチャーです。ゲノム研究の経験のある女性研究者が主体となって運営されており、Amazon.co.jpで何種類かの遺伝子研究用試薬を販売しています。以下に販売品の例をいくつか示します。

 リーゾの代表である門奈様には、無理にお願いしてPCR用試薬の「5xPCRすいすい」のAmazonでの販売を開始してもらいました。ありがとうございました。
 株式会社リーゾでは研究機関で働いてみたい主婦を対象に、実験補助者として採用されるためのノウハウ、基本的な知識とスキルを教える講座等も行っているようです。


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Category:バイオハッカー用試薬

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2014.07.08

DNA染色試薬「エチジウム・ブロマイド」は日本国内通販で普通に購入することが出来る。
DNA染色試薬「エチジウム・ブロマイド」は日本国内通販で普通に購入することが出来る。

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 PCRで増幅したDNAの量を観察するためにはDNAを可視化するための色素を使用する必要があります。最も一般的に使用されているエチジウム・ブロマイドは有害物質のため、手に入りにくいだろうと海外の通販サイトばかり探していましたが、国内で購入出来るサイトを発見しました。販売していたのは「技術者ポータルサイトを目指して〜株式会社テックジャム」

購入したのは電気泳動用エチジウムブロマイド10ml。4925円
このサイトではエチジウムブロマイドと同等性能で安全性の高いMidori Green Advanceも打っています。
他にも
DNAラダーマーカー
アガロースゲル濃縮TAEバッファー
なども購入することが出来ます。国内通販なので送料も安価です。必要な試薬・機器が全てこういったサイトで揃えば良いのですが・・・・
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Category:DIYバイオハッカー通販サイト

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2014.06.11

自宅で遺伝子診断するために必要な機材・試薬リスト。総額15万円ぐらい?
自宅で遺伝子診断するために必要な機材・試薬リスト。総額15万円ぐらい?

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これまで、PCRプライマーとPCRマスターミックスの入手ルートを確立しました。

この他に自宅で遺伝子診断するために必要な機材をリストアップすると

(1)サンプルを扱うためのチューブやマイクロピペット
この手の小物は一般の通販サイトで入手することが出来ます。
マイクロピペットに関してはDNA抽出からPCRまで考えると以下の3種類(1つ9000円程度)は揃えたいところです。
マイクロピペット用の使い捨てチップは以下の2つが安そうです(1000本で2000円程度)
(2)DNA抽出試薬
当サイトでもキッチンにある薬品などを使って抽出する方法を紹介しました↓
以下のサイトでも抽出を試みています。↓
(3)サーマルサイクラー
これは有名なOpenPCRがありますが、直接購入したとしても送料を含めて7万円程度と少し高いです。
以下の温度コントローラーはパソコンに接続して温度を制御することが可能で4万円程度です。これで代用出来ないかと考えています。(4)電気泳動装置
以下のサイトで電気泳動槽の自作を試みています。↓
市販品も3万円以下であります↓
(5)撮影装置
以下のサイトで安価に自作しています。
(6)DNA染色試薬
PCR後のDNAを電気泳動し撮影する場合に必要なDNA染色試薬を手に入れる必要があります。一般的に研究所で使用されているエチジウムブロマイド(通称エチブロ)は発ガン性のある物質でなかなか個人で入手しにくいはずです。何か良い代替品は無いでしょうか?

まだ値段や入手ルートが不明なものもありますが、総額15万円程度という感じでしょうか。
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Category:コラム

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